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万見
- PDB-5ya6: Crystal structure of archaeal flagellin FlaB1 from Methanocaldoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ya6
タイトルCrystal structure of archaeal flagellin FlaB1 from Methanocaldococcus jannaschii
要素Flagellin B1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / archaea (古細菌) / flagellum (鞭毛) / flagellin (フラジェリン)
機能・相同性archaeal-type flagellum / Flagellin/pilin, N-terminal / Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / Flagellin B1
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Meshcheryakov, V.A. / Wolf, M.
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2019
タイトル: High-resolution archaellum structure reveals a conserved metal-binding site.
著者: Vladimir A Meshcheryakov / Satoshi Shibata / Makoto Tokoro Schreiber / Alejandro Villar-Briones / Kenneth F Jarrell / Shin-Ichi Aizawa / Matthias Wolf /
要旨: Many archaea swim by means of archaella. While the archaellum is similar in function to its bacterial counterpart, its structure, composition, and evolution are fundamentally different. Archaella are ...Many archaea swim by means of archaella. While the archaellum is similar in function to its bacterial counterpart, its structure, composition, and evolution are fundamentally different. Archaella are related to archaeal and bacterial type IV pili. Despite recent advances, our understanding of molecular processes governing archaellum assembly and stability is still incomplete. Here, we determine the structures of archaella by X-ray crystallography and cryo-EM The crystal structure of FlaB1 is the first and only crystal structure of any archaellin to date at a resolution of 1.5 Å, which is put into biological context by a cryo-EM reconstruction from archaella at 4 Å resolution created with helical single-particle analysis. Our results indicate that the archaellum is predominantly composed of FlaB1. We identify N-linked glycosylation by cryo-EM and mass spectrometry. The crystal structure reveals a highly conserved metal-binding site, which is validated by mass spectrometry and electron energy-loss spectroscopy. We show that the metal-binding site, which appears to be a widespread property of archaellin, is required for filament integrity.
履歴
登録2017年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02019年11月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_related / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellin B1
B: Flagellin B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9714
ポリマ－36,8912
非ポリマー802
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.090, 73.660, 107.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Flagellin B1


分子量: 18445.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: flaB1, MJ0891 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58301
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.61 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 32.5% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→28 Å / Num. obs: 46269 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / CC1/2: 0.883 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.5→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.547 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 2283 4.9 %RANDOM
Rwork0.17273 ---
obs0.17408 43943 96.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.921 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2443 0 2 248 2693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8151.9353457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04135436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5995334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.78925.81105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.64215378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.817152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5621.51318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.551.4971317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3172.2441646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3182.2471647
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4181.7831206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4171.7821206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.682.5671807
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.08513.492884
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.02113.0722784
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 148 -
Rwork0.263 2972 -
obs--89.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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