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- PDB-6cny: 2.3 Angstrom Structure of Phosphodiesterase treated Vivid (comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cny
タイトル2.3 Angstrom Structure of Phosphodiesterase treated Vivid (complex with FMN)
要素Vivid PAS protein VVD
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / LOV Domain / flavin / photoreceptor / circadian clock
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンモノヌクレオチド / Vivid PAS protein VVD
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (アカパンカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zoltowski, B.D. / Shabalin, I.G. / Kowiel, M. / Porebski, P.J. / Crane, B.R. / Bilwes, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Searle Scholars Program 米国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Conformational switching in the fungal light sensor Vivid.
著者: Zoltowski, B.D. / Schwerdtfeger, C. / Widom, J. / Loros, J.J. / Bilwes, A.M. / Dunlap, J.C. / Crane, B.R.
#1: ジャーナル: Bioinformatics / 年: 2018
タイトル: Automatic Recognition of Ligands in Electron Density by Machine Learning.
著者: Kowiel, M. / Brzezinski, D. / Porebski, P.J. / Shabalin, I.G. / Jaskolski, M. / Minor, W.
履歴
登録2018年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年3月21日ID: 2PDT
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity / Item: _entity.formula_weight
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vivid PAS protein VVD
B: Vivid PAS protein VVD
C: Vivid PAS protein VVD
D: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8128
ポリマ－68,9874
非ポリマー1,8254
水8,593477
1
A: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7032
ポリマ－17,2471
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7032
ポリマ－17,2471
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7032
ポリマ－17,2471
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7032
ポリマ－17,2471
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.120, 80.570, 64.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYCYSCYSAA43 - 1838 - 148
21GLYGLYCYSCYSBB43 - 1838 - 148
12THRTHRGLUGLUAA38 - 1843 - 149
22THRTHRGLUGLUCC38 - 1843 - 149
13GLYGLYCYSCYSAA43 - 1838 - 148
23GLYGLYCYSCYSDD43 - 1838 - 148
14GLYGLYCYSCYSBB43 - 1838 - 148
24GLYGLYCYSCYSCC43 - 1838 - 148
15GLYGLYGLUGLUBB43 - 1848 - 149
25GLYGLYGLUGLUDD43 - 1848 - 149
16GLYGLYCYSCYSCC43 - 1838 - 148
26GLYGLYCYSCYSDD43 - 1838 - 148

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Vivid PAS protein VVD


分子量: 17246.729 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 37-184 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VVD (UniProtKB - Q9C3Y6) was N-terminally truncated by 36 residues
由来: (組換発現) Neurospora crassa (アカパンカビ)
遺伝子: vvd, G17A4.050, GE21DRAFT_9175 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9C3Y6
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細the protein was treated with phosphodiesterase, which resulted in hydrolysis of FAD into FMN
非ポリマーの詳細FMN was created by phosphodiesterase treatment of bound FAD

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: An equal volume (2 uL) of protein dissolved in a buffer containing 50 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl and 13% glycerol was mixed with the reservoir solution containing 100 mM trisodium citrate ...詳細: An equal volume (2 uL) of protein dissolved in a buffer containing 50 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl and 13% glycerol was mixed with the reservoir solution containing 100 mM trisodium citrate pH 5.6, 100 mM ammonium acetate and 30% PEG 5K MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月7日
放射モノクロメーター: Double silicon crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 38172 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique obs: 2529 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G28

1g28


解像度: 2.1→45.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 6.674 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.0423 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.035
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2041 1054 2.8 %RANDOM
Rwork0.1629 ---
obs0.164 36724 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.46 Å2 / Biso mean: 45.699 Å2 / Biso min: 14.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.3 Å20 Å21.62 Å2
2---23.23 Å2-0 Å2
3---5.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→45.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4587 0 93 477 5157
Biso mean--30.44 45.47 -
残基数----579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.9666527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.999310182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.075574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86224.336226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95315830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2351535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02952
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A89900.06
12B89900.06
21A94820.04
22C94820.04
31A89860.06
32D89860.06
41B90000.06
42C90000.06
51B91740.04
52D91740.04
61C89940.07
62D89940.07
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 41 -
Rwork0.26 2488 -
all-2529 -
obs--90.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1046-1.48012.71995.0918-3.467711.5094-0.07420.09160.2745-0.0662-0.1798-0.2081-0.06170.25710.2540.04060.02040.05240.0746-0.00220.1505-7.48853.9134.903
26.0527-0.2236-1.14864.57660.63974.8371-0.10990.35010.1163-0.29450.04180.1953-0.1125-0.32690.0680.10440.00110.05240.08990.01240.1635-4.74147.6851.623
34.23292.32712.7776.43481.66745.841-0.1319-0.2258-0.2030.35670.01980.44310.3586-0.25590.11210.09530.01930.09190.10750.01880.1136-8.56937.4688.054
42.8812-0.2563-0.92025.19233.90263.7461-0.1133-0.2656-0.32660.50270.1353-0.40110.43470.3104-0.02190.12870.07320.03470.21470.08460.28765.42334.398-1.53
51.65920.3446-0.39566.83171.14821.9521-0.00560.08940.0231-0.276-0.04750.0045-0.0952-0.08750.05310.04430.01190.02710.10370.01660.0726-2.40144.236-1.834
66.2209-1.78980.80114.86040.67342.0864-0.03820.16890.20350.10980.0825-0.0455-0.0564-0.0076-0.04440.10280.0213-0.00520.1790.01950.2007-24.88265.363.99
73.1812-3.069-0.971112.2514-9.941113.5349-0.3059-0.28920.61831.3414-0.0156-0.7626-0.7910.37230.32150.4395-0.02440.03210.2908-0.06110.5101-33.68477.6343.945
824.042712.5994-9.51219.6409-9.89595.6244-1.79512.03810.64020.60822.22850.62580.1074-1.2321-0.43340.5875-0.1334-0.08020.6738-0.22040.8895-38.99481.6234.992
95.0186-4.37791.221611.1642-0.6090.32850.29390.31080.00360.0852-0.37631.02740.08640.09360.08230.1830.06920.02580.45350.04160.3425-39.44375.166-5.668
102.6359-1.46850.29847.21280.08051.69870.17380.36580.3504-0.1036-0.2731-0.2158-0.08450.02650.09920.09590.02970.00490.27150.03310.2939-28.87968.377-1.406
112.6382-1.5068-2.00334.48562.61146.3054-0.1170.1806-0.2695-0.0923-0.08750.13580.2633-0.11690.20450.0333-0.01240.02780.07290.00360.13537.0726.70235.729
124.40610.64110.01444.4532-0.65654.1732-0.14860.1532-0.0992-0.07860.0377-0.4259-0.04730.31430.11080.050.00990.00530.0548-0.00340.11217.22337.37536.34
132.0965-0.86043.05492.907-3.02886.8777-0.1458-0.23310.22530.27790.15040.2146-0.4137-0.3746-0.00470.14450.03480.02920.1032-0.02950.1687-2.70447.64734.744
141.6463-1.59530.017810.0978-2.59324.15880.12060.1648-0.1945-0.22030.1330.64190.1945-0.1682-0.25360.102-0.0163-0.02020.1071-0.00930.1489-4.80835.74525.188
151.5003-0.60420.54228.536-1.24022.74480.00540.11450.0892-0.3557-0.0546-0.15380.00390.22730.04920.03150.00660.01820.1278-0.00860.10494.15237.41631.542
166.3677-2.45230.00634.8553-1.04263.163-0.01080.40020.1229-0.0306-0.0185-0.20380.01640.07130.02940.08130.0130.06730.1207-0.00010.181524.54720.12232.986
179.55782.33630.34875.59160.12430.8304-0.0416-0.3794-0.71220.40930.0170.20060.08350.07620.02470.13920.0380.08460.16590.02150.245225.0796.9540.58
184.97690.02150.22513.30787.67667.9056-0.2257-0.1007-1.16190.94520.1071-0.17430.66590.1970.11850.12340.07330.06190.17580.05320.371733.0343.11337.718
196.1645-2.78980.59527.8704-1.18170.18410.236-0.067-0.33780.2277-0.3079-0.4864-0.01840.03810.07180.28730.15710.00120.4393-0.10840.51139.7371.71428.868
203.1442-1.13710.18877.9149-0.38092.16380.18780.4496-0.1883-0.0967-0.2209-0.12460.07070.17780.03320.06290.03370.03370.2421-0.01830.190429.85412.2730.281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3A85 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4A106 - 136
5X-RAY DIFFRACTION5A137 - 184
6X-RAY DIFFRACTION6B43 - 105
7X-RAY DIFFRACTION7B106 - 114
8X-RAY DIFFRACTION8B115 - 120
9X-RAY DIFFRACTION9B121 - 139
10X-RAY DIFFRACTION10B140 - 184
11X-RAY DIFFRACTION11C38 - 62
12X-RAY DIFFRACTION12C63 - 98
13X-RAY DIFFRACTION13C99 - 128
14X-RAY DIFFRACTION14C129 - 148
15X-RAY DIFFRACTION15C149 - 184
16X-RAY DIFFRACTION16D43 - 81
17X-RAY DIFFRACTION17D82 - 102
18X-RAY DIFFRACTION18D103 - 115
19X-RAY DIFFRACTION19D116 - 134
20X-RAY DIFFRACTION20D135 - 184

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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