[日本語] English
万見
- PDB-6d25: Crystal structure of the GH51 arabinofuranosidase from Xanthomona... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d25
タイトルCrystal structure of the GH51 arabinofuranosidase from Xanthomonas axonopodis pv. citri
要素Alpha-L-arabinosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / arabinofuranosidase / di-substitution recognition / GH51 / enzyme (酵素) / trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose metabolic process / alpha-L-arabinofuranosidase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-L-arabinosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Santos, C.R. / Morais, M.A.B. / Tonoli, C.C.C. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/13309-0, 2014/07135-1 , 2015/26982-0 ブラジル
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2018
タイトル: The mechanism by which a distinguishing arabinofuranosidase can cope with internal di-substitutions in arabinoxylans.
著者: Dos Santos, C.R. / de Giuseppe, P.O. / de Souza, F.H.M. / Zanphorlin, L.M. / Domingues, M.N. / Pirolla, R.A.S. / Honorato, R.V. / Tonoli, C.C.C. / de Morais, M.A.B. / de Matos Martins, V.P. / ...著者: Dos Santos, C.R. / de Giuseppe, P.O. / de Souza, F.H.M. / Zanphorlin, L.M. / Domingues, M.N. / Pirolla, R.A.S. / Honorato, R.V. / Tonoli, C.C.C. / de Morais, M.A.B. / de Matos Martins, V.P. / Fonseca, L.M. / Buchli, F. / de Oliveira, P.S.L. / Gozzo, F.C. / Murakami, M.T.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-arabinosidase
B: Alpha-L-arabinosidase
C: Alpha-L-arabinosidase
D: Alpha-L-arabinosidase
E: Alpha-L-arabinosidase
F: Alpha-L-arabinosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,76712
ポリマ－343,2146
非ポリマー5536
水42,9482384
1
A: Alpha-L-arabinosidase
B: Alpha-L-arabinosidase
C: Alpha-L-arabinosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,8836
ポリマ－171,6073
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area50470 Å2
手法PISA
2
D: Alpha-L-arabinosidase
E: Alpha-L-arabinosidase
F: Alpha-L-arabinosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,8836
ポリマ－171,6073
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area50530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.344, 163.231, 114.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEUAA8 - 49928 - 519
21GLUGLULEULEUBB8 - 49928 - 519
12GLUGLULEULEUAA8 - 49928 - 519
22GLUGLULEULEUCC8 - 49928 - 519
13GLUGLULEULEUAA8 - 49928 - 519
23GLUGLULEULEUDD8 - 49928 - 519
14ALAALALEULEUAA6 - 49926 - 519
24ALAALALEULEUEE6 - 49926 - 519
15GLUGLULEULEUAA8 - 49928 - 519
25GLUGLULEULEUFF8 - 49928 - 519
16GLUGLUGLNGLNBB8 - 50028 - 520
26GLUGLUGLNGLNCC8 - 50028 - 520
17GLUGLUGLNGLNBB8 - 50028 - 520
27GLUGLUGLNGLNDD8 - 50028 - 520
18GLUGLULEULEUBB8 - 49928 - 519
28GLUGLULEULEUEE8 - 49928 - 519
19GLUGLUGLNGLNBB8 - 50028 - 520
29GLUGLUGLNGLNFF8 - 50028 - 520
110GLUGLUGLNGLNCC8 - 50028 - 520
210GLUGLUGLNGLNDD8 - 50028 - 520
111GLUGLULEULEUCC8 - 49928 - 519
211GLUGLULEULEUEE8 - 49928 - 519
112GLUGLUGLNGLNCC8 - 50028 - 520
212GLUGLUGLNGLNFF8 - 50028 - 520
113GLUGLULEULEUDD8 - 49928 - 519
213GLUGLULEULEUEE8 - 49928 - 519
114GLUGLUGLNGLNDD8 - 50028 - 520
214GLUGLUGLNGLNFF8 - 50028 - 520
115GLUGLULEULEUEE8 - 49928 - 519
215GLUGLULEULEUFF8 - 49928 - 519

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-L-arabinosidase


分子量: 57202.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: XAC1286 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q8PMY9
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 17% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 0.2 M ammonium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→48.74 Å / Num. obs: 236094 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.429 % / Biso Wilson estimate: 28.412 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 9.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.91-2.032.810.5142.06633910.7290.63980.3
2.03-2.173.5290.3763.55731490.8760.44698.4
2.17-2.343.4910.2595.05676130.9380.30797.7
2.34-2.563.5440.1866.74627230.9660.2298.6
2.56-2.863.5020.1279.35560570.9820.15197.4
2.86-3.33.5790.07814.35499260.9930.09398.4
3.3-4.043.4930.05220.82416750.9960.06297.2
4.04-5.73.5240.04224.77324530.9970.0597.4
5.7-48.743.6140.04325.62180120.9970.05197.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VRQ

2vrq


解像度: 1.91→48.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 5.216 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.107
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1667 2000 0.8 %RANDOM
Rwork0.1487 ---
obs0.1488 234093 95.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.19 Å2 / Biso mean: 23.528 Å2 / Biso min: 6.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20.22 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23035 0 36 2384 25455
Biso mean--23.05 30.75 -
残基数----2964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01523755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01720843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.75432403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5271.69848770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.56452958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06619.81949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.501153191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.20315147
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23059
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02127068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024497
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A166380.06
12B166380.06
21A166660.05
22C166660.05
31A166250.06
32D166250.06
41A166420.06
42E166420.06
51A166290.06
52F166290.06
61B167040.06
62C167040.06
71B166850.06
72D166850.06
81B165800.06
82E165800.06
91B167100.06
92F167100.06
101C168490.05
102D168490.05
111C166250.06
112E166250.06
121C166940.06
122F166940.06
131D166520.06
132E166520.06
141D166590.06
142F166590.06
151E165250.07
152F165250.07
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 115 -
Rwork0.23 13459 -
all-13574 -
obs--74.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5823-0.2058-0.00910.5261-0.06280.38970.0145-0.0621-0.0591-0.01230.0108-0.01820.03130.0288-0.02530.0315-0.0152-0.02630.04720.00110.0836-3.977-12.6816.82
20.34640.0790.1280.51620.07430.5604-0.019-0.01230.0303-0.00720.0121-0.0162-0.0487-0.00550.00680.00630.0021-0.00130.0483-0.00130.079-0.42240.63221.388
30.7162-0.0276-0.29160.2218-0.0410.5526-0.02390.0178-0.0441-0.0146-0.00750.030.0289-0.05970.03130.02740.0029-0.02180.0689-0.00740.0909-48.78416.85924.536
40.61060.0515-0.11420.31650.12770.6151-0.02390.0706-0.0146-0.00170.034-0.05560.0420.0837-0.01020.03660.0033-0.03050.0897-0.00760.0923-2.55918.089-39.042
50.56950.25750.38130.62390.10160.86650.0633-0.036-0.1102-0.01050.06040.10150.1325-0.1494-0.12380.0889-0.0152-0.06660.11030.04090.1932-46.607-12.229-33.5
60.4614-0.25840.09740.6-0.08870.5845-0.031-0.0496-0.0030.01420.0089-0.0004-0.0686-0.09030.02220.01640.024-0.01560.114-0.01450.078-50.67641.889-35.2
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 500
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 500
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 500
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 500
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 500
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 500

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る