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- PDB-5xvq: Crystal structure of monkey Nicotinamide N-methyltransferase (NNM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xvq
タイトルCrystal structure of monkey Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT) bound with end product, 1-methyl Nicotinamide (MNA)
要素Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT)
キーワードTRANSFERASE / NNMT / MNA / ternary complex / feedback inhibition / T2D
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide N-methyltransferase activity / N-methyltransferase activity / methylation / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT / Methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT, conserved site / NNMT/PNMT/TEMT family / NNMT/PNMT/TEMT family of methyltransferases signature. / SAM-dependent methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-carbamoyl-1-methylpyridin-1-ium / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Nicotinamide N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Birudukota, S. / Swaminathan, S. / Thakur, M.K. / Parveen, R. / Kandan, S. / Kannt, A. / Gosu, R.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of monkey and mouse nicotinamide N-methyltransferase (NNMT) bound with end product, 1-methyl nicotinamide
著者: Swaminathan, S. / Birudukota, S. / Thakur, M.K. / Parveen, R. / Kandan, S. / Juluri, S. / Shaik, S. / Anand, N.N. / Burri, R.R. / Kristam, R. / Hallur, M.S. / Rajagopal, S. / Schreuder, H. / ...著者: Swaminathan, S. / Birudukota, S. / Thakur, M.K. / Parveen, R. / Kandan, S. / Juluri, S. / Shaik, S. / Anand, N.N. / Burri, R.R. / Kristam, R. / Hallur, M.S. / Rajagopal, S. / Schreuder, H. / Langer, T. / Rudolph, C. / Ruf, S. / Dhakshinamoorthy, S. / Gosu, R. / Kannt, A.
履歴
登録2017年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT)
B: Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0728
ポリマ－63,8452
非ポリマー1,2276
水3,459192
1
A: Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5364
ポリマ－31,9221
非ポリマー6143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
2
B: Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5364
ポリマ－31,9221
非ポリマー6143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.071, 65.028, 91.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT) / Uncharacterized protein


分子量: 31922.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: NNMT, EGK_06915 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F7ERX8
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-8GC / 3-carbamoyl-1-methylpyridin-1-ium / 1-methylnicotinamide / N1-メチルニコチンアミド


分子量: 137.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N2O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1M MES pH 6.2, 23%(w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月18日 / 詳細: VariMax HR Optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→91.29 Å / Num. obs: 21145 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 1.069 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.382.30.5110.6470.3810.6421.0883.4
2.38-2.482.80.50.7190.3340.6051.0390.9
2.48-2.593.40.4540.7730.2770.5351.08496.3
2.59-2.734.10.4220.8080.2330.4841.09796.3
2.73-2.94.40.3520.8920.1870.41.05897.1
2.9-3.124.50.2570.9360.1330.2911.06597.1
3.12-3.444.50.2010.9630.1050.2281.03597.7
3.44-3.934.50.1470.9660.0780.1671.08398.3
3.93-4.954.50.1170.9820.0610.1321.06298.6
2.29-2.384.40.1080.9860.0560.1231.08998.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000706データスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000706データ削減
MOLREP8.2.01位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ROD

3rod


解像度: 2.29→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 9.138 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.588 / ESU R Free: 0.289 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2615 1085 5.1 %RANDOM
Rwork0.1938 ---
obs0.1972 20046 95.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 43.07 Å2 / Biso mean: 25.205 Å2 / Biso min: 13.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å2-0.2 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---1.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3986 0 84 192 4262
Biso mean--21.96 26.8 -
残基数----504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2492.0145757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2615523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18124.565184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.08515770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3571523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.22862
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.215
LS精密化 シェル解像度: 2.293→2.353 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 63 -
Rwork0.274 1204 -
all-1267 -
obs--77.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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