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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bbn | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a curved tubulin complex induced by the kinesin-13 Kif2A | |||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Kinesin (キネシン) / Kif2A / microtubules (微小管) / tubulin (チューブリン) / kinesin-13 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 centriolar subdistal appendage / Kinesins / positive regulation of axon guidance / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule depolymerization / kinesin complex / microtubule motor activity / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / mitotic spindle assembly ...centriolar subdistal appendage / Kinesins / positive regulation of axon guidance / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule depolymerization / kinesin complex / microtubule motor activity / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / mitotic spindle assembly / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / microtubule-based process / Mitotic Prometaphase / regulation of cell migration / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / MHC class II antigen presentation / cellular response to interleukin-4 / 中心小体 / mitotic spindle organization / RHO GTPases Activate Formins / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / spindle / microtubule cytoskeleton organization / 紡錘体 / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule binding / 微小管 / 細胞分化 / nuclear body / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / GTPase activity / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Homo sapiens (ヒト) Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.514 Å | |||||||||
データ登録者 | Allingham, J.S. / Trofimova, D. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Ternary complex of Kif2A-bound tandem tubulin heterodimers represents a kinesin-13-mediated microtubule depolymerization reaction intermediate. 著者: Trofimova, D. / Paydar, M. / Zara, A. / Talje, L. / Kwok, B.H. / Allingham, J.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bbn.cif.gz | 460.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bbn.ent.gz | 364.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bbn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/6bbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/6bbn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDPE
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947 #2: タンパク質 | 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856 #3: タンパク質 | | 分子量: 17911.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: タンパク質 | | 分子量: 47918.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF2A, KIF2, KNS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00139 |
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-非ポリマー , 5種, 10分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #9: 化合物 | ChemComp-ANP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 % / 解説: thin plates |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 8% PEG8000, 6% ethylene glycol, 10 mM DDT, 100 mM HEPES, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.46→50 Å / Num. obs: 40041 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 129.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.249 / Χ2: 1.303 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 142449 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 4LNU & 2GRY 解像度: 3.514→49.217 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 263.18 Å2 / Biso mean: 146.2432 Å2 / Biso min: 68.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.514→49.217 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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