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万見
- PDB-6b1o: The structure of DPP4 in complex with Vildagliptin Analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b1o
タイトルThe structure of DPP4 in complex with Vildagliptin Analog
要素Dipeptidyl peptidase 4DPP-4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / Diabetes (糖尿病) / DPP4 inhibitors (DPP-4阻害薬) / covalent inhibitors / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / DPP-4 / psychomotor behavior / chemorepellent activity / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity ...glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / DPP-4 / psychomotor behavior / chemorepellent activity / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity / peptide hormone processing / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / endothelial cell migration / behavioral fear response / aminopeptidase activity / T cell costimulation / serine-type peptidase activity / T細胞 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / virus receptor activity / lamellipodium / protease binding / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / response to hypoxia / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / protein homodimerization activity / タンパク質分解 / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Scapin, G.
引用ジャーナル: Endocrinol Diabetes Metab / 年: 2018
タイトル: A comparative study of the binding properties, dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) inhibitory activity and glucose-lowering efficacy of the DPP-4 inhibitors alogliptin, linagliptin, ...タイトル: A comparative study of the binding properties, dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) inhibitory activity and glucose-lowering efficacy of the DPP-4 inhibitors alogliptin, linagliptin, saxagliptin, sitagliptin and vildagliptin in mice.
著者: Berger, J.P. / SinhaRoy, R. / Pocai, A. / Kelly, T.M. / Scapin, G. / Gao, Y.D. / Pryor, K.A.D. / Wu, J.K. / Eiermann, G.J. / Xu, S.S. / Zhang, X. / Tatosian, D.A. / Weber, A.E. / Thornberry, N.A. / Carr, R.D.
履歴
登録2017年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,10716
ポリマ－168,9532
非ポリマー5,15414
水27,6891537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9910 Å2
ΔGint59 kcal/mol
Surface area60720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.515, 123.342, 130.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 4 / DPP-4 / ADABP / Adenosine deaminase complexing protein 2 / ADCP-2 / Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T- ...ADABP / Adenosine deaminase complexing protein 2 / ADCP-2 / Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T-cell activation antigen CD26 / TP103


分子量: 84476.648 Da / 分子数: 2 / 変異: S39T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP4, ADCP2, CD26
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27487, DPP-4
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-C8S / (2S)-2-amino-1-[(1S,3S,5S)-3-(aminomethyl)-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-2-yl]-2-[(1r,3R,5S,7S)-3,5-dihydroxytricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-yl]ethan-1-one


分子量: 335.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H29N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 4000, SODIUM ACETATE, TRIS, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→130.958 Å / Num. all: 150961 / Num. obs: 150961 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.079 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 985727
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.91-1.966.50.4891.572258110590.2310.5890.4893.3100
1.96-2.016.50.374269979107360.1790.4550.3744.3100
2.01-2.076.90.32.472243105130.1390.3610.35.5100
2.07-2.136.80.2552.969422101810.1170.3040.2556.5100
2.13-2.26.70.2033.66655799020.0940.2440.2038.1100
2.2-2.286.50.1846251695670.0850.2160.189100
2.28-2.366.50.154.85988392390.070.1790.1510.6100
2.36-2.466.50.1315.55786589180.0620.1590.13112.1100
2.46-2.576.80.1166.25876485940.0530.1380.11614.1100
2.57-2.76.80.1036.95511181380.0470.1230.10316100
2.7-2.846.60.0927.75175678100.0430.1090.09218.1100
2.84-3.016.20.088.64602073870.0390.0980.0820.499.9
3.01-3.226.30.0719.54346369530.0350.0880.07123.399.9
3.22-3.486.50.06510.44227764820.0310.0790.06526.6100
3.48-3.816.30.06113786259850.0290.0730.0628.599.9
3.81-4.265.90.05611.43225154380.0270.0680.0562999.8
4.26-4.926.10.05212.12928948310.0250.0630.05230.899.9
4.92-6.036.50.04912.92676141040.0220.0570.04931.799.9
6.03-8.526.20.04513.92000332500.0210.0530.0453199.9
8.52-130.9586.10.03815.71144718740.0170.0440.03832.799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.91→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.887 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2015 7621 5.1 %RANDOM
Rwork0.1717 ---
obs0.1732 143198 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.59 Å2 / Biso mean: 26.993 Å2 / Biso min: 11.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11930 0 342 1537 13809
Biso mean--47.58 30.93 -
残基数----1456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02212746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2441.96417395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05351460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.22723.981628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49152017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5361562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219766
LS精密化 シェル解像度: 1.906→1.955 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 550 -
Rwork0.241 10449 -
all-10999 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5407-0.0262-0.0610.19750.08310.21960.005-0.03810.0445-0.0456-0.0087-0.0010.00990.03310.00370.02450.0054-0.00420.01470.00340.010510.4644.64429.965
20.47760.01910.00710.19980.05950.24960.0125-0.0140.0267-0.0057-0.00120.00680.0162-0.0371-0.01130.0158-0.0058-0.01010.00970.00070.0111-45.5468.37235.268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 766
2X-RAY DIFFRACTION1A811
3X-RAY DIFFRACTION2B39 - 766
4X-RAY DIFFRACTION2B812

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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