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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xyu | ||||||
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タイトル | Small subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Mycobacterium smegmatis ribosome / rRNA / rprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Z. / Zhang, Y. / Zheng, L. / Ge, X. / Sanyal, S. / Gao, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ribosome reveals two unidentified ribosomal proteins close to the functional centers. 著者: Zhifei Li / Xueliang Ge / Yixiao Zhang / Lvqin Zheng / Suparna Sanyal / Ning Gao / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xyu.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xyu.ent.gz | 895 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xyu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xyu_validation.pdf.gz | 970.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xyu_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5xyu_validation.xml.gz | 83.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xyu_validation.cif.gz | 136.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xyu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-30S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 CDEFGHIJKLMNOPQRST
#2: タンパク質 | 分子量: 30191.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD7 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 23415.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 21946.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG6 |
#5: タンパク質 | 分子量: 10200.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R7F9 |
#6: タンパク質 | 分子量: 17660.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS97 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14492.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG3 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16794.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSP9 |
#9: タンパク質 | 分子量: 11454.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD0 |
#10: タンパク質 | 分子量: 14671.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL6 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13896.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS96 |
#12: タンパク質 | 分子量: 14249.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL5 |
#13: タンパク質 | 分子量: 6976.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG2 |
#14: タンパク質 | 分子量: 10368.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QVQ3 |
#15: タンパク質 | 分子量: 16795.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QV37 |
#16: タンパク質 | 分子量: 11127.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSE0 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9524.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R7F7 |
#18: タンパク質 | 分子量: 10800.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD5 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9556.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R102 |
-RNA鎖 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 3種, 50分子 AU
#1: RNA鎖 | 分子量: 495373.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627 |
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#20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4164.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QR10 |
#21: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Small subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47338 / 対称性のタイプ: POINT |