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万見
- PDB-5xb2: ADP-Mg-F-dTMP bound Crystal structure of thymidylate kinase (aq_9... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xb2
タイトルADP-Mg-F-dTMP bound Crystal structure of thymidylate kinase (aq_969) from Aquifex Aeolicus VF5
要素Thymidylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / Tranferase / Complex / Nucleotide Binding (ヌクレオチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / フッ化物 / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.161 Å
データ登録者Biswas, A. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of a hyperthermophilic thymidylate kinase enzyme reveal conformational substates along the reaction coordinate
著者: Biswas, A. / Shukla, A. / Chaudhary, S.K. / Santhosh, R. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.
履歴
登録2017年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Thymidylate kinase
A: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,38610
ポリマ－44,8062
非ポリマー1,5808
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area16640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.620, 52.990, 54.019
Angle α, β, γ (deg.)88.90, 90.83, 70.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Thymidylate kinase / / dTMP kinase


分子量: 22402.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: tmk, aq_969 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67099, dTMP kinase

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非ポリマー , 5種, 151分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド / フッ化物


分子量: 18.998 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: F
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→54 Å / Num. obs: 23220 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / CC1/2: 0.944 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 3080 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMdata processing
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PBR

2pbr


解像度: 2.161→49.944 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 1174 5.06 %
Rwork0.1951 --
obs0.1985 23182 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.161→49.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3055 0 100 143 3298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0094369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9751959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.161-2.25930.41651060.33832491X-RAY DIFFRACTION87
2.2593-2.37850.3941320.25382772X-RAY DIFFRACTION97
2.3785-2.52750.33441490.22462788X-RAY DIFFRACTION98
2.5275-2.72260.33171450.21592792X-RAY DIFFRACTION99
2.7226-2.99660.30571460.20742792X-RAY DIFFRACTION99
2.9966-3.43010.22181580.19372784X-RAY DIFFRACTION99
3.4301-4.32120.21391690.15262797X-RAY DIFFRACTION99
4.3212-49.95690.18841690.14552792X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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