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- PDB-5vnp: X-ray crystal structure of Halotag bound to the P1 benzoxadiazole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vnp
タイトルX-ray crystal structure of Halotag bound to the P1 benzoxadiazole fluorogenic ligand
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / biosensor (バイオセンサー) / cytotoxicity (細胞毒性) / fluorescent probe / protein aggregation (タンパク質凝集) / proteome stress
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9FM / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus rhodochrous (ロドコッカス・ロドクラウス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Dunham, N.P. / Boal, A.K.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: AgHalo: A Facile Fluorogenic Sensor to Detect Drug-Induced Proteome Stress.
著者: Liu, Y. / Fares, M. / Dunham, N.P. / Gao, Z. / Miao, K. / Jiang, X. / Bollinger, S.S. / Boal, A.K. / Zhang, X.
履歴
登録2017年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8676
ポリマ－65,8532
非ポリマー1,0144
水1,45981
1
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4343
ポリマ－32,9271
非ポリマー5072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4343
ポリマ－32,9271
非ポリマー5072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.272, 69.481, 88.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase /


分子量: 32926.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (ロドコッカス・ロドクラウス)
遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A3G2, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-9FM / N-{2-[2-(hexyloxy)ethoxy]ethyl}-N~2~-methyl-N~2~-{[7-(methylamino)-2,1,3-benzoxadiazol-4-yl]sulfonyl}glycinamide


分子量: 471.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H33N5O6S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 % / Mosaicity: 0.496 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, Sodium Acetate, Sodium Cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 26164 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 99216
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.23-2.293.70.6160.7770.3740.7221.008100
2.29-2.333.70.5670.7680.340.6620.91199.5
2.33-2.383.80.5230.7940.3130.610.89599.8
2.38-2.423.80.4830.8290.2870.5630.909100
2.42-2.483.80.4430.830.2620.5150.931100
2.48-2.533.80.4070.870.2410.4740.907100
2.53-2.63.80.3510.8850.2080.4080.924100
2.6-2.673.80.3420.8810.2030.3980.933100
2.67-2.753.80.2890.9360.1710.3360.947100
2.75-2.833.80.2460.9450.1460.2860.946100
2.83-2.943.80.2210.9520.1310.2570.936100
2.94-3.053.80.1830.9670.1090.2130.968100
3.05-3.193.80.150.9760.0890.1741100
3.19-3.363.80.1130.9850.0670.1320.931100
3.36-3.573.80.0990.9880.0590.1151.046100
3.57-3.853.80.0850.9880.0510.0991.131100
3.85-4.233.80.0620.9950.0370.0721.015100
4.23-4.853.80.0460.9970.0280.0540.85899.9
4.85-6.13.80.0450.9970.0270.0530.75100
6.1-503.60.0370.9980.0230.0440.69799.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UY1

5uy1


解像度: 2.23→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 7.497 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.435 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 1299 5.1 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.1991 24385 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.74 Å2 / Biso mean: 27.863 Å2 / Biso min: 16.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å2-0.36 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4656 0 66 81 4803
Biso mean--44.39 26.97 -
残基数----580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194884
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9741.9726676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73310556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4775578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.85623.333228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09915734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1641534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021126
LS精密化 シェル解像度: 2.227→2.284 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 71 -
Rwork0.261 1349 -
all-1420 -
obs--74.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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