PDB-5z46: Crystal structure of prenyltransferase AmbP1 pH8 complexed with G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z46

タイトル

Crystal structure of prenyltransferase AmbP1 pH8 complexed with GSPP and cis-indolyl vinyl isonitrile

要素

AmbP1

キーワード

TRANSFERASE / Prenyltransferase / AmbP1 / indole

機能・相同性

Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / metal ion binding / 3-[(Z)-2-isocyanoethenyl]-1H-indole / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / AmbP1

機能・相同性情報

生物種

Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Awakawa, T. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Abe, I.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Molecular Insight into the Mg2+-Dependent Allosteric Control of Indole Prenylation by Aromatic Prenyltransferase AmbP1
著者: Awakawa, T. / Mori, T. / Nakashima, Y. / Zhai, R. / Wong, C.P. / Hillwig, M.L. / Liu, X. / Abe, I.

履歴

登録	2018年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z46.cif.gz	255 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z46.ent.gz	204.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z46_validation.pdf.gz	732.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z46_full_validation.pdf.gz	739 KB	表示
XML形式データ	5z46_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	5z46_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yk9C 5z43SC 5z44C 5z45C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z43-1 5z43-2 5yk9-2 5z44-2 5yk9-1 4gga-d 6iyy-d 4i79-1 5z45-2 5z44-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AmbP1

B: AmbP1

ヘテロ分子

70.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AmbP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AmbP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.267, 117.267, 49.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	AmbP1 / Aromatic prenyltransferase / Orf2-1-related aromatic prenyltransferase 分子量: 35154.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア) 遺伝子: ambP1, famD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5TDZ4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸分子量: 330.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O₆P₂S
#4: 化合物	ChemComp-8XL / 3-[(Z)-2-isocyanoethenyl]-1H-indole / (Z)-2-(1H-インド-ル-3-イル)ビニルイソシアニド分子量: 168.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₈N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM MES, 0.2M MgCl2, 22% PEG8000, ligands were soaked at pH8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.999→49.3 Å / Num. obs: 45762 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 3359 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z43

5z43

解像度: 1.999→37.745 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	2016	4.41 %
R_work	0.1889	-	-
obs	0.1909	45733	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→37.745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4687	0	36	178	4901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4857
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.911	6602
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.839	2858
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	866

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9992-2.0491	0.3177	143	0.2515	3096	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0491-2.1045	0.2987	137	0.2269	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1045-2.1665	0.2561	142	0.2179	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1665-2.2364	0.2825	143	0.2132	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2364-2.3163	0.2393	143	0.2097	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3163-2.409	0.2579	143	0.2105	3102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.409-2.5186	0.2649	142	0.2086	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5186-2.6514	0.2964	144	0.2177	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6514-2.8175	0.2966	140	0.2092	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8175-3.0349	0.24	147	0.207	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0349-3.3402	0.2583	148	0.1959	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3402-3.8231	0.2105	143	0.1757	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8231-4.8151	0.179	144	0.1626	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8151-37.7515	0.2276	157	0.1726	3240	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1473	-2.1456	-0.4215	7.7181	0.6893	8.8326	0.258	0.0674	-0.3413	-0.0156	-0.3552	0.1005	0.5557	-0.2274	0.0769	0.3203	-0.1021	0.0028	0.2482	-0.051	0.2731	45.6523	16.2236	10.7398
2	1.4615	-0.1167	-0.4748	7.4904	0.1772	1.8614	0.0869	-0.3141	-0.0176	0.7011	-0.2263	0.4288	0.0936	-0.4106	0.1312	0.362	-0.0884	0.0781	0.452	-0.0626	0.3019	43.498	30.8732	21.5598
3	1.6233	1.0922	0.076	4.9293	0.4115	2.1222	-0.0425	0.1938	-0.0985	-0.418	-0.0125	-0.0111	0.2116	-0.1038	0.0617	0.2384	0.0081	0.0209	0.2911	-0.0028	0.2239	52.6232	35.5229	4.6635
4	8.2824	-3.0771	-2.7331	2.0605	-2.4202	9.2224	0.0816	0.2105	-0.6421	0.2772	0.0432	-1.6997	0.1267	1.8841	0.0295	0.3322	0.101	-0.0397	0.9807	-0.2247	0.7663	48.9886	-8.1007	-10.081
5	8.7208	-7.1629	-1.6335	7.0422	1.6494	7.6398	0.1197	0.791	0.1237	-0.631	0.0493	-1.4109	-0.4034	1.8	-0.2124	0.3169	-0.098	0.0966	0.9481	-0.1933	0.6544	46.6637	-2.1423	-19.6308
6	9.0095	5.8923	-3.4949	2.2076	-7.2556	9.7709	-0.1187	-0.3068	-1.2207	-0.3614	-0.0251	-0.2102	0.5034	0.5932	0.1236	0.2859	0.0691	0.0321	0.4547	-0.1074	0.5193	37.3472	-6.8033	-9.0819
7	9.6454	-3.5583	-0.8235	6.3558	-1.1488	4.5848	0.0311	0.7862	-0.2976	-0.7745	0.1862	-0.2091	-0.1211	0.3802	-0.232	0.3721	-0.1416	0.0895	0.4498	-0.0948	0.3263	31.8982	1.2562	-23.272
8	8.1145	2.4753	-3.2235	4.4128	-0.6338	7.0982	0.0907	0.2547	0.1817	-0.3436	0.1577	0.0365	-0.4259	0.17	-0.2465	0.2206	-0.0024	-0.0088	0.1945	-0.0153	0.1906	16.9149	-0.2647	-16.1807
9	4.1286	-1.6031	-1.3122	6.3254	2.1526	3.3298	-0.0209	-0.5665	-0.2477	0.5394	0.2863	-0.2927	0.3852	0.3526	-0.3181	0.272	0.0165	-0.0353	0.2928	0.0324	0.2922	16.3362	-5.2414	-2.3919
10	3.7746	0.6225	1.3268	3.5012	1.4664	5.1217	0.0145	-0.5211	-0.3604	0.3659	0.0348	-0.5237	0.1373	0.8986	-0.1154	0.3085	0.0574	-0.0387	0.5661	-0.004	0.4082	33.429	-4.5937	-0.7449

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 127 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 128 through 290 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 23 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 24 through 40 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 41 through 63 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 64 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 123 through 172 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 173 through 220 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 221 through 292 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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