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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dt0 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a mitochondrial calcium uniporter | ||||||
要素 | Mitochondrial calcium uniporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / mitochondrial calcium uniporter / calcium-selective ion channel / calcium uptake / uniporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / uniporter activity / uniplex complex / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium channel activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Yoo, J. / Wu, M. / Yin, Y. / Herzik, M.A.J. / Lander, G.C. / Lee, S.-Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of a mitochondrial calcium uniporter. 著者: Jiho Yoo / Mengyu Wu / Ying Yin / Mark A Herzik / Gabriel C Lander / Seok-Yong Lee / 要旨: Calcium transport plays an important role in regulating mitochondrial physiology and pathophysiology. The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a calcium-selective ion channel that is the primary ...Calcium transport plays an important role in regulating mitochondrial physiology and pathophysiology. The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a calcium-selective ion channel that is the primary mediator for calcium uptake into the mitochondrial matrix. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the full-length MCU from to an overall resolution of ~3.7 angstroms. Our structure reveals a tetrameric architecture, with the soluble and transmembrane domains adopting different symmetric arrangements within the channel. The conserved W-D-Φ-Φ-E-P-V-T-Y sequence motif of MCU pore forms a selectivity filter comprising two acidic rings separated by one helical turn along the central axis of the channel pore. The structure combined with mutagenesis gives insight into the basis of calcium recognition. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dt0.cif.gz | 309.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dt0.ent.gz | 244.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dt0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6dt0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6dt0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6dt0_validation.xml.gz | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6dt0_validation.cif.gz | 56.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/6dt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/6dt0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52948.117 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 46-493 / 変異: Y232A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: NCU08166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7S4I4 #2: 化合物 | ChemComp-CA / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mitochondrial Calcium Uniporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Neurospora crassa (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Final reconstruction comprises ~80% of MCU in nanodisc (crosslinked using BS3) and ~20% MCU in amphipol. |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 4 second blot time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3686168 詳細: 1,791,114 particles of MCU in amphipol, 1,895,054 particles of crosslinked MCU in nanodisc | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36537 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 100 |