PDB-6cio: Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moorella thermoacetica wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cio

タイトル

Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moorella thermoacetica with lactyl-TPP bound

要素

PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ピルビン酸シンターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

pyruvate:ferredoxin oxidoreductase (ピルビン酸シンターゼ) /

thiamine pyrophosphate (チアミンピロリン酸) /

coenzyme A (補酵素A) / gated electron transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

ピルビン酸シンターゼ /

pyruvate synthase activity /

thiamine pyrophosphate binding /

電子伝達系 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorella thermoacetica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.003 Å

データ登録者

Chen, P.Y.-T. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM069857	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM39451	米国

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Binding site for coenzyme A revealed in the structure of pyruvate:ferredoxin oxidoreductase fromMoorella thermoacetica.
著者: Chen, P.Y. / Aman, H. / Can, M. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2018年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.4	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cio.cif.gz	2.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cio.ent.gz	2.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cinSC 6cipC 6ciqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ciq-1 6cin-1 6cip-1 2c3y-d 6cin-2 6cip-3 6ciq-2 1kek-d 2c3u-d 6cip-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (5) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (5) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (5) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (5)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (3)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (5)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (5)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (5)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (5)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

B: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

C: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

D: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

E: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

F: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

775 kDa, 6 ポリマー
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1

A: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

B: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
258 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

D: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
258 kDa, 2 ポリマー
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3

E: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

F: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
258 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	340.389, 107.095, 239.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.67, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE / ピルビン酸シンターゼ分子量: 127423.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア) 株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_0064 / 発現宿主: Moorella thermoacetica (バクテリア) 参照: UniProt: Q2RMD6, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor

#1: タンパク質

PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE /

ピルビン酸シンターゼ

分子量: 127423.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_0064 / 発現宿主:

Moorella thermoacetica (バクテリア)
参照: UniProt: Q2RMD6,

Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor

-
非ポリマー , 6種, 91分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-TDL / 3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-2-(1-CARBOXY-1-HYDROXYETHYL)-5-(2-{[HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}ETHYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-3-IUM / 2-LACTYLTHIAMIN DIPHOSPHATE 分子量: 513.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₄O₁₀P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) / チアミンピロリン酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15-16% (w/v) PEG 4000, 0.21 M (NH4)2SO4 and 0.10 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 157684 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.16 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / Num. unique obs: 14935 / R_sym value: 0.793

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CIN

6cin

解像度: 3.003→48.454 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	7867	5.01 %
R_work	0.2074	-	-
obs	0.209	157125	96.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.003→48.454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	53163	0	365	54	53582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	54748
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.554	74392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.133	19941
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	8200
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	9575

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0033-3.0375	0.3927	215	0.3483	4064	X-RAY DIFFRACTION	79
3.0375-3.0732	0.3812	255	0.3414	4822	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0732-3.1107	0.3473	261	0.3216	4964	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1107-3.15	0.3345	270	0.3058	5020	X-RAY DIFFRACTION	98
3.15-3.1915	0.3698	267	0.2954	5019	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1915-3.2352	0.311	263	0.2864	5062	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2352-3.2814	0.3151	269	0.2804	5011	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2814-3.3304	0.2985	268	0.2735	5001	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3304-3.3824	0.2949	268	0.2653	5052	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3824-3.4378	0.302	263	0.2687	5035	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4378-3.4971	0.3118	263	0.2618	5034	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4971-3.5607	0.2589	266	0.2538	4901	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5607-3.6291	0.2515	244	0.2369	4739	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6291-3.7032	0.2627	267	0.2249	5094	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7032-3.7837	0.2763	269	0.2179	5045	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7837-3.8716	0.2516	270	0.2019	5070	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8716-3.9684	0.2215	266	0.1962	5106	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9684-4.0757	0.213	260	0.1911	5000	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0757-4.1955	0.2255	262	0.1871	5078	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1955-4.3309	0.1981	269	0.1776	5024	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3309-4.4856	0.2165	255	0.1707	4780	X-RAY DIFFRACTION	93
4.4856-4.665	0.1961	275	0.1658	5096	X-RAY DIFFRACTION	99
4.665-4.8771	0.1859	265	0.1573	5128	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8771-5.134	0.1931	265	0.1565	5083	X-RAY DIFFRACTION	99
5.134-5.4553	0.215	274	0.1689	5095	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4553-5.8758	0.2106	249	0.1754	4901	X-RAY DIFFRACTION	95
5.8758-6.4659	0.2065	264	0.1713	5072	X-RAY DIFFRACTION	98
6.4659-7.3987	0.2056	270	0.1723	5136	X-RAY DIFFRACTION	99
7.3987-9.3107	0.1825	268	0.1584	4992	X-RAY DIFFRACTION	95
9.3107-48.4599	0.2112	247	0.1846	4834	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5492	-0.0541	-0.0204	0.6799	0.2528	1.0103	-0.1308	-0.3403	0.2684	0.0225	0.0756	0.0289	-0.039	-0.1373	0.0583	0.3413	0.0881	0.0182	0.3967	0.0416	0.3035	-34.9569	-65.4146	61.1256
2	2.7337	-0.1329	-0.1228	0.6924	-0.0443	1.1212	-0.124	-0.0516	0.2557	-0.0014	0.0638	-0.0851	-0.0598	0.1553	0.0674	0.3007	0.0012	0.0064	0.2889	-0.0219	0.2768	-5.4053	-65.2283	52.1569
3	1.9166	0.1573	-0.2774	1.1684	-0.2523	1.6084	-0.1729	-0.3691	-0.228	0.147	0.0966	-0.011	0.1191	0.2239	0.0661	0.3382	0.0278	0.0111	0.4082	0.0039	0.2906	-130.4273	-21.2823	41.7645
4	0.9993	0.1729	0.2932	0.9286	-0.0343	1.0146	-0.1939	-0.4313	-0.3723	0.1671	0.2448	-0.4541	0.2134	0.7642	-0.091	0.4289	0.1945	-0.041	1.0295	-0.0192	0.6488	-100.5741	-29.253	40.8092
5	2.4736	-0.5939	-0.4771	0.8605	0.3261	1.4172	-0.1234	-0.0401	-0.2069	-0.0609	0.0642	0.0491	0.0914	-0.1653	0.0484	0.3405	0.0573	0.0002	0.5204	0.0928	0.3119	-80.2905	-74.8438	70.6024
6	1.2241	-0.2591	0.1396	0.8494	0.0552	1.0007	-0.0737	0.234	-0.388	-0.1121	0.0752	0.4003	0.1897	-0.7452	-0.0368	0.4302	-0.1051	-0.0367	1.0845	0.061	0.609	-110.3676	-82.3376	70.5993
7	0.8514	0.5435	0.2182	1.5175	-0.8712	1.9666	-0.0704	0.5309	0.4794	-0.2356	0.051	0.2018	-0.1009	-0.466	-0.0049	0.4471	0.0951	-0.0423	0.8027	0.2055	0.4511	-61.823	-56.3166	38.5435
8	0.1266	-0.0539	0.3246	0.761	0.3928	2.4863	0.065	-0.7868	0.5418	0.1058	-0.098	-0.0984	-0.108	0.4175	-0.0912	0.3997	-0.0859	0.0274	1.214	-0.3036	0.5422	21.7322	-58.0495	75.0549
9	1.0575	0.2507	0.3593	2.3276	0.6855	0.8149	-0.0787	-0.239	-0.7702	0.03	-0.3607	0.409	0.5136	-0.4624	0.165	0.7134	-0.0976	0.2903	0.4739	-0.0414	0.8964	-157.2337	-45.6248	39.8472
10	2.1812	0.1754	-0.0235	1.2354	-1.0033	1.7305	-0.1086	0.0427	0.1428	-0.066	0.054	-0.6019	-0.1268	0.9378	0.0568	0.5386	-0.1893	0.0375	1.5698	-0.2416	0.9627	-75.3567	-7.0429	27.0679
11	1.1763	-0.2735	-0.0872	0.8465	-0.2969	0.1475	-0.012	-0.3681	-1.0104	-0.2261	-0.3296	-0.3428	0.7641	0.6312	-0.3666	0.8766	0.3051	0.2505	0.6233	0.3437	1.0445	-53.953	-99.7052	71.1949
12	1.4658	-0.1881	-0.1094	0.3416	0.6671	1.3817	0.0752	-0.2193	0.0438	0.0315	-0.1807	0.3856	-0.3037	-1.2569	0.0019	0.5592	0.3502	0.0397	2.0159	0.0969	0.883	-135.4851	-60.8092	85.4385
13	0.8714	0.1839	0.0477	0.7163	-0.1354	1.4571	-0.1129	0.3442	0.823	-0.1344	-0.1273	-0.0889	-0.7178	-0.3498	-0.3507	0.7651	0.1834	-0.0946	0.2899	0.244	0.9947	-29.2125	-32.2713	34.0548
14	0.56	-0.305	0.3017	0.8236	0.1681	1.0929	-0.1911	-0.6494	0.7729	0.1956	0.0281	-0.1544	-0.5157	0.0708	-0.2309	0.6913	0.137	-0.1933	0.7457	-0.5116	1.048	-11.1897	-34.0235	81.8325
15	0.5186	0.3836	0.1044	1.6544	-0.0263	0.8817	0.046	0.1701	-0.4844	-0.0819	0.1237	0.2932	0.5105	0.2394	-0.0247	0.7676	0.1021	-0.028	0.2507	-0.1147	0.8329	-126.5673	-54.365	14.5871
16	1.7497	-0.0004	-0.314	1.3863	-0.1667	1.2142	-0.0516	0.4658	0.0884	-0.4292	0.0459	-0.2251	-0.1841	0.582	0.0075	0.5302	-0.1755	0.0681	0.7776	-0.059	0.3627	-109.8319	-7.7431	4.7295
17	0.8693	-0.2773	-0.2564	1.2213	0.1844	1.0803	0.0034	-0.2983	-0.3765	0.0986	-0.037	0.0226	0.7014	-0.1316	0.0119	0.7712	-0.047	-0.0243	0.6381	0.3031	0.6978	-85.8227	-110.3118	94.8104
18	1.9346	-0.546	-0.4082	0.8563	0.3794	0.9692	-0.1534	-1.0737	0.1686	0.2142	0.154	0.0128	-0.0328	-0.3717	-0.0741	0.3776	0.2542	-0.014	1.3772	0.0248	0.3546	-101.2075	-63.3857	108.0607

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and resi 2:414
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and resi 2:414
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and resi 2:414
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and resi 2:414
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and resi 2:414
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and resi 2:414
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and resi 415:631
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and resi 415:631
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and resi 415:623
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and resi 415:631
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and resi 415:622
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and resi 415:631
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and resi 632:1170
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and resi 632:1170
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and resi 632:1170
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and resi 632:1170
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and resi 632:1170
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and resi 632:1170

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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