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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x70 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Rice Dwarf Virus P5 in complex with a ssRNA oligomer | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/RNA / mRNA 5'-capping enzyme / guanylyltransferase / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / host cell cytoplasm / GTP binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamichi, Y. / Higashiura, A. / Nakagawa, A. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of capping enzyme from Rice dwarf virus 著者: Nakamichi, Y. / Higashiura, A. / Narita, H. / Hagiwara, K. / Uehara-Ichiki, T. / Omura, T. / Nakagawa, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5x70.cif.gz | 595.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5x70.ent.gz | 488.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5x70.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/5x70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/5x70 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5x6xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90802.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス) 株: isolate O 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P14583*PLUS, mRNA guanylyltransferase #2: RNA鎖 | 分子量: 1938.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス) 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 3350, 0.1M MES, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 50777 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2528 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5X6X 解像度: 3.3→38.527 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.04
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→38.527 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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