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万見
- PDB-5zvt: Structure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zvt
タイトルStructure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA virus provides insights into the mechanisms of transcription and assembly
要素
  • C-terminus of outer capsid protein VP5
  • Core protein VP6
  • N-terminus of outer capsid protein VP5
  • Outer capsid VP7
  • VP1
  • VP3
キーワードVIRUS (ウイルス) / icosahedral capsid (カプシド) / symmetry-mismatch / genome (ゲノム) / RNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / viral inner capsid / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / カプシド / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity ...host cell surface binding / viral inner capsid / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / カプシド / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / hydrolase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein mu-1, chain B, domain 3 / Protein mu-1, chain B, domain 3 / Helix Hairpins - #1520 / Membrane penetration protein mu1, Chain B, domain 4 / Reovirus core / Reovirus components fold / Reovirus components / Reovirus components fold / Reovirus components / Outer capsid protein VP7 ...Protein mu-1, chain B, domain 3 / Protein mu-1, chain B, domain 3 / Helix Hairpins - #1520 / Membrane penetration protein mu1, Chain B, domain 4 / Reovirus core / Reovirus components fold / Reovirus components / Reovirus components fold / Reovirus components / Outer capsid protein VP7 / Outer capsid protein VP7 / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / C2H2-type zinc finger / 3-Layer(bab) Sandwich / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Helix Hairpins / Jelly Rolls / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ミリスチン酸 / Outer capsid VP7 / Core protein VP6 / Putative outer capsid VP4 / ヘリカーゼ / VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Grass carp reovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu, H. / Fang, Q. / Cheng, L.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501100 中国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910104 中国
National Natural Science Foundation of China91530321 中国
National Natural Science Foundation of China31672693 中国
National Natural Science Foundation of China31570727 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA virus provides insights into the mechanisms of transcription and assembly.
著者: Xurong Wang / Fuxian Zhang / Rui Su / Xiaowu Li / Wenyuan Chen / Qingxiu Chen / Tao Yang / Jiawei Wang / Hongrong Liu / Qin Fang / Lingpeng Cheng /
要旨: Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe RNA plus strands within a common innermost capsid shell. This process requires coordinated efforts by RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) together ...Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe RNA plus strands within a common innermost capsid shell. This process requires coordinated efforts by RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) together with other capsid proteins and genomic RNA. Here we report the near-atomic resolution structure of the RdRp protein VP2 in complex with its cofactor protein VP4 and genomic RNA within an aquareovirus capsid using 200-kV cryoelectron microscopy and symmetry-mismatch reconstruction. The structure of these capsid proteins enabled us to observe the elaborate nonicosahedral structure within the double-layered icosahedral capsid. Our structure shows that the RdRp complex is anchored at the inner surface of the capsid shell and interacts with genomic dsRNA and four of the five asymmetrically arranged N termini of the capsid shell proteins under the fivefold axis, implying roles for these N termini in virus assembly. The binding site of the RNA end at VP2 is different from the RNA cap binding site identified in the crystal structure of orthoreovirus RdRp λ3, although the structures of VP2 and λ3 are almost identical. A loop, which was thought to separate the RNA template and transcript, interacts with an apical domain of the capsid shell protein, suggesting a mechanism for regulating RdRp replication and transcription. A conserved nucleoside triphosphate binding site was localized in our RdRp cofactor protein VP4 structure, and interactions between the VP4 and the genomic RNA were identified.
履歴
登録2018年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6969
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  • マップデータ: EMDB-6969
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
l: Outer capsid VP7
b: Outer capsid VP7
f: Outer capsid VP7
d: Outer capsid VP7
h: Outer capsid VP7
j: Outer capsid VP7
n: Outer capsid VP7
p: Outer capsid VP7
r: Outer capsid VP7
t: Outer capsid VP7
A: N-terminus of outer capsid protein VP5
B: C-terminus of outer capsid protein VP5
C: N-terminus of outer capsid protein VP5
D: C-terminus of outer capsid protein VP5
E: N-terminus of outer capsid protein VP5
F: C-terminus of outer capsid protein VP5
G: N-terminus of outer capsid protein VP5
H: C-terminus of outer capsid protein VP5
I: N-terminus of outer capsid protein VP5
J: C-terminus of outer capsid protein VP5
K: N-terminus of outer capsid protein VP5
L: C-terminus of outer capsid protein VP5
M: N-terminus of outer capsid protein VP5
N: C-terminus of outer capsid protein VP5
O: N-terminus of outer capsid protein VP5
P: C-terminus of outer capsid protein VP5
Q: N-terminus of outer capsid protein VP5
R: C-terminus of outer capsid protein VP5
S: N-terminus of outer capsid protein VP5
T: C-terminus of outer capsid protein VP5
U: Core protein VP6
V: Core protein VP6
W: VP1
X: VP3
Y: VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,482,51045
ポリマ－1,480,22635
非ポリマー2,28410
水0
1
l: Outer capsid VP7
b: Outer capsid VP7
f: Outer capsid VP7
d: Outer capsid VP7
h: Outer capsid VP7
j: Outer capsid VP7
n: Outer capsid VP7
p: Outer capsid VP7
r: Outer capsid VP7
t: Outer capsid VP7
A: N-terminus of outer capsid protein VP5
B: C-terminus of outer capsid protein VP5
C: N-terminus of outer capsid protein VP5
D: C-terminus of outer capsid protein VP5
E: N-terminus of outer capsid protein VP5
F: C-terminus of outer capsid protein VP5
G: N-terminus of outer capsid protein VP5
H: C-terminus of outer capsid protein VP5
I: N-terminus of outer capsid protein VP5
J: C-terminus of outer capsid protein VP5
K: N-terminus of outer capsid protein VP5
L: C-terminus of outer capsid protein VP5
M: N-terminus of outer capsid protein VP5
N: C-terminus of outer capsid protein VP5
O: N-terminus of outer capsid protein VP5
P: C-terminus of outer capsid protein VP5
Q: N-terminus of outer capsid protein VP5
R: C-terminus of outer capsid protein VP5
S: N-terminus of outer capsid protein VP5
T: C-terminus of outer capsid protein VP5
U: Core protein VP6
V: Core protein VP6
W: VP1
X: VP3
Y: VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,950,5862700
ポリマ－88,813,5632100
非ポリマー137,023600
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
l: Outer capsid VP7
b: Outer capsid VP7
f: Outer capsid VP7
d: Outer capsid VP7
h: Outer capsid VP7
j: Outer capsid VP7
n: Outer capsid VP7
p: Outer capsid VP7
r: Outer capsid VP7
t: Outer capsid VP7
A: N-terminus of outer capsid protein VP5
B: C-terminus of outer capsid protein VP5
C: N-terminus of outer capsid protein VP5
D: C-terminus of outer capsid protein VP5
E: N-terminus of outer capsid protein VP5
F: C-terminus of outer capsid protein VP5
G: N-terminus of outer capsid protein VP5
H: C-terminus of outer capsid protein VP5
I: N-terminus of outer capsid protein VP5
J: C-terminus of outer capsid protein VP5
K: N-terminus of outer capsid protein VP5
L: C-terminus of outer capsid protein VP5
M: N-terminus of outer capsid protein VP5
N: C-terminus of outer capsid protein VP5
O: N-terminus of outer capsid protein VP5
P: C-terminus of outer capsid protein VP5
Q: N-terminus of outer capsid protein VP5
R: C-terminus of outer capsid protein VP5
S: N-terminus of outer capsid protein VP5
T: C-terminus of outer capsid protein VP5
U: Core protein VP6
V: Core protein VP6
W: VP1
X: VP3
Y: VP3
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 7.41 MDa, 175 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,412,549225
ポリマ－7,401,130175
非ポリマー11,41950
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
l: Outer capsid VP7
b: Outer capsid VP7
f: Outer capsid VP7
d: Outer capsid VP7
h: Outer capsid VP7
j: Outer capsid VP7
n: Outer capsid VP7
p: Outer capsid VP7
r: Outer capsid VP7
t: Outer capsid VP7
A: N-terminus of outer capsid protein VP5
B: C-terminus of outer capsid protein VP5
C: N-terminus of outer capsid protein VP5
D: C-terminus of outer capsid protein VP5
E: N-terminus of outer capsid protein VP5
F: C-terminus of outer capsid protein VP5
G: N-terminus of outer capsid protein VP5
H: C-terminus of outer capsid protein VP5
I: N-terminus of outer capsid protein VP5
J: C-terminus of outer capsid protein VP5
K: N-terminus of outer capsid protein VP5
L: C-terminus of outer capsid protein VP5
M: N-terminus of outer capsid protein VP5
N: C-terminus of outer capsid protein VP5
O: N-terminus of outer capsid protein VP5
P: C-terminus of outer capsid protein VP5
Q: N-terminus of outer capsid protein VP5
R: C-terminus of outer capsid protein VP5
S: N-terminus of outer capsid protein VP5
T: C-terminus of outer capsid protein VP5
U: Core protein VP6
V: Core protein VP6
W: VP1
X: VP3
Y: VP3
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 8.9 MDa, 210 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,895,059270
ポリマ－8,881,356210
非ポリマー13,70260
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質 , 5種, 25分子 lbfdhjnprtBDFHJLNPRTUVWXY

#1: タンパク質
Outer capsid VP7


分子量: 29844.648 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q8JU63
#3: タンパク質
C-terminus of outer capsid protein VP5 / C-terminus of outer capsid protein VP4


分子量: 64362.086 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q8JU67
#4: タンパク質 Core protein VP6 / inner capsid protein VP6


分子量: 44606.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q8JU64
#5: タンパク質 VP1


分子量: 141512.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q9E3W0
#6: タンパク質 VP3


分子量: 132203.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q9E3V8

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 20分子 ACEGIKMOQS

#2: タンパク質・ペプチド
N-terminus of outer capsid protein VP5 / N-terminus of outer capsid VP4


分子量: 4302.686 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grass carp reovirus (ウイルス) / 発現宿主: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 参照: UniProt: Q8JU67
#7: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Grass carp reovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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