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万見
- PDB-6acq: Crystal structure of (S)-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6acq
タイトルCrystal structure of (S)-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase from Clostridium acetobutylicum, apo form
要素3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase3-ヒドロキシブチリルCoAレダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-ヒドロキシブチリルCoAレダクターゼ / 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase activity / butyrate metabolic process / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能
3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 ...3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ヒドロキシブチリルCoAレダクターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Takenoya, M. / Taguchi, S. / Yajima, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure and kinetic analyses of a hexameric form of (S)-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase from Clostridium acetobutylicum.
著者: Takenoya, M. / Taguchi, S. / Yajima, S.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
B: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
C: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
D: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
E: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
F: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,7586
ポリマ－196,7586
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18120 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area65400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.434, 134.479, 153.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase / 3-ヒドロキシブチリルCoAレダクターゼ / Beta-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase / BHBD


分子量: 32793.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
株: ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / LMG 5710 / VKM B-1787 / 遺伝子: hbd, CA_C2708 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P52041, 3-ヒドロキシブチリルCoAレダクターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.25% PEG 400, 2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 95544 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4717 / CC1/2: 0.855 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AA8

6aa8


解像度: 2.5→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.391 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22182 4780 5 %RANDOM
Rwork0.19862 ---
obs0.19979 90674 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.979 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20 Å2
2---2.83 Å20 Å2
3---1.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12912 0 0 79 12991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01913096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0212986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.98417647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.757330136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6151697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.0424.98490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.24152459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6581562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.22081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5655.2236806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5655.2226805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0467.8248497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0457.8258498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9065.626290
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9055.626290
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.828.2459151
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.63863.56415045
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.63863.56915044
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 338 -
Rwork0.299 6389 -
obs--95.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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