PDB-5wco: Matrix Protein (M1) of Infectious Salmon Anaemia Virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wco

タイトル

Matrix Protein (M1) of Infectious Salmon Anaemia Virus

要素

NS2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Matrix protein (基質タンパク質) / ISAV / Orthomyxovirus / helical

機能・相同性

NS2

機能・相同性情報

生物種

Infectious salmon anemia virus (伝染性サケ貧血)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.604 Å

データ登録者

Zhang, W. / Zheng, W. / Toh, Y. / Betancourt, M.A. / Tu, J. / Fan, Y. / Vakharia, V. / Liu, J. / McNew, J.A. / Jin, M. / Tao, Y.J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of an orthomyxovirus matrix protein reveals mechanisms for self-polymerization and membrane association.
著者: Zhang, W. / Zheng, W. / Toh, Y. / Betancourt-Solis, M.A. / Tu, J. / Fan, Y. / Vakharia, V.N. / Liu, J. / McNew, J.A. / Jin, M. / Tao, Y.J.

履歴

登録	2017年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wco.cif.gz	120.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wco.ent.gz	98.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wco	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fbn-d 1kx9-d 4ey0-4 2l53-d 1ib8-d 4ey0-3 4fu3-3 1is0-d 5df6-d 1aj4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NS2

B: NS2

C: NS2

72.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NS2

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: NS2

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: NS2

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.799, 95.886, 85.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NS2 / Non-structural protein 2 / ORF1 分子量: 24170.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Infectious salmon anemia virus (伝染性サケ貧血) 遺伝子: NS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q910W0
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 3 uL protein solution (20 mg/mL M1 protein in 200 mM sodium chloride, 10% glycerol, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5) + 1 uL mother liquor (0.2 M sodium chloride, 14% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5)

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-G	1	0.97856
シンクロトロン	APS	21-ID-F	2	0.97872

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2014年4月11日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2014年8月18日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	diamond(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	diamond(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97856	1
2	0.97872	1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 18884 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 56.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 88204

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	4	0.826	923	0.723	0.458	0.947	0.84	98.2
2.64-2.69	4.3	0.659	917	0.759	0.351	0.749	0.808	98.2
2.69-2.74	4.6	0.629	964	0.842	0.323	0.708	0.903	97.8
2.74-2.8	4.7	0.609	932	0.853	0.306	0.683	0.923	98
2.8-2.86	4.8	0.503	921	0.883	0.249	0.562	0.926	98.5
2.86-2.93	4.8	0.406	951	0.921	0.201	0.454	1.018	98.2
2.93-3	4.8	0.353	935	0.951	0.175	0.395	1.01	98.5
3-3.08	4.8	0.296	942	0.96	0.146	0.33	1.02	98.8
3.08-3.17	4.8	0.236	926	0.973	0.117	0.264	1.088	98.2
3.17-3.28	4.8	0.206	960	0.972	0.102	0.231	1.091	99
3.28-3.39	4.8	0.154	935	0.984	0.076	0.172	1.068	98.7
3.39-3.53	4.8	0.124	970	0.99	0.062	0.139	1.043	98.4
3.53-3.69	4.8	0.105	926	0.992	0.052	0.118	1.079	99.5
3.69-3.88	4.7	0.088	950	0.994	0.045	0.099	1.087	98.4
3.88-4.13	4.8	0.077	938	0.993	0.038	0.086	1.024	99.3
4.13-4.45	4.7	0.069	941	0.996	0.035	0.078	1.008	98.6
4.45-4.89	4.7	0.059	962	0.996	0.03	0.066	1.106	98.7
4.89-5.6	4.7	0.056	966	0.998	0.028	0.063	1.037	99.2
5.6-7.05	4.7	0.056	950	0.996	0.028	0.063	1.016	99.3
7.05-50	4.5	0.043	975	0.998	0.021	0.048	0.946	97.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-2.018	21.797	-1.767	AU	187.69	1
2	0.23	21.876	22.434	AU	135.82	1.2
3	36.942	25.392	32.249	AU	300	0.52
4	33.907	21.874	46.501	AU	139.45	1.07
5	22.157	8.289	17.733	AU	300	0.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.604→28.053 Å / FOM work R set: 0.7662 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2527	921	4.89 %
R_work	0.2026	17917	-
obs	0.2052	18838	98.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.12 Å² / B_iso mean: 65.18 Å² / B_iso min: 30.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.604→28.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4569	0	0	15	4584
B_iso mean	-	-	-	52.37	-
残基数	-	-	-	-	588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.585	6242
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	701
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	783
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.206	1825

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6037-2.7408	0.3279	119	0.2378	2501	2620	96
2.7408-2.9124	0.3632	119	0.2343	2531	2650	98
2.9124-3.137	0.3014	131	0.2299	2583	2714	99
3.137-3.4522	0.3214	130	0.2239	2552	2682	99
3.4522-3.9505	0.2045	139	0.1905	2583	2722	99
3.9505-4.9727	0.2129	130	0.1813	2575	2705	99
4.9727-28.0547	0.251	153	0.1994	2592	2745	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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