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- PDB-6c97: Crystal structure of FcRn at pH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c97
タイトルCrystal structure of FcRn at pH3
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Neonatal Fc Receptor / FcRn / Inhibitor / beta 2 microglobulin (Β2-ミクログロブリン) / b2m
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IgG receptor FcRn large subunit p51 / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fox III, D. / Fairman, J.W.
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2018
タイトル: Insight into small molecule binding to the neonatal Fc receptor by X-ray crystallography and 100 kHz magic-angle-spinning NMR.
著者: Stoppler, D. / Macpherson, A. / Smith-Penzel, S. / Basse, N. / Lecomte, F. / Deboves, H. / Taylor, R.D. / Norman, T. / Porter, J. / Waters, L.C. / Westwood, M. / Cossins, B. / Cain, K. / ...著者: Stoppler, D. / Macpherson, A. / Smith-Penzel, S. / Basse, N. / Lecomte, F. / Deboves, H. / Taylor, R.D. / Norman, T. / Porter, J. / Waters, L.C. / Westwood, M. / Cossins, B. / Cain, K. / White, J. / Griffin, R. / Prosser, C. / Kelm, S. / Sullivan, A.H. / Fox, D. / Carr, M.D. / Henry, A. / Taylor, R. / Meier, B.H. / Oschkinat, H. / Lawson, A.D.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
C: IgG receptor FcRn large subunit p51
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5897
ポリマ－84,3134
非ポリマー2763
水8,755486
1
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4335
ポリマ－42,1562
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
2
C: IgG receptor FcRn large subunit p51
D: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1562
ポリマ－42,1562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.100, 76.250, 140.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor


分子量: 30408.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P55899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3
詳細: APO FCRN CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN COMPLEX, PROVIDED IN A PROTEIN SOLUTION CONTAINING 50MM HEPES PH 7.0 AND 75MM ...詳細: APO FCRN CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN COMPLEX, PROVIDED IN A PROTEIN SOLUTION CONTAINING 50MM HEPES PH 7.0 AND 75MM NACL, AND AN OPTIMIZATION SCREEN CONTAINING 0.1M CITRIC ACID/NAOH PH 3.01-3.09 AND 12-16% W/V PEG 6,000.
PH範囲: 3.00-3.09

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 59210 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10.91
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 4328 / CC1/2: 0.676 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(DEV_2443: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.616 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2102 2789 4.71 %
Rwork0.1739 --
obs0.1756 59205 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5669 0 18 486 6173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8978192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6813508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03450.33991410.24332778X-RAY DIFFRACTION99
2.0345-2.07150.31051500.24072790X-RAY DIFFRACTION98
2.0715-2.11140.26931330.22762822X-RAY DIFFRACTION99
2.1114-2.15450.25021530.2122738X-RAY DIFFRACTION99
2.1545-2.20130.28031540.20082849X-RAY DIFFRACTION99
2.2013-2.25250.27971220.20542783X-RAY DIFFRACTION98
2.2525-2.30880.23121230.20492831X-RAY DIFFRACTION99
2.3088-2.37130.25471450.20752798X-RAY DIFFRACTION99
2.3713-2.4410.25861460.20042801X-RAY DIFFRACTION99
2.441-2.51980.25791490.19872802X-RAY DIFFRACTION99
2.5198-2.60990.25971430.19572840X-RAY DIFFRACTION99
2.6099-2.71440.25141430.19422816X-RAY DIFFRACTION99
2.7144-2.83790.24291270.18482858X-RAY DIFFRACTION99
2.8379-2.98750.19221170.17832861X-RAY DIFFRACTION99
2.9875-3.17460.22241210.17072811X-RAY DIFFRACTION99
3.1746-3.41960.1831390.17242835X-RAY DIFFRACTION99
3.4196-3.76360.20461410.15162822X-RAY DIFFRACTION99
3.7636-4.30790.17941170.13582872X-RAY DIFFRACTION99
4.3079-5.42620.1471600.12452836X-RAY DIFFRACTION99
5.4262-46.6290.16641650.17622873X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13290.12150.07872.24590.94713.5938-0.026-0.0451-0.14250.34760.0927-0.15110.48680.37020.00220.2030.0566-0.01830.1583-0.01510.1952-6.0864-26.0064157.8261
22.8111.82251.40362.9546-0.77212.14490.0276-0.1056-0.06760.013-0.01690.2146-0.0754-0.3047-0.06830.1240.0289-0.01690.1443-0.04340.1932-15.3474-23.0131148.3621
30.71160.3833-0.46221.99581.41273.1551-0.07590.0914-0.18840.1455-0.04410.08310.5357-0.280.13870.1430.0029-0.03910.20920.00030.2554-16.0298-26.8961151.3472
41.7055-0.0425-0.14243.4023-0.54883.07430.0420.01010.2879-0.0748-0.01880.0707-0.30710.0129-0.02720.113-0.02340.00870.172-0.01140.2362-13.05439.8179160.8268
51.3377-0.6647-0.7282.70682.47325.5764-0.006-0.02350.0203-0.04420.0913-0.1215-0.0215-0.0942-0.02970.0963-0.02430.02170.17060.01690.1915-0.7112-1.5865158.1216
64.30944.35424.17164.68743.9384.50550.0403-0.0105-0.1407-0.13350.2-0.50160.26450.1571-0.47150.1371-0.00860.01060.2762-0.02250.27956.4173-7.4892150.9861
75.92765.1037-0.56737.0021-1.53075.2569-0.0774-0.1058-0.7263-0.1859-0.1099-0.84260.56360.48170.22470.20940.0484-0.01520.19480.00190.359112.1113-4.4909160.4648
84.50474.11435.01074.81376.16198.11990.1443-0.1945-0.09380.3068-0.0753-0.0290.3645-0.0916-0.09250.14220.00620.02890.1524-0.00520.2135-1.8941-10.0132155.8996
99.10682.5612-2.02037.9703-0.64759.0770.3239-0.83081.49830.362-0.14630.3842-0.8570.3433-0.1740.13660.00840.05640.3464-0.08550.45919.401210.4088165.4875
101.19971.37610.99253.86693.11626.1918-0.05240.04750.2503-0.18020.0866-0.0871-0.20360.158-0.05050.1176-0.0210.03080.20680.02080.30284.89032.018152.0793
111.2788-0.15570.33971.13570.49155.07480.0101-0.02870.14920.19110.0075-0.0802-0.3630.4476-0.01110.3435-0.05440.03490.2282-0.0630.2008-9.32257.3796192.2763
126.76090.26112.16773.73891.17977.85620.1689-0.17230.12250.3294-0.19670.33170.1256-0.82650.08560.3794-0.03870.10720.291-0.07870.2258-18.99814.461200.9034
130.25740.24060.58941.1790.13343.7618-0.006-0.21790.15630.3491-0.13960.1578-0.6457-0.66270.14140.41670.0240.08150.3638-0.08190.2623-19.76637.9903197.4998
141.8574-0.196-0.39071.8634-0.85191.28830.0974-0.1702-0.31660.18030.06960.1130.88150.0086-0.15240.7973-0.0409-0.03590.25450.02980.2231-13.9057-28.5591188.2942
153.2528-0.6223-0.83445.67725.79698.031-0.0768-0.5522-0.02980.6762-0.03620.2245-0.1026-0.21620.02790.66860.0162-0.04190.29640.01360.2329-5.5411-14.8112201.6889
162.61760.9343-0.92061.03941.77627.60830.26710.00140.12070.43840.3979-0.78780.21180.7591-0.54160.47560.097-0.03290.306-0.03550.2519-0.9909-17.4598187.8363
173.7263-3.0451-2.91446.92033.83595.95720.19330.0002-0.02230.63360.1214-0.90090.04380.3792-0.28210.4460.0242-0.14080.3913-0.05360.35213.0627-10.8379200.4159
184.174-2.7688-3.24952.14772.17052.74470.8194-0.12960.4405-0.2955-0.0493-0.692-0.43020.4623-0.68990.5835-0.019-0.02560.3841-0.1690.43353.8447-9.4528193.7853
193.1333-1.059-0.2613.26621.20633.0690.2218-0.0361-0.0740.3990.042-0.58470.36870.607-0.2010.43030.026-0.07110.3117-0.03830.29190.5276-14.6361194.3096
206.2701-1.1611-0.08892.11360.76570.29950.4274-0.5413-0.67290.62970.2633-0.23690.56510.7917-0.65720.86530.0216-0.19210.6607-0.01680.26021.9671-13.3806210.2188
217.64810.6158-0.12995.8256-0.10177.880.14950.0716-1.08690.2779-0.01020.15880.0126-0.2468-0.1120.76050.1597-0.19940.3489-0.02050.53070.1897-24.6598194.4104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 72 through 77 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 78 through 99 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 4 through 82 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 83 through 112 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 113 through 180 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 181 through 268 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 11 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 12 through 30 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 31 through 41 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 42 through 56 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 57 through 83 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 84 through 90 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 91 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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