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- PDB-5zlu: Ribosome Structure bound to ABC-F protein. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zlu
タイトルRibosome Structure bound to ABC-F protein.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Macrolide efflux protein
  • P-site tRNA
  • RNA (25-mer)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Antibiotics (抗生物質) / Macrolides / ABC-F protein / AZM
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ABC-transporter extension domain / ABC transporter / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain ...ABC-transporter extension domain / ABC transporter / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / Ribosomal protein S13, bacterial-type / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Macrolide efflux protein / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Macrolide efflux protein / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Su, W.X. / Kumar, V. / Ero, R. / Andrew, S.W.W. / Jian, S. / Yong-Gui, G.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore)MOE2014-T2-1-083 シンガポール
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Ribosome protection by antibiotic resistance ATP-binding cassette protein.
著者: Weixin Su / Veerendra Kumar / Yichen Ding / Rya Ero / Aida Serra / Benjamin Sian Teck Lee / Andrew See Weng Wong / Jian Shi / Siu Kwan Sze / Liang Yang / Yong-Gui Gao /
要旨: The ribosome is one of the richest targets for antibiotics. Unfortunately, antibiotic resistance is an urgent issue in clinical practice. Several ATP-binding cassette family proteins confer ...The ribosome is one of the richest targets for antibiotics. Unfortunately, antibiotic resistance is an urgent issue in clinical practice. Several ATP-binding cassette family proteins confer resistance to ribosome-targeting antibiotics through a yet unknown mechanism. Among them, MsrE has been implicated in macrolide resistance. Here, we report the cryo-EM structure of ATP form MsrE bound to the ribosome. Unlike previously characterized ribosomal protection proteins, MsrE is shown to bind to ribosomal exit site. Our structure reveals that the domain linker forms a unique needle-like arrangement with two crossed helices connected by an extended loop projecting into the peptidyl-transferase center and the nascent peptide exit tunnel, where numerous antibiotics bind. In combination with biochemical assays, our structure provides insight into how MsrE binding leads to conformational changes, which results in the release of the drug. This mechanism appears to be universal for the ABC-F type ribosome protection proteins.
履歴
登録2018年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: cell / refine / symmetry / Item: _refine.pdbx_refine_id
改定 1.22019年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: cell / pdbx_validate_close_contact ...cell / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _cell.Z_PDB / _struct_conn_type.id
改定 1.32019年12月4日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6934
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: RNA (25-mer)
A: 30S ribosomal protein S17
B: 30S ribosomal protein S18
C: 30S ribosomal protein S20
D: 30S ribosomal protein S19
E: 30S ribosomal protein S10
F: 30S ribosomal protein Thx
G: 16S ribosomal RNA
H: 30S ribosomal protein S2
I: 30S ribosomal protein S3
J: 30S ribosomal protein S4
K: 30S ribosomal protein S5
L: 30S ribosomal protein S6
M: 30S ribosomal protein S7
N: 30S ribosomal protein S8
O: 30S ribosomal protein S9
P: 30S ribosomal protein S11
Q: 30S ribosomal protein S12
R: 30S ribosomal protein S13
S: 30S ribosomal protein S14 type Z
T: 30S ribosomal protein S15
U: 30S ribosomal protein S16
V: 23S ribosomal RNA
X: 5S ribosomal RNA
Y: 50S ribosomal protein L1
Z: 50S ribosomal protein L2
a: 50S ribosomal protein L3
b: 50S ribosomal protein L4
c: 50S ribosomal protein L5
d: 50S ribosomal protein L6
e: 50S ribosomal protein L10
f: 50S ribosomal protein L11
g: 50S ribosomal protein L13
h: 50S ribosomal protein L14
i: 50S ribosomal protein L15
j: 50S ribosomal protein L16
k: 50S ribosomal protein L17
l: 50S ribosomal protein L18
m: 50S ribosomal protein L19
n: 50S ribosomal protein L20
o: 50S ribosomal protein L21
p: 50S ribosomal protein L22
q: 50S ribosomal protein L23
r: 50S ribosomal protein L24
s: 50S ribosomal protein L25
t: 50S ribosomal protein L27
u: 50S ribosomal protein L29
v: 50S ribosomal protein L30
w: 50S ribosomal protein L31
x: 50S ribosomal protein L32
y: 50S ribosomal protein L33
z: 50S ribosomal protein L34
AA: 50S ribosomal protein L35
BB: 50S ribosomal protein L36
CC: 50S ribosomal protein L31
DD: P-site tRNA
EE: Macrolide efflux protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,280,89261
ポリマ－2,279,83157
非ポリマー1,0614
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 WGVXDD

#1: RNA鎖 RNA (25-mer)


分子量: 8156.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
#8: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 491471.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#23: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 935028.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#24: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 39846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 37223181
#55: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24885.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABCDEFHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 12193.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P24321
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 8483.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80382
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#7: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / リボソーム / S31


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY9
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY6
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 31分子 YZabcdefghijklmnopqrstuvwCCxyzAABB

#25: タンパク質 50S ribosomal protein L1 /


分子量: 24867.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P27150
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60405
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / / L1e


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY8
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L10 /


分子量: 18586.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8VVE3
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 15526.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP6
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60488
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60558
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60489
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60490
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60491
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60492
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60493
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 8112.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q9LCY4
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80339
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P35871
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80340
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#54: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / Ribosomal protein B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR2

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タンパク質 , 1種, 1分子 EE

#56: タンパク質 Macrolide efflux protein / Mel


分子量: 55706.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: mel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I9WCL8

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非ポリマー , 2種, 4分子

#57: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

配列の詳細Natural variant at this position

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacterial ribosome in complex with MsrE / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#55 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 2.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2100 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
3350 uMBeta MercaptoethanolBME1
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
EM embeddingMaterial: Ice
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
12RELION2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127778 / クラス平均像の数: 15 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化最高解像度: 3.6 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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