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- PDB-5wgp: Human Carbonic Anhydrase IX-mimic complexed with AceK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wgp
タイトルHuman Carbonic Anhydrase IX-mimic complexed with AceK
要素Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素
キーワードLYASE (リアーゼ) / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) / acesulfame (アセスルファムカリウム) / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アセスルファムカリウム / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Murray, A.B. / Lomelino, C.L. / Supuran, C.T. / McKenna, R.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: "Seriously Sweet": Acesulfame K Exhibits Selective Inhibition Using Alternative Binding Modes in Carbonic Anhydrase Isoforms.
著者: Murray, A.B. / Lomelino, C.L. / Supuran, C.T. / McKenna, R.
履歴
登録2017年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3995
ポリマ－28,8441
非ポリマー5554
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.819, 41.108, 72.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / 炭酸脱水酵素 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 28844.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AUD / Acesulfame / 6-methyl-2H-1,2lambda~6~,3-oxathiazine-2,2,4(3H)-trione / 6-メチル-3,4-ジヒドロ-4-オキソ-1,2,3-オキサチアジン-3-イド2,2-ジオキシド / アセスルファムカリウム


分子量: 163.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M sodium citrate, 50 mM Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→40.6 Å / Num. obs: 55129 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 15.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10pre_2097精密化
HKL-2000data processing
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.53→40.598 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1898 2728 4.95 %
Rwork0.1645 --
obs0.1658 55129 77.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→40.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 31 140 2213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8732956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.441282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5269-1.55470.2094960.18931801X-RAY DIFFRACTION51
1.5547-1.58460.2014960.17211879X-RAY DIFFRACTION53
1.5846-1.6170.2393970.16361939X-RAY DIFFRACTION55
1.617-1.65210.21881060.17041995X-RAY DIFFRACTION57
1.6521-1.69060.19941040.15932182X-RAY DIFFRACTION61
1.6906-1.73280.19111290.15582338X-RAY DIFFRACTION66
1.7328-1.77970.21091260.15192556X-RAY DIFFRACTION72
1.7797-1.83210.20621400.15862737X-RAY DIFFRACTION77
1.8321-1.89120.19241480.15982862X-RAY DIFFRACTION80
1.8912-1.95880.2071700.1632864X-RAY DIFFRACTION82
1.9588-2.03720.19121530.16213022X-RAY DIFFRACTION87
2.0372-2.12990.20691660.15793231X-RAY DIFFRACTION91
2.1299-2.24220.2061670.16083253X-RAY DIFFRACTION91
2.2422-2.38270.14771740.16853222X-RAY DIFFRACTION92
2.3827-2.56660.18151720.18363246X-RAY DIFFRACTION91
2.5666-2.82480.2181710.18363258X-RAY DIFFRACTION93
2.8248-3.23350.19331770.18733338X-RAY DIFFRACTION94
3.2335-4.07320.1891650.15353262X-RAY DIFFRACTION93
4.0732-40.61280.15781710.14563416X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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