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- PDB-5zvt: Structure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA vir... -

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エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5zvt
タイトルStructure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA virus provides insights into the mechanisms of transcription and assembly
構成要素
  • C-terminus of outer capsid protein VP5
  • Core protein VP6
  • N-terminus of outer capsid protein VP5
  • Outer capsid VP7
  • VP1
  • VP3
キーワードVIRUS (ウイルス) / icosahedral capsid (カプシド) / symmetry-mismatch / genome (ゲノム) / RNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ)
機能・相同性C2H2-type zinc finger / Immunoglobulin-like fold / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Outer capsid protein VP7 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2) / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / Mu1/VP4 superfamily / Outer capsid protein VP7 ...C2H2-type zinc finger / Immunoglobulin-like fold / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Outer capsid protein VP7 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2) / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / Mu1/VP4 superfamily / Outer capsid protein VP7 / Mu1 membrane penetration protein, subdomain 3 / Mu1 membrane penetration protein, subdomain 2 / Zinc finger C2H2-type / Reovirus core-spike lambda-2 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Sigma1/sigma2, reoviral / mRNA guanylyltransferase activity / host cell surface binding / viral outer capsid / mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / カプシド / nucleic acid binding / viral entry into host cell / pathogenesis / ATP binding / Outer capsid VP7 / Core protein VP6 / Putative outer capsid VP4 / VP3 / VP1
機能・相同性情報
試料の由来Grass carp reovirus (ウイルス)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.3 Å 分解能
データ登録者Liu, H. / Fang, Q. / Cheng, L.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2018
タイトル: Structure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA virus provides insights into the mechanisms of transcription and assembly.
著者: Xurong Wang / Fuxian Zhang / Rui Su / Xiaowu Li / Wenyuan Chen / Qingxiu Chen / Tao Yang / Jiawei Wang / Hongrong Liu / Qin Fang / Lingpeng Cheng
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年5月12日 / 公開: 2018年7月4日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02018年7月4日Structure modelrepositoryInitial release
1.12018年7月25日Structure modelData collection / Database referencescitation_citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6969
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6969
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
l: Outer capsid VP7
b: Outer capsid VP7
f: Outer capsid VP7
d: Outer capsid VP7
h: Outer capsid VP7
j: Outer capsid VP7
n: Outer capsid VP7
p: Outer capsid VP7
r: Outer capsid VP7
t: Outer capsid VP7
A: N-terminus of outer capsid protein VP5
B: C-terminus of outer capsid protein VP5
C: N-terminus of outer capsid protein VP5
D: C-terminus of outer capsid protein VP5
E: N-terminus of outer capsid protein VP5
F: C-terminus of outer capsid protein VP5
G: N-terminus of outer capsid protein VP5
H: C-terminus of outer capsid protein VP5
I: N-terminus of outer capsid protein VP5
J: C-terminus of outer capsid protein VP5
K: N-terminus of outer capsid protein VP5
L: C-terminus of outer capsid protein VP5
M: N-terminus of outer capsid protein VP5
N: C-terminus of outer capsid protein VP5
O: N-terminus of outer capsid protein VP5
P: C-terminus of outer capsid protein VP5
Q: N-terminus of outer capsid protein VP5
R: C-terminus of outer capsid protein VP5
S: N-terminus of outer capsid protein VP5
T: C-terminus of outer capsid protein VP5
U: Core protein VP6
V: Core protein VP6
W: VP1
X: VP3
Y: VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,482,51045
ポリマ-1,480,22635
非ポリマ-2,28410
0
1
l: Outer capsid VP7
b: Outer capsid VP7
f: Outer capsid VP7
d: Outer capsid VP7
h: Outer capsid VP7
j: Outer capsid VP7
n: Outer capsid VP7
p: Outer capsid VP7
r: Outer capsid VP7
t: Outer capsid VP7
A: N-terminus of outer capsid protein VP5
B: C-terminus of outer capsid protein VP5
C: N-terminus of outer capsid protein VP5
D: C-terminus of outer capsid protein VP5
E: N-terminus of outer capsid protein VP5
F: C-terminus of outer capsid protein VP5
G: N-terminus of outer capsid protein VP5
H: C-terminus of outer capsid protein VP5
I: N-terminus of outer capsid protein VP5
J: C-terminus of outer capsid protein VP5
K: N-terminus of outer capsid protein VP5
L: C-terminus of outer capsid protein VP5
M: N-terminus of outer capsid protein VP5
N: C-terminus of outer capsid protein VP5
O: N-terminus of outer capsid protein VP5
P: C-terminus of outer capsid protein VP5
Q: N-terminus of outer capsid protein VP5
R: C-terminus of outer capsid protein VP5
S: N-terminus of outer capsid protein VP5
T: C-terminus of outer capsid protein VP5
U: Core protein VP6
V: Core protein VP6
W: VP1
X: VP3
Y: VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,950,5862700
ポリマ-88,813,5632100
非ポリマ-137,023600
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
point symmetry operation1
3
l: Outer capsid VP7
b: Outer capsid VP7
f: Outer capsid VP7
d: Outer capsid VP7
h: Outer capsid VP7
j: Outer capsid VP7
n: Outer capsid VP7
p: Outer capsid VP7
r: Outer capsid VP7
t: Outer capsid VP7
A: N-terminus of outer capsid protein VP5
B: C-terminus of outer capsid protein VP5
C: N-terminus of outer capsid protein VP5
D: C-terminus of outer capsid protein VP5
E: N-terminus of outer capsid protein VP5
F: C-terminus of outer capsid protein VP5
G: N-terminus of outer capsid protein VP5
H: C-terminus of outer capsid protein VP5
I: N-terminus of outer capsid protein VP5
J: C-terminus of outer capsid protein VP5
K: N-terminus of outer capsid protein VP5
L: C-terminus of outer capsid protein VP5
M: N-terminus of outer capsid protein VP5
N: C-terminus of outer capsid protein VP5
O: N-terminus of outer capsid protein VP5
P: C-terminus of outer capsid protein VP5
Q: N-terminus of outer capsid protein VP5
R: C-terminus of outer capsid protein VP5
S: N-terminus of outer capsid protein VP5
T: C-terminus of outer capsid protein VP5
U: Core protein VP6
V: Core protein VP6
W: VP1
X: VP3
Y: VP3
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 7.41 MDa, 175 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,412,549225
ポリマ-7,401,130175
非ポリマ-11,41950
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation5
4
l: Outer capsid VP7
b: Outer capsid VP7
f: Outer capsid VP7
d: Outer capsid VP7
h: Outer capsid VP7
j: Outer capsid VP7
n: Outer capsid VP7
p: Outer capsid VP7
r: Outer capsid VP7
t: Outer capsid VP7
A: N-terminus of outer capsid protein VP5
B: C-terminus of outer capsid protein VP5
C: N-terminus of outer capsid protein VP5
D: C-terminus of outer capsid protein VP5
E: N-terminus of outer capsid protein VP5
F: C-terminus of outer capsid protein VP5
G: N-terminus of outer capsid protein VP5
H: C-terminus of outer capsid protein VP5
I: N-terminus of outer capsid protein VP5
J: C-terminus of outer capsid protein VP5
K: N-terminus of outer capsid protein VP5
L: C-terminus of outer capsid protein VP5
M: N-terminus of outer capsid protein VP5
N: C-terminus of outer capsid protein VP5
O: N-terminus of outer capsid protein VP5
P: C-terminus of outer capsid protein VP5
Q: N-terminus of outer capsid protein VP5
R: C-terminus of outer capsid protein VP5
S: N-terminus of outer capsid protein VP5
T: C-terminus of outer capsid protein VP5
U: Core protein VP6
V: Core protein VP6
W: VP1
X: VP3
Y: VP3
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 8.9 MDa, 210 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,895,059270
ポリマ-8,881,356210
非ポリマ-13,70260
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1

-
構成要素

-
タンパク質・ペプチド , 6種, 35分子 lbfdhjnprtACEGIKMOQSBDFHJLNPRT...

#1: タンパク質・ペプチド
Outer capsid VP7


分子量: 29844.648 Da / 分子数: 10 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q8JU63
#2: タンパク質・ペプチド
N-terminus of outer capsid protein VP5 / N-terminus of outer capsid VP4


分子量: 4302.686 Da / 分子数: 10 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q8JU67
#3: タンパク質・ペプチド
C-terminus of outer capsid protein VP5 / C-terminus of outer capsid protein VP4


分子量: 64362.086 Da / 分子数: 10 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q8JU67
#4: タンパク質・ペプチド Core protein VP6 / inner capsid protein VP6


分子量: 44606.535 Da / 分子数: 2 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q8JU64
#5: タンパク質・ペプチド VP1


分子量: 141512.156 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q9E3W0
#6: タンパク質・ペプチド VP3


分子量: 132203.312 Da / 分子数: 2 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q9E3V8

-
非ポリマー , 1種, 10分子

#7: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 10 / : C14H28O2 / ミリスチン酸

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Grass carp reovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: 1,2,3,4,5,6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ウイルスの単離状態: STRAIN / ウイルスのタイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 3.3 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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