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- PDB-6ckl: N. meningitidis CMP-sialic acid synthetase in the presence of CMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ckl
タイトルN. meningitidis CMP-sialic acid synthetase in the presence of CMP and Neu5Ac2en
要素N-acylneuraminate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / polysaccharide synthesis / sialic acid-activator / CMP-transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylneuraminate cytidylyltransferase / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / クエン酸 / N-acylneuraminate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.684 Å
データ登録者Matthews, M.M. / Fisher, A.J. / Chen, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI130684 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Catalytic Cycle ofNeisseria meningitidisCMP-Sialic Acid Synthetase Illustrated by High-Resolution Protein Crystallography.
著者: Matthews, M.M. / McArthur, J.B. / Li, Y. / Yu, H. / Chen, X. / Fisher, A.J.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / refine_hist ...chem_comp / refine_hist / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _refine_hist.d_res_high / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
B: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
C: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,08914
ポリマ－74,7613
非ポリマー2,32811
水2,000111
1
A: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
B: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3309
ポリマ－49,8412
非ポリマー1,4897
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
2
C: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子

C: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,51910
ポリマ－49,8412
非ポリマー1,6788
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.480, 151.010, 84.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 225 / Label seq-ID: 1 - 225

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 N-acylneuraminate cytidylyltransferase / / CMP-N-acetylneuraminic acid synthase / CMP-NeuNAc synthase / CMP-sialic acid synthase


分子量: 24920.408 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: neuA, siaB, synB / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A0Z8, N-acylneuraminate cytidylyltransferase
#4: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8

-
非ポリマー , 4種, 119分子

#2: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP / シチジル酸


分子量: 323.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 % / 解説: thick needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate/citric acid pH 5.5 and 20% PEG 3000
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→97.86 Å / Num. obs: 22814 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.14 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.57
反射 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / 冗長度: 2.78 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique obs: 1615 / CC1/2: 0.727 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EYR

1eyr


解像度: 2.684→97.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 12.529 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.334 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24171 1118 4.9 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
obs0.19673 21689 97.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20 Å20 Å2
2---2 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.684→97.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5166 0 152 111 5429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195409
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.9967343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24312056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5135674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88325.197229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.69915933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1761528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8124.1962699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8134.1952698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4586.293369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4586.2923370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9594.5332710
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9574.5322708
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7346.6573973
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.9232.3675730
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.9232.3745731
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A276240.07
12B276240.07
21A278320.06
22C278320.06
31B277560.06
32C277560.06
LS精密化 シェル解像度: 2.684→2.754 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 67 -
Rwork0.294 1545 -
obs--94.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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