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- PDB-6aks: Cryo-EM structure of CVA10 mature virus -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6aks
タイトルCryo-EM structure of CVA10 mature virus
構成要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS (ウイルス) / picornavirus uncoating / receptor binding (受容体)
機能・相同性Peptidase C3A/C3B, picornaviral / Viral coat protein subunit / Poliovirus 3A protein-like / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Peptidase S1, PA clan / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / AAA+ ATPase domain / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus 2B protein / Picornavirus capsid ...Peptidase C3A/C3B, picornaviral / Viral coat protein subunit / Poliovirus 3A protein-like / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Peptidase S1, PA clan / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / AAA+ ATPase domain / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus 2B protein / Picornavirus capsid / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / picornavirus capsid protein / ヘリカーゼ / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus 2B protein / Picornavirus core protein 2A / RNA依存性RNAポリメラーゼ / 3C cysteine protease (picornain 3C) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / picornain 2A / pore-mediated entry of viral genome into host cell / suppression by virus of host mRNA export from nucleus / suppression by virus of host RIG-I activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / RNA-protein covalent cross-linking / host cell cytoplasmic vesicle membrane / pore formation by virus in membrane of host cell / integral to membrane of host cell / RNA helicase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / カプシド / RNA依存性RNAポリメラーゼ / induction by virus of host autophagy / suppression by virus of host gene expression / ion channel activity / protein complex oligomerization / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / cysteine-type endopeptidase activity / transcription, DNA-templated / virion attachment to host cell / structural molecule activity / RNA binding / 生体膜 / ATP binding / Genome polyprotein / Genome polyprotein / タンパク質分解 / VP1
機能・相同性情報
試料の由来Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3 Å 分解能
データ登録者Zhu, L. / Sun, Y. / Fan, J.Y. / Zhu, B. / Cao, L. / Gao, Q. / Zhang, Y.J. / Liu, H.R. / Rao, Z.H. / Wang, X.X.
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2018
タイトル: Structures of Coxsackievirus A10 unveil the molecular mechanisms of receptor binding and viral uncoating.
著者: Ling Zhu / Yao Sun / Jinyan Fan / Bin Zhu / Lei Cao / Qiang Gao / Yanjun Zhang / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年9月3日 / 公開: 2019年1月16日

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9642
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9642
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9285
ポリマ-94,6284
非ポリマ-2991
0
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,695,663300
ポリマ-5,677,693240
非ポリマ-17,97060
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
point symmetry operation1
3
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 475 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,63925
ポリマ-473,14120
非ポリマ-1,4975
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation5
4
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 570 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)569,56630
ポリマ-567,76924
非ポリマ-1,7976
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド VP1


分子量: 33101.188 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: W0G0K3
#2: タンパク質・ペプチド VP2


分子量: 27783.105 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: A0A0C5AZ80
#3: タンパク質・ペプチド VP3


分子量: 26279.826 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: A0A0C5AWF6
#4: タンパク質・ペプチド VP4


分子量: 7464.104 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q75Q92
#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / : C18H37NO2 / スフィンゴシン

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: VIRUS / Entity ID: 2,3,4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
由来(組換発現)生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ウイルスの単離状態: SEROTYPE / ウイルスのタイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: refinement
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成分解能: 3 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4586 / 対称性のタイプ: POINT
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0106591
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9599007
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.4175237
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0601012
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081168

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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