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- PDB-5zbz: Crystal structure of the DEAD domain of Human eIF4A with sanguinarine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zbz
タイトルCrystal structure of the DEAD domain of Human eIF4A with sanguinarine
要素Eukaryotic initiation factor 4A-I
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / eukaryotic translation initiation factor 4A / sanguinarine (サンギナリン) / inhibitor (酵素阻害剤) / TRANSLATION (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational initiation / translation initiation factor activity / helicase activity / ISG15 antiviral mechanism / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
マロン酸 / Chem-SAU / Eukaryotic initiation factor 4A-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.30860259206 Å
データ登録者Ding, Y. / Ding, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31470764 中国
National Natural Science Foundation of China21572038 中国
National Natural Science Foundation of China91527305 中国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Targeting the N Terminus of eIF4AI for Inhibition of Its Catalytic Recycling.
著者: Jiang, C. / Tang, Y. / Ding, L. / Tan, R. / Li, X. / Lu, J. / Jiang, J. / Cui, Z. / Tang, Z. / Li, W. / Cao, Z. / Schneider-Poetsch, T. / Jiang, W. / Luo, C. / Ding, Y. / Liu, J. / Dang, Y.
履歴
登録2018年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic initiation factor 4A-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3603
ポリマ－24,9261
非ポリマー4342
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Elute in the same position.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area10620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.471, 56.630, 66.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.775, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-517-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic initiation factor 4A-I / eIF4A-I / ATP-dependent RNA helicase eIF4A-1


分子量: 24926.096 Da / 分子数: 1 / 断片: DEAD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4A1, DDX2A, EIF4A / プラスミド: pMBP (pMal-C2x derived)
詳細 (発現宿主): N terminal MBP and poly-His tag, TEV cleavage site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P60842, ヘリカーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SAU / 13-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c][1,3]dioxolo[4,5-i]phenanthridin-13-ium / Sanguinarine / サンギナリン / サンギナリン


分子量: 332.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14NO4 / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979253 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979253 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.309→36.49 Å / Num. obs: 53159 / % possible obs: 90.66 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.1276228586 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.02669 / Rpim(I) all: 0.02669 / Rrim(I) all: 0.03775 / Net I/σ(I): 12.23
反射 シェル解像度: 1.309→1.355 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3181 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique obs: 5697 / CC1/2: 0.763 / Rpim(I) all: 0.3181 / Rrim(I) all: 0.4498 / % possible all: 97.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZU6

2zu6


解像度: 1.30860259206→36.4916112542 Å / SU ML: 0.147287544653 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31589380531 / σ(I): 1996 / 位相誤差: 23.7075111376
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.210421443451 1999 3.76282352941 %
Rwork0.193698497124 51126 -
obs0.194325913427 53125 90.6709221553 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.529063773 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.30860259206→36.4916112542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1732 0 32 132 1896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009274156731341794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.250774494232430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084464824928271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00743692373154302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6898421826675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3086-1.34130.3118323360991560.3024453493993988X-RAY DIFFRACTION99.2337164751
1.3413-1.37760.254141954387600.2926691394351523X-RAY DIFFRACTION86.7872807018
1.3776-1.41810.2945968339781260.2875304548773233X-RAY DIFFRACTION93.1244801774
1.4181-1.46390.2404312355281480.2643858155673783X-RAY DIFFRACTION94.7914154811
1.4639-1.51620.263525242431540.2199726790593970X-RAY DIFFRACTION99.3256262042
1.5162-1.57690.246445885741570.2102434760284004X-RAY DIFFRACTION99.2604961832
1.5769-1.64870.2161545412281560.2084300411714005X-RAY DIFFRACTION99.4978479197
1.6487-1.73560.234453927931560.2139349523073979X-RAY DIFFRACTION99.4707721915
1.7356-1.84440.2156456180961570.213391227863996X-RAY DIFFRACTION99.2116579073
1.8444-1.98680.2081565177811170.2057240512012997X-RAY DIFFRACTION74.5689655172
1.9868-2.18670.2139120346771570.1845092015184006X-RAY DIFFRACTION99.2371871275
2.1867-2.5030.1869139728011540.1781297470963970X-RAY DIFFRACTION98.6602870813
2.503-3.15330.1979986753671550.1867930437213946X-RAY DIFFRACTION96.7445152159
3.1533-36.50580.2030312692481460.1782396975793726X-RAY DIFFRACTION90.5307458499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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