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- PDB-5x51: RNA Polymerase II from Komagataella Pastoris (Type-3 crystal) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x51
タイトルRNA Polymerase II from Komagataella Pastoris (Type-3 crystal)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (RNA polymerase II ...) x 4
  • (RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III
キーワードTRANSFERASE / transcription / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II ...regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II activity / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily ...DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / : / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / Transcription factor S-II (TFIIS) / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core ...RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.996 Å
データ登録者Ehara, H. / Umehara, T. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of RNA polymerase II from Komagataella pastoris
著者: Ehara, H. / Umehara, T. / Sekine, S.I. / Yokoyama, S.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, and III
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III
M: DNA-directed RNA polymerase subunit
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
O: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
P: RNA polymerase II subunit B32
Q: RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III
R: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
S: RNA polymerase II subunit
T: RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, and III
U: DNA-directed RNA polymerase subunit
V: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
W: RNA polymerase II subunit B12.5
X: RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,022,01140
ポリマ－1,020,96524
非ポリマー1,04716
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, and III
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)511,00620
ポリマ－510,48212
非ポリマー5238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58510 Å2
ΔGint-401 kcal/mol
Surface area156860 Å2
手法PISA
2
M: DNA-directed RNA polymerase subunit
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
O: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
P: RNA polymerase II subunit B32
Q: RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III
R: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
S: RNA polymerase II subunit
T: RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, and III
U: DNA-directed RNA polymerase subunit
V: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
W: RNA polymerase II subunit B12.5
X: RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)511,00620
ポリマ－510,48212
非ポリマー5238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58150 Å2
ΔGint-397 kcal/mol
Surface area157610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.770, 158.050, 254.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 6分子 AMBNIU

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 194107.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 139746.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 13612.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1) (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
参照: UniProt: F2QPE6

-
RNA polymerase II ... , 4種, 8分子 CODPGSKW

#3: タンパク質 RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core


分子量: 34216.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2
#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit B32


分子量: 20622.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9
#7: タンパク質 RNA polymerase II subunit


分子量: 18802.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1
#11: タンパク質 RNA polymerase II subunit B12.5


分子量: 13832.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5

-
RNA polymerase subunit ... , 4種, 8分子 EQFRHTJV

#5: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 24962.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3P8
#6: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 17803.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1
#8: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 16249.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273
#10: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 8554.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 18分子 LX

#12: タンパク質 RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, and III


分子量: 7972.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QWA8
#13: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M sodium citrate, 10% PGA-LM, 0.5% dextran sulfate sodium salt, 15 mM Tris, and 35 mM Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7→33.267 Å / Num. obs: 18745 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.782 % / Biso Wilson estimate: 220.99 Å2 / CC1/2: 0.962 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Rrim(I) all: 0.309 / Χ2: 0.893 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 70891
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
7-7.413.7771.1461.5411047298029250.5391.33598.2
7.41-7.913.8440.712.410739279727940.7660.82699.9
7.91-8.533.840.4813.69958259725930.860.55999.8
8.53-9.313.8210.3025.529307243824360.9290.35299.9
9.31-10.373.8080.2137.368358220021950.9610.24899.8
10.37-11.883.7980.1549.637349194019350.9780.1899.7
11.88-14.353.740.12611.396332170016930.9820.14899.6
14.35-19.493.6910.11212.354927133813350.9840.13199.8
19.49-33.2673.4260.06916.2228749228390.9940.08191

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2614精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.996→33.267 Å / SU ML: 1.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3351 1869 10.04 %
Rwork0.3375 16750 -
obs0.3372 18619 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 351.45 Å2 / Biso mean: 261.8857 Å2 / Biso min: 189.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 6.996→33.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数56599 0 16 0 56615
Biso mean--252.36 --
残基数----7636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01457470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.81977514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.528929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.21820952
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
6.9965-7.18380.39641430.4231230137396
7.1838-7.39290.39781370.403812911428100
7.3929-7.62880.39481410.384912621403100
7.6288-7.89790.39211360.367913141450100
7.8979-8.20960.39931400.354812751415100
8.2096-8.57720.29961570.333912601417100
8.5772-9.02080.31761440.33313011445100
9.0208-9.57330.28471350.315312871422100
9.5733-10.29220.31241510.313041455100
10.2922-11.2910.27761450.283212951440100
11.291-12.84180.28951450.28291282142799
12.8418-15.88080.311460.316913231469100
15.8808-33.26750.41561490.408513261475100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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