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万見
- PDB-5x32: Crystal structure of D-mannose isomerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x32
タイトルCrystal structure of D-mannose isomerase
要素N-acylglucosamine 2-epimeraseN-アシルグルコサミン-2-エピメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity
類似検索 - 分子機能
AGE domain / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / N-アシルグルコサミン-2-エピメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Marinomonas mediterranea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.586 Å
データ登録者Kato, K. / Saburi, W. / Yao, M.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2018
タイトル: Biochemical and structural characterization of Marinomonas mediterranead-mannose isomerase Marme_2490 phylogenetically distant from known enzymes
著者: Saburi, W. / Jaito, N. / Kato, K. / Tanaka, Y. / Yao, M. / Mori, H.
履歴
登録2017年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylglucosamine 2-epimerase
B: N-acylglucosamine 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5214
ポリマ－92,3312
非ポリマー1902
水27015
1
A: N-acylglucosamine 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2602
ポリマ－46,1661
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-acylglucosamine 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2602
ポリマ－46,1661
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.915, 100.929, 192.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 N-acylglucosamine 2-epimerase / N-アシルグルコサミン-2-エピメラーゼ


分子量: 46165.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas mediterranea (strain ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1) (バクテリア)
株: ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1 / 遺伝子: Marme_2490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2JVT6
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 3350, Sodium Potassium Phosphate, Bis Tris Propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.586→50 Å / Num. obs: 30332 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4683 / Rsym value: 0.871 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GT5

3gt5


解像度: 2.586→43.991 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 1516 5 %
Rwork0.1938 --
obs0.1971 30297 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.586→43.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6389 0 10 15 6414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2319000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1132302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5859-2.66940.41141270.32252427X-RAY DIFFRACTION93
2.6694-2.76480.39051360.30042577X-RAY DIFFRACTION100
2.7648-2.87540.35781380.29532611X-RAY DIFFRACTION100
2.8754-3.00630.32471370.2692604X-RAY DIFFRACTION100
3.0063-3.16470.30681370.24632602X-RAY DIFFRACTION100
3.1647-3.36290.35981380.22762616X-RAY DIFFRACTION100
3.3629-3.62250.26721390.21292640X-RAY DIFFRACTION100
3.6225-3.98680.23271370.16082615X-RAY DIFFRACTION100
3.9868-4.56320.1861400.14692648X-RAY DIFFRACTION100
4.5632-5.74710.18531400.15292672X-RAY DIFFRACTION100
5.7471-43.99780.25991470.16672769X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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