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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vvd | ||||||
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タイトル | Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 4-(2-(((2-Amino-4-methylquinolin-7-yl)methyl)amino)ethyl)benzonitrile | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, endothelial一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / nitric oxide synthase inhibitor complex / heme enzyme / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / smooth muscle hyperplasia / response to fluid shear stress / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development ...regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / smooth muscle hyperplasia / response to fluid shear stress / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of guanylate cyclase activity / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / aortic valve morphogenesis / arginine binding / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / cadmium ion binding / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of platelet activation / negative regulation of calcium ion transport / actin monomer binding / endothelial cell migration / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / blood vessel remodeling / nitric-oxide synthase activity / eNOS activation / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / homeostasis of number of cells within a tissue / regulation of sodium ion transport / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / blood vessel diameter maintenance / removal of superoxide radicals / mitochondrion organization / response to hormone / cell redox homeostasis / VEGFR2 mediated vascular permeability / カベオラ / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / establishment of localization in cell / lung development / potassium ion transport / 血圧 / vasodilation / endocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to heat / scaffold protein binding / 血管新生 / in utero embryonic development / response to lipopolysaccharide / Extra-nuclear estrogen signaling / 細胞骨格 / calmodulin binding / negative regulation of cell population proliferation / ゴルジ体 / heme binding / positive regulation of gene expression / ゴルジ体 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: Hydrophilic, Potent, and Selective 7-Substituted 2-Aminoquinolines as Improved Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors. 著者: Pensa, A.V. / Cinelli, M.A. / Li, H. / Chreifi, G. / Mukherjee, P. / Roman, L.J. / Martasek, P. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vvd.cif.gz | 678.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vvd.ent.gz | 565.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vvd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5vuiC 5vujC 5vukC 5vulC 5vumC 5vunC 5vuoC 5vupC 5vuqC 5vurC 5vusC 5vutC 5vuuC 5vuvC 5vuwC 5vuxC 5vuyC 5vuzC 5vv0C 5vv1C 5vv2C 5vv3C 5vv4C 5vv5C 5vv6C 5vv7C 5vv8C 5vv9C 5vvaC 5vvbC 5vvcC 5vvgC 5vvnC 4dipS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 49345.770 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 41-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: endothelial / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29474, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 9種, 124分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-H4B / #4: 化合物 | ChemComp-9OG / #5: 化合物 | ChemComp-BTB / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CL / #9: 化合物 | ChemComp-GD / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: rice grain |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12-15% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS 0.2-0.3M MG ACETATE, 0.1M GdCl3 10% glycerol, 5 MM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 97368 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 2.917 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 4213 / CC1/2: 0.28 / Rpim(I) all: 2.009 / Rsym value: 2.917 / % possible all: 86.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4DIP 解像度: 2.25→39.117 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 36.02
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.117 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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