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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cri | ||||||
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タイトル | Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / AP / HIV / Nef / trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / basolateral protein secretion / perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / mitotic cleavage furrow ingression / endosome to melanosome transport / trans-Golgi Network Vesicle Budding / AP-1 adaptor complex ...negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / basolateral protein secretion / perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / mitotic cleavage furrow ingression / endosome to melanosome transport / trans-Golgi Network Vesicle Budding / AP-1 adaptor complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / protein trimerization / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / response to interferon-alpha / melanosome assembly / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Intra-Golgi traffic / metalloendopeptidase inhibitor activity / Golgi to vacuole transport / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / clathrin adaptor activity / suppression by virus of host autophagy / MHC class II antigen presentation / positive regulation of leukocyte proliferation / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / thioesterase binding / dendritic spine organization / determination of left/right symmetry / long-term synaptic depression / clathrin-coated vesicle / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / azurophil granule membrane / clathrin binding / negative regulation of viral genome replication / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / B cell activation / response to type II interferon / cell leading edge / MHC class I protein binding / host cell Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / intracellular copper ion homeostasis / protein targeting / side of membrane / COPI-mediated anterograde transport / clathrin-coated pit / regulation of calcium-mediated signaling / vesicle-mediated transport / viral life cycle / MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / multivesicular body / sarcomere / small monomeric GTPase / trans-Golgi network membrane / negative regulation of cell migration / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / kidney development / regulation of actin cytoskeleton organization / intracellular protein transport / response to virus / trans-Golgi network / cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of cell growth / cellular response to virus / SH3 domain binding / virion component / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / ATPase binding / presynapse / heart development / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / postsynaptic density / early endosome / neuron projection / apical plasma membrane / membrane raft / protein domain specific binding / Golgi membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / GTPase activity / synapse / Neutrophil degranulation / GTP binding / protein kinase binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | ||||||
データ登録者 | Morris, K.L. / Buffalo, C.Z. / Hurley, J.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: HIV-1 Nefs Are Cargo-Sensitive AP-1 Trimerization Switches in Tetherin Downregulation. 著者: Kyle L Morris / Cosmo Z Buffalo / Christina M Stürzel / Elena Heusinger / Frank Kirchhoff / Xuefeng Ren / James H Hurley / 要旨: The HIV accessory protein Nef counteracts immune defenses by subverting coated vesicle pathways. The 3.7 Å cryo-EM structure of a closed trimer of the clathrin adaptor AP-1, the small GTPase Arf1, ...The HIV accessory protein Nef counteracts immune defenses by subverting coated vesicle pathways. The 3.7 Å cryo-EM structure of a closed trimer of the clathrin adaptor AP-1, the small GTPase Arf1, HIV-1 Nef, and the cytosolic tail of the restriction factor tetherin suggested a mechanism for inactivating tetherin by Golgi retention. The 4.3 Å structure of a mutant Nef-induced dimer of AP-1 showed how the closed trimer is regulated by the dileucine loop of Nef. HDX-MS and mutational analysis were used to show how cargo dynamics leads to alternative Arf1 trimerization, directing Nef targets to be either retained at the trans-Golgi or sorted to lysosomes. Phosphorylation of the NL4-3 M-Nef was shown to regulate AP-1 trimerization, explaining how O-Nefs lacking this phosphosite counteract tetherin but most M-Nefs do not. These observations show how the higher-order organization of a vesicular coat can be allosterically modulated to direct cargoes to distinct fates. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 6cri.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cri.ent.gz | 953.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cri.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cri_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6cri_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6cri_validation.xml.gz | 155.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cri_validation.cif.gz | 244.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/6cri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/6cri | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7563MC 7453C 7454C 7455C 7456C 7457C 7458C 6cm9C 6d83C 6d84C 6dffC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 12分子 TNcYdZCHKULV
#1: タンパク質 | 分子量: 29964.326 Da / 分子数: 6 / 断片: Tetherin UNP residues 2-26, Nef UNP residues 1-206 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: BST2, nef / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10589, UniProt: Q90VU7 #3: タンパク質 | 分子量: 18936.600 Da / 分子数: 6 / Mutation: Q71L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84077 |
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-AP-1 complex subunit ... , 4種, 12分子 BIJGQRMWXSab
#2: タンパク質 | 分子量: 64458.656 Da / 分子数: 3 / Mutation: K359R, E476K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP1B1, ADTB1, BAM22, CLAPB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10567 #4: タンパク質 | 分子量: 66401.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap1g1, Adtg, Clapg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22892 #5: タンパク質 | 分子量: 48475.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap1m1, Cltnm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35585 #6: タンパク質 | 分子量: 16998.850 Da / 分子数: 3 / Mutation: C148S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP1S3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96PC3 |
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-非ポリマー , 2種, 12分子
#7: 化合物 | ChemComp-GTP / #8: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.70 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris at pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP |
試料 | 濃度: 0.07 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 296 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 62.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11108 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 425 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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