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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yfj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ribose-1,5-bisphosphate isomerase from Pyrococcus horikoshii OT3 in complex with ribulose-1,5-bisphosphate | ||||||
要素 | Ribose 1,5-bisphosphate isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / NMP degradation pathway / Ribose-1 (リボース) / 5-bisphosphate / Rossmann-like fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribose-1,5-bisphosphate isomerase / ribose 1,5-bisphosphate isomerase activity / pentose catabolic process / cellular biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Gogoi, P. / Kanaujia, S.P. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: A presumed homologue of the regulatory subunits of eIF2B functions as ribose-1,5-bisphosphate isomerase in Pyrococcus horikoshii OT3. 著者: Gogoi, P. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yfj.cif.gz | 214.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yfj.ent.gz | 170.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yfj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5yfsC 5yftC 5yfuC 5yfvC 5yfwC 5yfxC 5yg5C 5yg6C 5yg7C 5yg8C 5yg9C 5ygaC 3vm6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 36456.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH0208 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O57947, ribose-1,5-bisphosphate isomerase #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 516分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.7 M NaCl, 3% PEG 6000, 25% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月31日 / 詳細: VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→85.69 Å / Num. obs: 72651 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 17.8 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3VM6 解像度: 2.2→85.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.102 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.1603 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.147 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.86 Å2 / Biso mean: 36.644 Å2 / Biso min: 16.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→85.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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