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- PDB-5zo1: Crystal structure of mouse nectin-like molecule 4 (mNecl-4) full ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zo1
タイトルCrystal structure of mouse nectin-like molecule 4 (mNecl-4) full ectodomain (Ig1-Ig3), 2.2A
要素Cell adhesion molecule 4細胞接着分子
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / cell adhesion molecule (細胞接着分子) / glycoprotein (糖タンパク質) / Ig-like domain / Necl4 / Necl / Nectin / Nectin-Like Molecules / CADM / Native-SAD / disulfide bridges (ジスルフィド) / SynCAM4 / Schwann cell / myelogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of Rac protein signal transduction / cell-cell contact zone / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / regulation of wound healing / regulation of cell motility / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules ...vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of Rac protein signal transduction / cell-cell contact zone / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / regulation of wound healing / regulation of cell motility / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / cell leading edge / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of protein phosphorylation / receptor tyrosine kinase binding / regulation of cell population proliferation / protein phosphatase binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Liu, X. / An, T. / Li, D. / Fan, Z. / Xiang, P. / Li, C. / Ju, W. / Li, J. / Hu, G. / Qin, B. ...Liu, X. / An, T. / Li, D. / Fan, Z. / Xiang, P. / Li, C. / Ju, W. / Li, J. / Hu, G. / Qin, B. / Yin, B. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Yuan, J. / Qiang, B. / Shu, P. / Cui, S. / Peng, X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Key Research and Development Program2016YFA0100702, 2016YFC092502 中国
National Key Basic Research Program2013CB531304 中国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structure of the heterophilic interaction between the nectin-like 4 and nectin-like 1 molecules.
著者: Liu, X. / An, T. / Li, D. / Fan, Z. / Xiang, P. / Li, C. / Ju, W. / Li, J. / Hu, G. / Qin, B. / Yin, B. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Yuan, J. / Qiang, B. / Shu, P. / Cui, S. / Peng, X.
履歴
登録2018年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell adhesion molecule 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0584
ポリマ－33,3031
非ポリマー7553
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area16720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)109.497, 109.497, 182.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-617-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cell adhesion molecule 4 / 細胞接着分子 / Immunoglobulin superfamily member 4C / IgSF4C / Nectin-like protein 4 / NECL-4 / TSLC1-like protein 2


分子量: 33303.145 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain Ig1-Ig3 / 変異: N31Q, N262Q, N286Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: Brain, Kidney, and Spleen脳 / 遺伝子: Cadm4, Igsf4c, Necl4, Tsll2 / 器官: Brain, Kidney, and Spleen脳 / プラスミド: pFast-bac1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8R464
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 % / 解説: Rod-like crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.04M Potassium dihydrogen phosphate, 10% PEG 8000, 25% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.295 Å / Num. obs: 28426 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.93 % / Biso Wilson estimate: 37.01 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.15
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 6.79 % / Rmerge(I) obs: 0.943 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 8531 / CC1/2: 0.678 / Χ2: 0.92 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.201→47.295 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 1386 4.88 %Random
Rwork0.1998 ---
obs0.2007 28426 99.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→47.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 0 50 188 2482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7833239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2031452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2008-2.27950.29471420.25172599X-RAY DIFFRACTION97
2.2795-2.37070.26241480.23972640X-RAY DIFFRACTION100
2.3707-2.47860.24521390.22312674X-RAY DIFFRACTION100
2.4786-2.60930.25281540.20742676X-RAY DIFFRACTION100
2.6093-2.77280.23411400.19922661X-RAY DIFFRACTION100
2.7728-2.98680.21491260.19492701X-RAY DIFFRACTION100
2.9868-3.28730.19811460.18182684X-RAY DIFFRACTION100
3.2873-3.76290.19431250.18752745X-RAY DIFFRACTION100
3.7629-4.74010.1841230.16912766X-RAY DIFFRACTION100
4.7401-47.30550.23931430.22522894X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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