PDB-6dfw: TCR 8F10 in complex with IAg7-p8G9E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dfw

タイトル

TCR 8F10 in complex with IAg7-p8G9E

要素

8F10 alpha chain
8F10 beta chain
H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain
H2-Ab1 protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

T cell receptor (T細胞受容体) /

Type 1 Diabetes (1型糖尿病) /

Autoimmunity (自己免疫)

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of peptide antigen / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / negative regulation of T cell proliferation /

エンドソーム / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Wang, Y. / Dai, S.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2019
タイトル: How C-terminal additions to insulin B-chain fragments create superagonists for T cells in mouse and human type 1 diabetes.
著者: Wang, Y. / Sosinowski, T. / Novikov, A. / Crawford, F. / White, J. / Jin, N. / Liu, Z. / Zou, J. / Neau, D. / Davidson, H.W. / Nakayama, M. / Kwok, W.W. / Gapin, L. / Marrack, P. / Kappler, J.W. / Dai, S.

履歴

登録	2018年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dfw.cif.gz	630.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dfw.ent.gz	540.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dfw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/6dfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/6dfw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dfqC 6dfsC 6dfvC 6dfxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5til-1 5tje-2 5til-2 5tje-1 6py2-d 6mng-d 3o6f-1 1ao7-d 6rpa-d 6mno-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (7) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (7) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (7)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (7)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)

登録構造単位

A: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

B: H2-Ab1 protein

E: 8F10 alpha chain

F: 8F10 beta chain

C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

D: H2-Ab1 protein

G: 8F10 alpha chain

H: 8F10 beta chain

193 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

B: H2-Ab1 protein

E: 8F10 alpha chain

F: 8F10 beta chain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
96.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

D: H2-Ab1 protein

G: 8F10 alpha chain

H: 8F10 beta chain

登録者が定義した集合体
96.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.094, 102.044, 136.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D
1	3	E
2	3	G
1	4	F
2	4	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	1 - 182
2	1	C	1 - 182
1	2	B	-27 - 188
2	2	D	-27 - 188
1	3	E	2 - 181
2	3	G	2 - 152
1	4	F	2 - 238
2	4	H	2 - 238

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain 分子量: 20907.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04228
#2: タンパク質	H2-Ab1 protein 分子量: 25290.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Ab1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q31135
#3: タンパク質	8F10 alpha chain 分子量: 23405.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
#4: タンパク質	8F10 beta chain 分子量: 26880.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 11% PEG 3350, 100mM formate pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 38891 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 3.2→3.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.2→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 97.35 / SU ML: 0.69 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.563 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29691	1981	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23282	-	-	-
obs	0.23619	36910	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 132.243 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.62 Å²	-0 Å²	0.7 Å²
2-	-	-6.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.2→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12189	0	0	0	12189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.019	12545
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.124	1.934	17050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.268	5	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.066	23.955	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.539	15	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.232	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	9677
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.071	3.295	6139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.824	4.937	7641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.066	3.336	6406
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.733	27.608	18104
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	426	0.12
1	2	C	426	0.12
2	1	B	444	0.11
2	2	D	444	0.11
3	1	E	306	0.12
3	2	G	306	0.12
4	1	F	552	0.02
4	2	H	552	0.02

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	145	-
R_work	0.353	2683	-
obs	-	-	96.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7039	-0.5331	-0.2866	5.0801	1.7238	2.8908	-0.1276	-0.0303	-0.1504	0.0283	0.1827	-0.0025	0.0372	0.1692	-0.0552	0.9551	0.0084	0.04	0.0298	0.1166	0.7868	20.4541	-32.8573	-57.0038
2	3.2336	-1.3915	-0.2684	4.2421	1.0716	1.8239	-0.316	-0.6611	-0.5692	0.7716	0.4337	-0.3668	0.2989	0.1953	-0.1177	1.2185	0.0962	-0.0476	0.1484	0.1099	0.8505	27.8549	-40.3598	-45.0891
3	4.6201	-1.4964	-2.2318	1.2543	1.0625	2.0408	-0.2649	-0.8697	-0.0057	0.3448	0.0651	0.057	0.4409	-0.4425	0.1998	2.0069	0.2456	0.2131	1.2008	0.2127	0.9287	-6.3433	-17.6477	-15.453
4	2.3429	0.1896	-0.0347	0.9518	-0.5965	1.8313	-0.3006	-0.4244	0.1371	0.2086	-0.1381	0.6392	-0.1582	-0.8964	0.4387	1.9888	0.2692	0.2892	1.1235	-0.1733	1.4987	-17.5033	-2.9439	-27.0783
5	2.945	-1.0623	0.4253	4.8628	-2.3491	3.6476	-0.0922	-0.1741	0.3593	-0.0247	0.0048	-0.061	-0.15	-0.2094	0.0873	0.9656	-0.0032	-0.0518	0.041	-0.1283	0.9414	-25.6484	-53.3829	-56.8705
6	3.938	-1.9489	0.8628	4.2362	-1.2847	1.7838	-0.3799	-0.7983	0.7234	0.7928	0.4041	0.1332	-0.4037	-0.2355	-0.0242	1.2937	0.1146	0.0375	0.1666	-0.1781	1.0404	-33.3826	-46.1731	-44.9161
7	2.7002	-2.0091	2.4963	2.9151	-2.7385	3.3607	-0.2711	-0.3158	0.1552	0.4205	-0.1081	-0.1304	-0.5924	0.5154	0.3792	1.9721	0.1837	-0.0737	1.2576	-0.2413	0.9584	3.4962	-72.547	-11.9286
8	1.7672	-1.0672	0.4852	2.1682	0.3324	1.4002	-0.1809	0.0005	0.3585	0.1713	-0.1659	-0.6086	0.1484	0.8707	0.3468	1.8727	0.3111	-0.1154	1.1067	0.0394	1.0308	10.6356	-84.382	-26.5077

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-27 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	2 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	2 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	-27 - 188
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 204
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 239

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)