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万見
- PDB-6e3g: Structure of RORgt in complex with a novel agonist. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e3g
タイトルStructure of RORgt in complex with a novel agonist.
要素
  • Nuclear receptor ROR-gamma
  • co-activator peptide
キーワードnuclear protein/agonist / Nuclear hormone receptor (核内受容体) / agonist (アゴニスト) / NUCLEAR PROTEIN / nuclear protein-agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / labyrinthine layer morphogenesis ...T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / labyrinthine layer morphogenesis / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / regulation of fat cell differentiation / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / estrous cycle / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / lymph node development / adipose tissue development / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / 授乳 / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / xenobiotic metabolic process / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / Circadian Clock / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / HATs acetylate histones / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / 核内受容体コアクチベーター1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / 核内受容体コアクチベーター1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HOJ / Nuclear receptor ROR-gamma / 核内受容体コアクチベーター1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Skene, R.J. / Hoffman, I.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Retinoic Acid-Related Orphan Receptor gamma t (ROR gamma t) Agonist Structure-Based Functionality Switching Approach from In House ROR ...タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Retinoic Acid-Related Orphan Receptor gamma t (ROR gamma t) Agonist Structure-Based Functionality Switching Approach from In House ROR gamma t Inverse Agonist to ROR gamma t Agonist.
著者: Yukawa, T. / Nara, Y. / Kono, M. / Sato, A. / Oda, T. / Takagi, T. / Sato, T. / Banno, Y. / Taya, N. / Imada, T. / Shiokawa, Z. / Negoro, N. / Kawamoto, T. / Koyama, R. / Uchiyama, N. / ...著者: Yukawa, T. / Nara, Y. / Kono, M. / Sato, A. / Oda, T. / Takagi, T. / Sato, T. / Banno, Y. / Taya, N. / Imada, T. / Shiokawa, Z. / Negoro, N. / Kawamoto, T. / Koyama, R. / Uchiyama, N. / Skene, R. / Hoffman, I. / Chen, C.H. / Sang, B. / Snell, G. / Katsuyama, R. / Yamamoto, S. / Shirai, J.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
C: co-activator peptide
B: Nuclear receptor ROR-gamma
D: co-activator peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2308
ポリマ－59,1834
非ポリマー1,0474
水6,612367
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
C: co-activator peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1154
ポリマ－29,5912
非ポリマー5242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma
D: co-activator peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1154
ポリマ－29,5912
非ポリマー5242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.951, 61.951, 155.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 28568.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド co-activator peptide


分子量: 1023.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q15788*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-HOJ / (5R)-6-acetyl-2-methoxy-N-{4-[(2-methoxyphenyl)methoxy]phenyl}-5,6,7,8-tetrahydro-1,6-naphthyridine-5-carboxamide


分子量: 461.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C26H27N3O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M AmmNitrate, 0.1M Citrate pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→61.95 Å / Num. obs: 34222 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.1-2.144.817360.5240.5480.952100
2.14-2.18516790.6530.4260.9391000.850.952
2.18-2.22517190.7640.3560.9741000.7130.798
2.22-2.26516830.7710.3291.28899.80.6550.734
2.26-2.31517310.80.3341.0481000.6740.753
2.31-2.375.116910.8680.2370.9811000.4780.534
2.37-2.425.117020.9040.2030.981000.4080.457
2.42-2.49517040.9020.1950.9971000.3930.439
2.49-2.565.117010.9180.1821.0061000.3680.411
2.56-2.655.117130.9380.1471.0061000.2960.331
2.65-2.74517090.9490.141.0231000.2810.314
2.74-2.855.117030.9790.1090.9881000.2190.245
2.85-2.98516990.9780.0880.9791000.1770.198
2.98-3.145.117110.9860.0721.0031000.1450.162
3.14-3.33517080.990.0560.9921000.1140.127
3.33-3.59517140.990.0511.0231000.1010.114
3.59-3.954.917190.9910.0451.0481000.0880.099
3.95-4.524.917240.9950.0341.0141000.0680.076
4.52-5.74.917250.9980.0240.9681000.0480.054
5.7-505.117510.9990.0170.99199.80.0350.039

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.1→61.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.2258 / WRfactor Rwork: 0.1778 / FOM work R set: 0.7801 / SU B: 14.191 / SU ML: 0.164 / SU R Cruickshank DPI: 0.2358 / SU Rfree: 0.1953 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 1670 4.9 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.1955 32497 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.74 Å2 / Biso mean: 30.69 Å2 / Biso min: 17.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å2-0 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→61.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4152 0 76 367 4595
Biso mean--29.95 40.59 -
残基数----506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.975835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7555502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.7522.986211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.88815792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0871536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023318
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.153 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 122 -
Rwork0.286 2421 -
all-2543 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54240.19010.17070.69690.41230.97010.02010.00980.0073-0.0091-0.0180.0079-0.0195-0.0569-0.00210.09180.0061-0.00010.1141-0.00320.000311.00760.1950.269
20.35330.15880.07620.52370.07990.32650.0083-0.0041-0.00950.0123-0.0137-0.01460.0209-0.02080.00550.13390.00720.00230.1527-0.01380.0325-17.66234.709-0.36
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A263 - 507
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 602
3X-RAY DIFFRACTION2B263 - 507
4X-RAY DIFFRACTION2B601 - 602
5X-RAY DIFFRACTION2A701 - 883
6X-RAY DIFFRACTION2B701 - 879
7X-RAY DIFFRACTION2C101 - 102
8X-RAY DIFFRACTION2D101 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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