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- PDB-6e0l: Structure of Rhodothermus marinus CdnE c-UMP-AMP synthase with Ap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e0l
タイトルStructure of Rhodothermus marinus CdnE c-UMP-AMP synthase with Apcpp and Upnpp
要素cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase in E. coli homolog
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / cGAS / DncV / cyclic dinucleotide / nucleotide second messenger / nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2KH / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Cyclic UMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / de Oliveira Mann, C.C. / Morehouse, B.R. / Nieminen, E.A. / King, D.S. / Lee, A.S.Y. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI018045 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Bacterial cGAS-like enzymes synthesize diverse nucleotide signals.
著者: Whiteley, A.T. / Eaglesham, J.B. / de Oliveira Mann, C.C. / Morehouse, B.R. / Lowey, B. / Nieminen, E.A. / Danilchanka, O. / King, D.S. / Lee, A.S.Y. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase in E. coli homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9054
ポリマ－34,8921
非ポリマー1,0133
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.647, 65.652, 88.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase in E. coli homolog


分子量: 34892.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 (バクテリア)
遺伝子: Rhom172_2837 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2SLH8
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-2KH / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 24% PEG-3350, 240 mM sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→36.92 Å / Num. obs: 14799 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.3 % / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/av σ(I): 9.8 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1263 / Rpim(I) all: 0.304 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→36.92 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.39
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2166 740 5.01 %5
Rwork0.1819 ---
obs0.1836 14768 98.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→36.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2426 0 61 177 2664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0913479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.581483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2475-2.4210.28171410.21632691X-RAY DIFFRACTION97
2.421-2.66460.261470.20512791X-RAY DIFFRACTION100
2.6646-3.050.23611500.19542808X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.8420.19531480.16852816X-RAY DIFFRACTION99
3.842-36.92660.18621540.16512922X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23060.20420.14470.2520.21360.1658-0.03780.3574-0.1912-0.08690.1225-0.10230.00670.2169-0.0320.15320.0052-0.00930.1725-0.01230.125224.841630.055845.156
20.5061-0.019-0.09750.3851-0.13030.780.0436-0.00250.05030.01210.0017-0.0749-0.0844-0.0061-0.00940.0944-0.0048-0.00410.0786-0.00420.104534.148337.099764.8545
30.72650.23050.25680.59110.3030.49790.1283-0.1289-0.16350.1627-0.0884-0.06730.1456-0.08540.13440.1094-0.00160.00270.08450.01140.07725.738727.041567.6885
40.7184-0.47610.02420.3036-0.08140.3310.0792-0.04840.0289-0.0011-0.04110.05130.0283-0.04210.14920.0953-0.00890.01140.081-0.01260.11456.892227.435353.7649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 126 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 293 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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