PDB-6deb: Crystal Structure of Bifunctional Enzyme FolD-Methylenetetrahydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6deb

タイトル

Crystal Structure of Bifunctional Enzyme FolD-Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase/Cyclohydrolase in the Complex with Methotrexate from Campylobacter jejuni

要素

Bifunctional protein FolD

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / MTHFDC / alpha-beta-fold /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+) /

メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ /

methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity /

methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / L-histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Bifunctional Enzyme FolD-Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase/Cyclohydrolase in the Complex with Methotrexate from Campylobacter jejuni
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6deb.cif.gz	248.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6deb.ent.gz	197.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6deb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/6deb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/6deb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6de8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p2o-d 4b4v-d 1dig-d 6ape-2 2gjt-d 4b4u-d 6ecr-d 1a4i-d 1dia-d 2cch-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional protein FolD

B: Bifunctional protein FolD

ヘテロ分子

63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.867, 59.086, 72.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.08, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional protein FolD / 分子量: 30656.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター) 株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: folD, Cj0855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 magic 参照: UniProt: Q0PA35, メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+), メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ

#1: タンパク質

Bifunctional protein FolD /

分子量: 30656.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: folD, Cj0855 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 magic
参照: UniProt: Q0PA35,

メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+),

メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ

-
非ポリマー , 8種, 511分子

#2: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅O
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト / メトトレキサート分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM
#8: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT / ジチオトレイトール分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium chloride, 20 % w/v Polyehtlyene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 72243 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.263 / Num. unique obs: 2555 / % possible all: 68.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1161	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DE8

6de8

解像度: 1.7→38.137 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	3639	5.04 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.1624	72236	95.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.137 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4268	0	127	497	4892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4639
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.306	6289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.92	1751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	750
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6993-1.7217	0.1765	93	0.1658	1711	X-RAY DIFFRACTION	63
1.7217-1.7453	0.2284	87	0.1708	2028	X-RAY DIFFRACTION	72
1.7453-1.7702	0.2281	111	0.1714	2154	X-RAY DIFFRACTION	79
1.7702-1.7966	0.2	127	0.1688	2364	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7966-1.8247	0.1929	137	0.1681	2700	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8247-1.8546	0.1837	151	0.1553	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8546-1.8866	0.2155	164	0.1564	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8866-1.9209	0.2421	128	0.155	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9209-1.9578	0.1698	145	0.1608	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9578-1.9978	0.1957	160	0.165	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9978-2.0412	0.1953	141	0.1576	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0412-2.0887	0.1976	156	0.1591	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0887-2.141	0.1876	132	0.1614	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.141-2.1988	0.1782	154	0.1545	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1988-2.2635	0.1759	146	0.1517	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2635-2.3366	0.2034	148	0.1594	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3366-2.4201	0.2026	150	0.1591	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4201-2.517	0.1791	145	0.1593	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.517-2.6315	0.2307	149	0.1676	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6315-2.7702	0.1878	165	0.1715	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7702-2.9437	0.1972	148	0.1712	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9437-3.1709	0.2162	134	0.1733	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1709-3.4898	0.1832	143	0.168	2802	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4898-3.9943	0.1806	138	0.154	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9943-5.0305	0.1454	160	0.1392	2720	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0305-38.1462	0.1823	127	0.1695	2813	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1299	2.3779	-0.8362	7.9004	-1.1003	0.8462	0.0884	-0.0428	0.0919	0.3319	-0.0494	0.3391	-0.0933	-0.1162	-0.0639	0.1325	-0.0007	-0.0008	0.2058	-0.0041	0.0975	-39.6951	-2.3744	19.5773
2	6.7726	1.2475	-0.4473	3.3777	1.0719	2.918	0.2984	-0.6975	0.6061	0.2778	-0.1533	-0.2068	-0.2282	0.0779	-0.0949	0.1718	-0.0425	-0.0159	0.1841	-0.0311	0.1614	-22.5874	-7.5159	22.5799
3	3.1456	-0.5079	-0.5411	1.4002	0.2612	3.0546	0.0197	-0.0717	0.1468	0.0275	-0.018	-0.2131	-0.0696	0.2609	0.0041	0.1429	-0.0116	-0.0135	0.1177	0.0102	0.1414	-16.1484	-13.2048	13.0243
4	2.6425	-2.8977	-2.3952	3.61	2.4886	2.022	0.0172	0.1668	-0.1495	-0.0525	-0.1537	0.2133	0.0036	-0.1598	0.1834	0.1263	-0.0072	-0.0078	0.1249	-0.0051	0.1062	-31.4403	-2.6085	3.1984
5	1.7011	-0.1794	-0.8754	2.4932	0.4672	1.966	0.1319	-0.2202	0.2616	0.1275	0.024	-0.2207	-0.2192	0.2099	-0.0901	0.1464	-0.0285	0.0172	0.1381	-0.0239	0.1371	-26.864	15.2695	7.086
6	6.2625	3.1724	2.0253	5.0725	5.532	7.5934	0.2106	0.0251	-0.526	0.1418	-0.2441	-0.0246	0.3354	-0.2734	-0.0304	0.0884	0.0083	0.0138	0.2289	0.018	0.1006	-32.8942	-10.3426	13.1205
7	4.8644	-5.3448	0.6002	5.9587	-1.8994	1.6281	0.2517	0.3174	0.174	-0.4919	-0.2049	-0.4923	-0.0592	0.0854	0.0098	0.1404	-0.008	0.0398	0.1863	0.0004	0.1475	-6.698	-1.9816	-28.0207
8	3.5815	0.7366	-0.5924	1.2349	-0.1217	1.4899	-0.0193	0.2765	0.0045	-0.0374	0.0385	0.0301	-0.0053	-0.1237	-0.0195	0.1458	0.0166	-0.0039	0.1243	-0.0136	0.1165	-24.4357	-16.0319	-23.0669
9	0.8706	1.1804	-2.1088	2.734	-3.3548	5.0169	0.0672	-0.1306	-0.0628	0.0547	-0.2282	-0.1814	-0.0266	0.3356	0.2287	0.1311	0.0123	-0.0157	0.1407	0.0051	0.1349	-15.1957	-2.1702	-11.5415
10	1.7737	-0.3789	-0.4979	0.6371	-0.2506	1.9418	0.1407	0.1325	0.2233	-0.0907	-0.0374	-0.0317	-0.1972	-0.0613	-0.0775	0.1518	0.0131	0.0338	0.0899	0.0174	0.1279	-25.204	12.3901	-17.5375
11	1.3903	-1.4645	-0.1266	7.8497	-0.7968	0.5847	0.0861	0.0982	0.1053	-0.0158	-0.0795	-0.2164	-0.1048	0.0231	0.0096	0.129	-0.0102	0.0327	0.1754	0.0049	0.0757	-15.4264	2.319	-23.9524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 121 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 122 through 151 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 152 through 261 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 262 through 282 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -1 through 27 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 121 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 122 through 150 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 151 through 243 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 244 through 282 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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