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- PDB-5x07: Crystal structure of FOXA2 DNA binding domain bound to a full con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x07
タイトルCrystal structure of FOXA2 DNA binding domain bound to a full consensus DNA site
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
  • Hepatocyte nuclear factor 3-beta
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / FOXA2 / Forkhead domain (フォークヘッドボックスタンパク質) / Consensus binding site / Isothermal Titration Calorimetry / ITC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of glucokinase activity / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / primitive streak formation / positive regulation of embryonic development / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / response to interleukin-6 / endocrine pancreas development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition ...negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of glucokinase activity / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / primitive streak formation / positive regulation of embryonic development / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / response to interleukin-6 / endocrine pancreas development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / Formation of definitive endoderm / positive regulation of gastrulation / Formation of axial mesoderm / dopaminergic neuron differentiation / cell fate specification / regulation of blood coagulation / Regulation of gene expression in beta cells / anatomical structure morphogenesis / adult locomotory behavior / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / 細胞結合 / chromatin organization / 細胞分化 / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / フォークヘッドボックスタンパク質 ...Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / フォークヘッドボックスタンパク質 / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Hepatocyte nuclear factor 3-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.796 Å
データ登録者Li, J. / Guo, M. / Zhou, Z. / Jiang, L. / Chen, X. / Qu, L. / Wu, D. / Chen, Z. / Chen, L. / Chen, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81372904 中国
National Natural Science Foundation of China81570537 中国
National Natural Science Foundation of China81272971 中国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structure of the Forkhead Domain of FOXA2 Bound to a Complete DNA Consensus Site
著者: Li, J. / Machado, A.C.D. / Guo, M. / Sagendorf, J.M. / Zhou, Z. / Jiang, L. / Chen, X. / Wu, D. / Qu, L. / Chen, Z. / Chen, L. / Rohs, R. / Chen, Y.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_symm_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
F: Hepatocyte nuclear factor 3-beta
A: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
C: Hepatocyte nuclear factor 3-beta
G: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
I: Hepatocyte nuclear factor 3-beta
J: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
L: Hepatocyte nuclear factor 3-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,73912
ポリマ－88,73912
非ポリマー00
水0
1
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
F: Hepatocyte nuclear factor 3-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1853
ポリマ－22,1853
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9980 Å2
手法PISA
2
A: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
C: Hepatocyte nuclear factor 3-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1853
ポリマ－22,1853
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
3
G: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
I: Hepatocyte nuclear factor 3-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1853
ポリマ－22,1853
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
4
J: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
L: Hepatocyte nuclear factor 3-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1853
ポリマ－22,1853
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.126, 71.932, 72.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')


分子量: 4860.159 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4932.272 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Hepatocyte nuclear factor 3-beta / HNF-3B / Forkhead box protein A2 / Transcription factor 3B / TCF-3B


分子量: 12392.217 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 157-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXA2, HNF3B, TCF3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y261

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 80mM Mg (OAc)2, 50mM MES buffer, 16%-20% PEG4K, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.796→33.64 Å / Num. obs: 178752 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 19.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000data processing
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.796→33.637 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 1994 8.49 %
Rwork0.2398 --
obs0.2431 23493 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.796→33.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2805 2600 0 0 5405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1088464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.8522348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042900
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007640
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7961-2.8660.41071190.37771280X-RAY DIFFRACTION81
2.866-2.94340.42961420.36851538X-RAY DIFFRACTION98
2.9434-3.030.3751450.36771545X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.12770.37991440.32681572X-RAY DIFFRACTION98
3.1277-3.23940.37631450.30811544X-RAY DIFFRACTION98
3.2394-3.3690.31931400.28131529X-RAY DIFFRACTION97
3.369-3.52220.32331440.27541537X-RAY DIFFRACTION98
3.5222-3.70770.30491420.27161546X-RAY DIFFRACTION98
3.7077-3.93960.27221450.24161552X-RAY DIFFRACTION98
3.9396-4.24330.29051440.24011563X-RAY DIFFRACTION97
4.2433-4.66930.25041400.21151510X-RAY DIFFRACTION96
4.6693-5.34260.24941440.22511550X-RAY DIFFRACTION97
5.3426-6.72230.24361490.20481601X-RAY DIFFRACTION99
6.7223-33.6390.20761510.17211632X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 178.8931 Å / Origin y: 40.393 Å / Origin z: 185.4466 Å
111213212223313233
T0.4063 Å20.0158 Å2-0.0171 Å2-0.5418 Å2-0.0768 Å2--0.4898 Å2
L-0.1341 °2-0.1802 °2-0.1647 °2-0.2348 °2-0.1064 °2--0.1634 °2
S-0.0015 Å °-0.1745 Å °0.059 Å °-0.1026 Å °0.1313 Å °-0.0894 Å °0.0255 Å °-0.0465 Å °0.2182 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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