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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xak | ||||||
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タイトル | Crystal structure (form II) of thymidylate kinase from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Thymidylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Nucleotide monophosphate kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chaudhary, S.K. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018 タイトル: Structural and functional roles of dynamically correlated residues in thymidylate kinase. 著者: Chaudhary, S.K. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xak.cif.gz | 159.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xak.ent.gz | 124.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xak.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xak | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5x86C 5x8aC 5x8bC 5x8cC 5x8dC 5x8jC 5x8kC 5x8vC 5x98C 5x99C 5xalC 5xt8C 2pbrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22009.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: tmk, TTHA1607 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHX3, dTMP kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.99 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: CsCl2.H2O, 30% PEG 3500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9737 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9737 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→25.16 Å / Num. obs: 53700 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2PBR 解像度: 1.5→25.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.979 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.238 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→25.16 Å
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拘束条件 |
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