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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x50 | ||||||
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タイトル | RNA Polymerase II from Komagataella Pastoris (Type-2 crystal) | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / transcription / RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter ...regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / pericentric heterochromatin / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / translation initiation factor binding / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / peroxisome / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ehara, H. / Umehara, T. / Sekine, S. / Yokoyama, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of RNA polymerase II from Komagataella pastoris 著者: Ehara, H. / Umehara, T. / Sekine, S.I. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 769.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 595.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 574.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 713.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 139.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 186.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI
#1: タンパク質 | 分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 参照: UniProt: F2QPE6 |
-RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK
#3: タンパク質 | 分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9 |
#7: タンパク質 | 分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5 |
-RNA polymerase subunit ... , 4種, 4分子 EFHJ
#5: タンパク質 | 分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3P8 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009 |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 L

#12: タンパク質 | 分子量: 7972.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QWA8 |
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#13: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium citrate, 8% PGA-LM and 1 % dextran sulfate sodium salt |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 4.29→40.704 Å / Num. obs: 45119 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.857 % / Biso Wilson estimate: 191.58 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Rrim(I) all: 0.211 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 5.97 / Num. measured all: 219141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2VUM 解像度: 4.293→40.704 Å / SU ML: 0.78 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.77 / 位相誤差: 33.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 477.15 Å2 / Biso mean: 223.7058 Å2 / Biso min: 46.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.293→40.704 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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