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- PDB-5zhy: Structural characterization of the HCoV-229E fusion core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zhy
タイトルStructural characterization of the HCoV-229E fusion core
要素Spike glycoprotein, Spike glycoproteinスパイクタンパク質
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / membrane fusion / broad-spectrum inhibitor design
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus ...Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.441 Å
データ登録者Zhang, W. / Zheng, Q. / Yan, M. / Chen, X. / Yang, H. / Zhou, W. / Rao, Z.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Key R&D Program of China2017YFC0840300 中国
MOST 973 ProjectNo. 2014CB542800 中国
MOST 973 ProjectNo. 2014CBA02003 中国
CAS SPR program BXDB08020200 中国
National Science Foundation of China81330036 and 81520108019 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of the HCoV-229E fusion core.
著者: Zhang, W. / Zheng, Q. / Yan, M. / Chen, X. / Yang, H. / Zhou, W. / Rao, Z.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein
C: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein
D: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein
E: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein
F: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3686
ポリマ－97,3686
非ポリマー00
水0
1
A: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein
C: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6843
ポリマ－48,6843
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
2
D: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein
E: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein
F: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6843
ポリマ－48,6843
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.108, 77.348, 77.386
Angle α, β, γ (deg.)76.89, 89.78, 90.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Spike glycoprotein, Spike glycoprotein / スパイクタンパク質


分子量: 16227.998 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15423

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 12% (v/v) Glycerol, 100 mM Tris/HCl, PH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 24629 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.44→2.49 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1186 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IEQ

2ieq


解像度: 2.441→31.006 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 2018 8.23 %
Rwork0.2243 --
obs0.2277 24511 96.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.441→31.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4039 0 0 0 4039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0475500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1761448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4406-2.50160.41441340.32731505X-RAY DIFFRACTION89
2.5016-2.56920.4161370.28921562X-RAY DIFFRACTION97
2.5692-2.64480.3081460.26851629X-RAY DIFFRACTION98
2.6448-2.73010.2851530.25061621X-RAY DIFFRACTION97
2.7301-2.82760.31761310.24821586X-RAY DIFFRACTION97
2.8276-2.94070.29711470.24991627X-RAY DIFFRACTION97
2.9407-3.07450.29161440.25291651X-RAY DIFFRACTION98
3.0745-3.23640.33191510.22491557X-RAY DIFFRACTION97
3.2364-3.43890.26381470.22231635X-RAY DIFFRACTION98
3.4389-3.7040.22491470.20441626X-RAY DIFFRACTION98
3.704-4.07610.2571510.19651638X-RAY DIFFRACTION99
4.0761-4.66420.2161480.17681611X-RAY DIFFRACTION99
4.6642-5.86980.23211450.23991661X-RAY DIFFRACTION99
5.8698-31.00890.25881370.23151584X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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