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- PDB-6d3g: PER-2 class A extended-spectrum beta-lactamase crystal structure ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d3g
タイトルPER-2 class A extended-spectrum beta-lactamase crystal structure in complex with avibactam at 2.4 Angstrom resolution
要素Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / DBO / penicilloil-serine-transferase / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Power, P. / Ruggiero, M. / Gutkind, G. / Bonomo, R. / Klinke, S.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
ANPCYTPICT-2004-0457 アルゼンチン
FONCYTPPL-2011-2-0003 アルゼンチン
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into the Inhibition of the Extended-Spectrum beta-Lactamase PER-2 by Avibactam.
著者: Ruggiero, M. / Papp-Wallace, K.M. / Brunetti, F. / Barnes, M.D. / Bonomo, R.A. / Gutkind, G. / Klinke, S. / Power, P.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,0899
ポリマ－123,8254
非ポリマー1,2635
水1,33374
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2242
ポリマ－30,9561
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4183
ポリマ－30,9561
非ポリマー4612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2242
ポリマ－30,9561
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2242
ポリマ－30,9561
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.160, 85.840, 161.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ


分子量: 30956.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: blaPER-2 / プラスミド: pET28/PER-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RP81, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物
ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form / Avibactam


分子量: 267.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.05 M imidazole pH=8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
詳細: CONVEX PREFOCUSSING MIRROR AND A KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF FOCUSSING MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED CHANNEL CUT SI[111] CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.398→48.17 Å / Num. obs: 46410 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.65 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 13.73
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 6.65 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 7289 / CC1/2: 0.746 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.12-2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D2O

4d2o


解像度: 2.398→48.17 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 2321 5 %
Rwork0.2059 --
obs0.2083 46400 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.398→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8546 0 81 74 8701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0138791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55911934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9725299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0951396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.398-2.44690.35131290.29622450X-RAY DIFFRACTION97
2.4469-2.50010.34541350.27462558X-RAY DIFFRACTION100
2.5001-2.55830.36061360.2712586X-RAY DIFFRACTION100
2.5583-2.62230.30791340.25552551X-RAY DIFFRACTION100
2.6223-2.69320.31731350.24842564X-RAY DIFFRACTION100
2.6932-2.77240.29011360.25192575X-RAY DIFFRACTION100
2.7724-2.86190.37391350.26312568X-RAY DIFFRACTION100
2.8619-2.96420.32181360.27672579X-RAY DIFFRACTION100
2.9642-3.08280.33951360.27692583X-RAY DIFFRACTION100
3.0828-3.22310.30331350.25592565X-RAY DIFFRACTION100
3.2231-3.3930.32991360.23982586X-RAY DIFFRACTION100
3.393-3.60550.30841370.22152598X-RAY DIFFRACTION100
3.6055-3.88380.24531370.20292618X-RAY DIFFRACTION100
3.8838-4.27440.20081380.17162611X-RAY DIFFRACTION100
4.2744-4.89240.18521380.16192626X-RAY DIFFRACTION100
4.8924-6.16190.21111410.18362668X-RAY DIFFRACTION100
6.1619-48.180.19551470.16282793X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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