[日本語] English
万見
- EMDB-5485: Bovine rotavirus DLP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5485
タイトルBovine rotavirus DLP
マップデータIcosahedral reconstruction of rotavirus double-layered particle using the DE-12 direct electron detector without movie frame alignment
試料
  • 試料: Rotavirus double-layered particle
  • ウイルス: Bovine rotavirus (ウイルス)
キーワードvirus / assembly intermediate
生物種Bovine rotavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Campbell MG / Cheng A / Brilot AF / Moeller A / Lyumkis D / Veesler D / Pan J / Harrison SC / Potter CS / Carragher B / Grigorieff N
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Movies of ice-embedded particles enhance resolution in electron cryo-microscopy.
著者: Melody G Campbell / Anchi Cheng / Axel F Brilot / Arne Moeller / Dmitry Lyumkis / David Veesler / Junhua Pan / Stephen C Harrison / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Low-dose images obtained by electron cryo-microscopy (cryo-EM) are often affected by blurring caused by sample motion during electron beam exposure, degrading signal especially at high resolution. We ...Low-dose images obtained by electron cryo-microscopy (cryo-EM) are often affected by blurring caused by sample motion during electron beam exposure, degrading signal especially at high resolution. We show here that we can align frames of movies, recorded with a direct electron detector during beam exposure of rotavirus double-layered particles, thereby greatly reducing image blurring caused by beam-induced motion and sample stage instabilities. This procedure increases the efficiency of cryo-EM imaging and enhances the resolution obtained in three-dimensional reconstructions of the particle. Using movies in this way is generally applicable to all cryo-EM samples and should also improve the performance of midrange electron microscopes that may have limited mechanical stability and beam coherence.
履歴
登録2012年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月12日-
マップ公開2012年9月12日-
更新2012年11月21日-
現状2012年11月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5485_1.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral reconstruction of rotavirus double-layered particle using the DE-12 direct electron detector without movie frame alignment
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.424 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.15407689 - 0.24396071
平均 (標準偏差)-0.02877968 (±0.0324422)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 1139.2001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4241.4241.424
M x/y/z800800800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1139.2001139.2001139.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS800800800
D min/max/mean-0.1540.244-0.029

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Rotavirus double-layered particle

全体名称: Rotavirus double-layered particle
要素
  • 試料: Rotavirus double-layered particle
  • ウイルス: Bovine rotavirus (ウイルス)

-
超分子 #1000: Rotavirus double-layered particle

超分子名称: Rotavirus double-layered particle / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse.
集合状態: 12 x VP1, 120 x VP2, 12 x VP3, 780 x VP6, 11 x RNA
Number unique components: 1
分子量理論値: 70 MDa

-
超分子 #1: Bovine rotavirus

超分子名称: Bovine rotavirus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10927 / 生物種: Bovine rotavirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Bos primigenius (哺乳類) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 70 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: DLP / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 13

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: 1.2-1.3 C-flat
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 7 seconds before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年11月28日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 501 / 平均電子線量: 32 e/Å2 / 詳細: Movies recorded at 25 frames/second
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 42135 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細Manual particle selection, refinement using Frealign.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign
詳細: Final map was calculated from 807 particles with icosahedral symmetry imposed
使用した粒子像数: 807

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る