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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vkr | |||||||||
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タイトル | Horse liver alcohol dehydrogenase complexed with adenosine-5-diphosphoribose | |||||||||
要素 | Alcohol dehydrogenase E chain | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / horse liver / ADPR / adenosine-5-diphosphoribose / zinc | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Plapp, B.V. / Rubach, J.K. / Ramaswamy, S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017 タイトル: Horse Liver Alcohol Dehydrogenase: Zinc Coordination and Catalysis. 著者: Plapp, B.V. / Savarimuthu, B.R. / Ferraro, D.J. / Rubach, J.K. / Brown, E.N. / Ramaswamy, S. #1: ジャーナル: Eur. J. Biochem. / 年: 1975 タイトル: The conformation of adenosine diphosphoribose and 8-bromoadenosine diphosphoribose when bound to liver alcohol dehydrogenase. 著者: Abdallah, M.A. / Biellmann, J.F. / Nordstrom, B. / Branden, C.I. #2: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 1976 タイトル: Three-dimensional structure of horse liver alcohol dehydrogenase at 2-4 A resolution. 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I. / Akeson, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vkr.cif.gz | 88.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vkr.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vkr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vkr_validation.pdf.gz | 737.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vkr_full_validation.pdf.gz | 739.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vkr_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vkr_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vkr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39853.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-APR / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: needles |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 8.4 詳細: 10 mg/ml protein in dialysis bag dialyzed against 50 mM Tris-HCl, pH 8.4 as the concentration of 2-methyl-2,4-pentanediol was raised to 25 %. A crystal was soaked with 2 mM adenosine-5- ...詳細: 10 mg/ml protein in dialysis bag dialyzed against 50 mM Tris-HCl, pH 8.4 as the concentration of 2-methyl-2,4-pentanediol was raised to 25 %. A crystal was soaked with 2 mM adenosine-5-diphosphoribose in the final outer dialysate for 1 hr. Crystal flash vitrified by plunging it into liquid N2. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0093 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月21日 / 詳細: Si(111) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0093 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 30816 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 7.64 % / Biso Wilson estimate: 43.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 1.16 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.68 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2947 / Χ2: 1.23 / % possible all: 84.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8ADH 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.514 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.595 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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