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- PDB-6e13: Pseudomonas putida PqqB with a non-physiological zinc at the acti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 60000000000000
タイトルPseudomonas putida PqqB with a non-physiological zinc at the active site binds the substrate mimic, 5-cysteinyl-3,4-dihydroxyphenylalanine (5-Cys-DOPA), non-specifically but supports the proposed function of the enzyme in pyrroloquinoline quinone biosynthesis.
要素Coenzyme PQQ synthesis protein B
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron-dependent / hydroxylase / metallo beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroloquinoline quinone biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Coenzyme PQQ biosynthesis protein B / : / Beta-lactamase superfamily domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HKS / Coenzyme PQQ synthesis protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.349 Å
データ登録者Evans III, R.L. / Wilmot, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-66569 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-118117 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Hydroxylase Activity for PqqB Provides a Missing Link in the Pyrroloquinoline Quinone Biosynthetic Pathway.
著者: Koehn, E.M. / Latham, J.A. / Armand, T. / Evans 3rd, R.L. / Tu, X. / Wilmot, C.M. / Iavarone, A.T. / Klinman, J.P.
履歴
登録2018年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme PQQ synthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4825
ポリマ－34,0001
非ポリマー4834
水55831
1
A: Coenzyme PQQ synthesis protein B
ヘテロ分子

A: Coenzyme PQQ synthesis protein B
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Dynamic light scattering and size exclusion chromatography were used to confirm the homodimer. Also, this structure (Pseudomonas putida PqqB and Methylobacterium extorquens ...根拠: light scattering, Dynamic light scattering and size exclusion chromatography were used to confirm the homodimer. Also, this structure (Pseudomonas putida PqqB and Methylobacterium extorquens PqqB) has been previously deposited as a homodimer (see PDB IDs 4Z6X, 4Z67, 4Z5Y, 4Z5Z, 4Z60, 4Z7r, etc...).
  • 69 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,96410
ポリマ－67,9992
非ポリマー9658
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area22040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.038, 86.038, 107.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-517-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Coenzyme PQQ synthesis protein B / Pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein B


分子量: 33999.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: pqqB, PP_0379 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88QV5, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-HKS / 3-{[(2S)-2-amino-2-carboxyethyl]sulfanyl}-5-hydroxy-L-tyrosine / 5-cysteinyl-3,4-dihydroxyphenylalanine / 5-Cys-DOPA / 3-ヒドロキシ-5-[[(S)-2-アミノ-2-カルボキシエチル]チオ]-L-チロシン


分子量: 316.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N2O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.5 mg/mL PqqB, 50 mM sodium chloride, 10 mM Tris-HCl, pH 7.5 against reservoir solution for unliganded PqqB (11% PEG4000, 0.2 M sodium chloride, 80 uM zinc chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.7)

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月14日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 17434 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.3912.20.9278640.8590.2740.9671.043100
2.39-2.4312.10.7878370.8810.2340.8211.076100
2.43-2.4812.20.7478500.8980.2210.7791.054100
2.48-2.5312.20.6648650.9080.1970.6931.055100
2.53-2.5912.10.5768390.9290.1710.6011.081100
2.59-2.6512.10.488590.9350.1430.5011.072100
2.65-2.7112.10.4538500.9520.1350.4731.091100
2.71-2.7912.10.3658590.9640.1080.3811.077100
2.79-2.8712.10.3088570.9720.0910.3211.087100
2.87-2.9612.10.2498580.9820.0740.261.083100
2.96-3.0712.10.2148690.9850.0640.2241.069100
3.07-3.1912.10.1798530.9920.0530.1871.071100
3.19-3.3312.10.148610.9940.0420.1471.06100
3.33-3.5112.10.1098680.9950.0330.1141.109100
3.51-3.73120.1048870.9950.0310.1081.095100
3.73-4.02120.0968600.9960.0290.11.068100
4.02-4.4211.90.0798940.9970.0230.0821.087100
4.42-5.0611.70.0679050.9970.020.071.047100
5.06-6.3711.50.0679010.9980.020.071.02100
6.37-5010.60.0639980.9970.020.0661.09499.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.349→45.472 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 929 5.34 %
Rwork0.1893 16455 -
obs0.1917 17384 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.7 Å2 / Biso mean: 44.0654 Å2 / Biso min: 18.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.349→45.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2381 0 24 31 2436
Biso mean--49.99 37.86 -
残基数----308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9793358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9232036
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3489-2.47280.31491410.248722882429
2.4728-2.62770.23271390.222922872426
2.6277-2.83050.2881380.217823092447
2.8305-3.11530.26681170.205723392456
3.1153-3.5660.27351400.194623322472
3.566-4.49210.16941190.162923862505
4.4921-45.48040.22341350.177525142649

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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