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万見
- PDB-5y70: NMR structure of KMP11 in DPC micelle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y70
タイトルNMR structure of KMP11 in DPC micelle
要素Kinetoplastid membrane protein 11
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / DPC micelle / kinetoplastid membrane protein-11 / trypanosomes
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary basal body organization / cell tip / axoneme / cytoskeleton organization / ciliary basal body / defense response / 繊毛 / microtubule cytoskeleton / 微小管 / 細胞骨格 ...ciliary basal body organization / cell tip / axoneme / cytoskeleton organization / ciliary basal body / defense response / 繊毛 / microtubule cytoskeleton / 微小管 / 細胞骨格 / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Kinetoplastid membrane protein 11 / Kinetoplastid membrane protein 11
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetoplastid membrane protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Lu, Y. / Lim, L.Z. / Song, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore)MOE2015 T2 1 111 シンガポール
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Kinetoplastid membrane protein-11 adopts a four-helix bundle fold in DPC micelle.
著者: Lim, L.Z. / Ee, S. / Fu, J. / Tan, Y. / He, C.Y. / Song, J.
履歴
登録2017年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetoplastid membrane protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0721
ポリマ－12,0721
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7420 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Kinetoplastid membrane protein 11 / KMP-11


分子量: 12071.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
遺伝子: KMP-11/1, KMP-11/2, KMP-11/3, KMP-11/4 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P69300

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N TOCSY
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HN(CA)CB

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] KMP-11, 150 mM DPC, 90% H2O/10% D2O
詳細: KMP-11 in DPC / Label: sample1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMKMP-11[U-99% 13C; U-99% 15N]1
150 mMDPCnatural abundance1
試料状態イオン強度: 200 mM / Ionic strength err: 10 / Label: condition1 / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 Pa / Pressure err: 0.01 / 温度: 313 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNMR2.4.1CCPNchemical shift assignment
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber10Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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