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- PDB-6d6k: Structure of polyribonucleotide nucleotidyltransferase from Acine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d6k
タイトルStructure of polyribonucleotide nucleotidyltransferase from Acinetobacter baumannii
要素Polyribonucleotide nucleotidyltransferasePolynucleotide phosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / mRNA degradation / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / mRNA catabolic process / 転写後修飾 / magnesium ion binding / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 ...Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / KHドメイン / RNA-binding domain, S1 / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of polyribonucleotide nucleotidyltransferase from Acinetobacter baumannii
著者: Abendroth, J. / Phan, J.N. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,7172
ポリマ－152,7172
非ポリマー00
水9,080504
1
A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,0763
ポリマ－229,0763
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area65190 Å2
手法PISA
2
B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,0763
ポリマ－229,0763
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area9220 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area63600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.690, 93.690, 266.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...
21(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVAL(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA2 - 710 - 15
12LYSLYSILEILE(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA9 - 3417 - 42
13METMETLEULEU(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA36 - 17844 - 186
14SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA2 - 56410 - 572
15SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA2 - 56410 - 572
16SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA2 - 56410 - 572
17SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA2 - 56410 - 572
18SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA2 - 56410 - 572
19SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA2 - 56410 - 572
110SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...AA2 - 56410 - 572
21SERSERVALVAL(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...BB2 - 710 - 15
22LYSLYSILEILE(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...BB9 - 3417 - 42
23METMETGLNGLN(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...BB36 - 5544 - 63
24SERSERGLUGLU(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...BB2 - 55810 - 566
25SERSERGLUGLU(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...BB2 - 55810 - 566
26SERSERGLUGLU(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...BB2 - 55810 - 566
27SERSERGLUGLU(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...BB2 - 55810 - 566

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要素

#1: タンパク質 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polynucleotide phosphorylase / Polynucleotide phosphorylase / PNPase


分子量: 76358.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: pnp, A388_03473, A7A65_13105, A7M79_05700, A7M90_01190, A7N09_01970, AB895_1857, ABUW_3518, APD06_02100, AZE33_01855, B4R90_00995, B9X95_14475, BGC29_15530, BWP00_17325, CAS83_01330, CBE85_ ...遺伝子: pnp, A388_03473, A7A65_13105, A7M79_05700, A7M90_01190, A7N09_01970, AB895_1857, ABUW_3518, APD06_02100, AZE33_01855, B4R90_00995, B9X95_14475, BGC29_15530, BWP00_17325, CAS83_01330, CBE85_05335, CBI29_00441, CEJ63_09865, CHQ89_05525, CPI82_06995, CUC62_01320, CV949_02160, CV950_09585, CV951_02090, CV952_02080, IX87_16365, LV38_00189
プラスミド: AcbaC.17868.b.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
参照: UniProt: V5VH92, UniProt: B0VLR7*PLUS, polyribonucleotide nucleotidyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytic MCSG1 screen, C9: 32% PEG 4000, 800mM LiCl, 100mM Tris Base / HCl: AcbaC.17868.b.B1.PS38264 at 20.7mg/ml: cryo: direct: tray 292329c9: puck vqb8-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月15日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.435 Å / Num. obs: 45569 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.445 % / Biso Wilson estimate: 36.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 20.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.576.4860.5054.2933550.9170.55199.8
2.57-2.646.4210.415.2832940.9410.44899.9
2.64-2.716.4930.3446.0831800.9570.37799.9
2.71-2.86.4550.2667.6331000.9710.29199.9
2.8-2.896.4770.2169.2130210.9830.23699.8
2.89-2.996.4540.18110.7628960.9860.19899.9
2.99-3.16.4550.14113.5528030.9910.15599.9
3.1-3.236.4220.10816.6927210.9940.119100
3.23-3.376.4780.08520.6925800.9950.09399.8
3.37-3.546.4790.0724.324680.9970.07699.8
3.54-3.736.3950.05827.9823450.9980.06499.5
3.73-3.956.4570.05131.1922290.9980.05599.7
3.95-4.236.430.04534.1520930.9980.0599.8
4.23-4.566.430.03839.5119500.9990.04299.7
4.56-56.4320.03740.7817990.9990.0499.9
5-5.596.4480.03739.7116300.9990.04199.8
5.59-6.466.4410.03839.3214220.9980.04299.6
6.46-7.916.4050.0314312340.9990.034100
7.91-11.186.3780.02351.9693910.02599.8
11.18-44.4356.0590.02350.2751010.02592.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3092)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3gme per morda

3gme


解像度: 2.5→44.435 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 2017 4.43 %
Rwork0.1569 --
obs0.1592 45495 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.9 Å2 / Biso mean: 46.7395 Å2 / Biso min: 14.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→44.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8085 0 0 505 8590
Biso mean---44.41 -
残基数----1095
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4817X-RAY DIFFRACTION8.135TORSIONAL
12B4817X-RAY DIFFRACTION8.135TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.56250.2561660.190830523218100
2.5625-2.63180.24011410.175831223263100
2.6318-2.70930.23931480.172831003248100
2.7093-2.79670.2451300.172631153245100
2.7967-2.89660.25421650.171130853250100
2.8966-3.01260.2571140.187231623276100
3.0126-3.14960.24871200.194231033223100
3.1496-3.31570.24171380.179531333271100
3.3157-3.52330.2021590.168330783237100
3.5233-3.79520.19861460.150530843230100
3.7952-4.17690.18551310.136331323263100
4.1769-4.78070.16941630.116531063269100
4.7807-6.02080.18441550.142830993254100
6.0208-44.4420.1891410.1563107324898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47610.1446-0.09622.5458-0.21080.9981-0.0190.0378-0.0244-0.18580.11210.18960.0592-0.1945-0.07490.1841-0.0157-0.01260.27030.01240.2735-28.195850.4505-3.2575
23.57820.0514-0.86993.2783-1.14543.72290.35610.4337-0.1749-0.7718-0.2333-0.9295-0.76990.5107-0.12260.9143-0.04070.10670.7139-0.12950.6789-13.51131.3788-27.6743
32.1175-0.07990.89210.76890.02072.55920.0276-0.1869-0.1306-0.04220.05320.11830.0489-0.2099-0.08360.2923-0.0240.01740.2020.02930.327-14.974628.50543.2759
42.13710.60680.35081.6901-0.07631.29420.09370.0111-0.26850.0471-0.0162-0.11880.22210.0957-0.0930.28810.0591-0.01010.207-0.01930.288812.366228.056958.5616
51.47220.1056-0.12020.6089-0.39321.5342-0.0668-0.729-0.12570.41090.0240.1236-0.1421-0.03630.0690.5141-0.033-0.01050.49880.00960.2953-12.859226.609179.7955
61.3905-0.40190.45771.2719-0.45752.11410.12360.0838-0.129-0.0682-0.01860.01530.20520.044-0.11810.2948-0.0528-0.03060.2525-0.02740.3375-12.52627.885654.0586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 263 )A2 - 263
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 264 through 312 )A264 - 312
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 313 through 564 )A313 - 564
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 226 )B2 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 227 through 349 )B227 - 349
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 350 through 558 )B350 - 558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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