PDB-5vg7: Crystal Structure of the R503Q missense variant of human PGM1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vg7

タイトル

Crystal Structure of the R503Q missense variant of human PGM1

要素

(Phosphoglucomutase- ...) x 2

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

phosphoglucomutase-1 /

PGM1 / phosphoryl transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) /

phosphoglucomutase activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) /

グリコーゲン合成 /

糖新生 / glycolytic process / glucose metabolic process / tertiary granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95000322932 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: A Hotspot for Disease-Associated Variants of Human PGM1 Is Associated with Impaired Ligand Binding and Loop Dynamics.
著者: Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2017年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vg7.cif.gz	567.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vg7.ent.gz	386.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/5vg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/5vg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vbiC 5vecC 5vinC 6uiqC 5epcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y8x-d 6uo6-1 5jn5-2 2b7s-d 4qyr-d 5vec-1 1ksu-1 5vbi-2 5f9c-2 6uiq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase-1

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

126 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Dynamic Light Scattering
63.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	172.131, 172.131, 99.805
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1290- HOH
2	1	B-908- HOH

-
Phosphoglucomutase- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 61770.980 Da / 分子数: 1 / 変異: R503Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 61691.004 Da / 分子数: 1 / 変異: R503Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)

-
非ポリマー , 4種, 974分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris/HCl pH:7.5, 1.8 M Ammonium Sulfate, 16mg/mL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→60.95 Å / Num. obs: 108994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.988268727 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 1.902 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5314 / CC_1/2: 0.709 / R_pim(I) all: 0.526 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	位相決定
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EPC

5epc

解像度: 1.95000322932→60.8574986762 Å / SU ML: 0.196794435473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34841398363 / 位相誤差: 21.7167895447

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212939082377	5485	5.0369622113 %
R_work	0.16934233003	-	-
obs	0.171520290168	108895	99.9770473742 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.8156901318 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95000322932→60.8574986762 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8552	0	122	949	9623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00728551734137	8938
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.81183100948	12142
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0547047114482	1356
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054957324971	1574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.48703862513	8181

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.319119105064	168	0.262524561639	3390	X-RAY DIFFRACTION	99.9157540017
1.9722-1.9954	0.275808895957	169	0.255632638195	3433	X-RAY DIFFRACTION	99.9445061043
1.9954-2.0197	0.27699047706	175	0.232208873147	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0453	0.252361746765	159	0.240636671938	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0453-2.0722	0.272606369628	175	0.241169350573	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1006	0.290851835877	216	0.23066221477	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1306	0.253534868926	177	0.225332493445	3410	X-RAY DIFFRACTION	99.97212932
2.1306-2.1624	0.26394350504	179	0.212599061322	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1624-2.1962	0.237166249669	173	0.199444143665	3414	X-RAY DIFFRACTION	99.97212932
2.1962-2.2322	0.251390310313	197	0.190468468538	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2322-2.2707	0.250556549596	177	0.189486304232	3416	X-RAY DIFFRACTION	99.9443671766
2.2707-2.312	0.243876763596	204	0.184174844923	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.312-2.3564	0.24167607409	178	0.186881985799	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3564-2.4045	0.225708435469	153	0.180301814637	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4045-2.4568	0.228808105585	197	0.169576974669	3423	X-RAY DIFFRACTION	99.9723833195
2.4568-2.514	0.208270414528	187	0.168695502634	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.514-2.5768	0.221757795782	174	0.176644652366	3458	X-RAY DIFFRACTION	99.9724745389
2.5768-2.6465	0.227440571682	189	0.181927687318	3409	X-RAY DIFFRACTION	99.972214504
2.6465-2.7244	0.246919695941	209	0.180632953985	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7244-2.8123	0.231615737852	173	0.180796526261	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8123-2.9128	0.232208995116	177	0.187604267197	3451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9128-3.0295	0.221867519379	197	0.17915619246	3458	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0295-3.1673	0.216718283729	169	0.166552137486	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1673-3.3343	0.208507276872	184	0.160777799169	3462	X-RAY DIFFRACTION	99.9725802029
3.3343-3.5432	0.197294165467	192	0.152474802024	3451	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5432-3.8167	0.167894592768	185	0.134104898601	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8167-4.2007	0.185629691441	173	0.131934598961	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2007-4.8084	0.173776480981	197	0.125495755969	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8084-6.0572	0.183533494216	180	0.152303782801	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0572-60.8871	0.19289295635	202	0.174600014619	3734	X-RAY DIFFRACTION	99.7718631179

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0544545155	0.124911729795	0.221749509199	2.24633199018	0.277133379306	1.22818070082	-0.00868451479789	-0.131822453846	-0.116600562311	0.509238463407	0.110881774787	-0.107023259513	0.595111176463	0.127410527786	-0.0629873971079	0.568819210067	0.082736699107	-0.00863236146503	0.227214604017	0.00427410505383	0.280282763735	37.8311168361	-74.0878547976	8.48417176574
2	1.45968606364	-0.659277906124	-0.0547864709066	2.16529260012	0.763031567064	1.81173212304	-0.0438131526893	-0.00412819068971	-0.213237410803	0.26304575114	0.133815099563	-0.0454796755526	0.531444485987	0.137186185093	-0.0688317826434	0.354414342323	-0.014963595201	-0.0126848375759	0.130937467886	-0.0103782363564	0.203166073	33.8534085587	-70.1491524136	0.359502056771
3	0.880055401389	-0.490104531015	0.350881846846	1.61235395223	0.720441466264	1.73344835129	0.00923815326202	0.13235664503	0.108106727651	-0.403453356939	0.0185301839488	-0.142461198592	-0.21149465984	-0.0121675167864	0.00301003539478	0.254445654005	-0.0644218709761	0.0416148399286	0.188488851633	0.0231805148429	0.176937544493	28.1986390774	-48.5503977436	-10.7303792006
4	1.13629802892	-0.17955232229	-0.203551584877	0.75781172947	0.390620771593	1.13686546673	-0.0455345252004	0.0463815780658	0.103115651992	-0.100477073649	0.0659766823466	-0.232122007837	-0.187007646435	0.223911695036	-0.0278786740788	0.231809760814	-0.0690895842755	0.0347557331325	0.175119583548	-0.00465726176569	0.270598850956	36.171036324	-43.4421933721	-1.80851668278
5	0.967668212961	0.323208470503	0.067723643246	1.18165525714	0.394863755597	1.92330899639	-0.0527561464622	0.00962582476065	0.0808847580942	-0.1457895738	0.013594776326	0.116121151516	-0.029292643084	-0.285811106001	0.0423709762599	0.110031845446	-0.00631272780771	-0.0249284157706	0.167009964175	-0.000120747687968	0.212000012035	18.1367028308	-43.4680214164	6.41139008756
6	2.10804305713	0.238900241545	0.5821702306	1.52332593579	0.359468623874	2.3724374359	0.050867472893	-0.60986296104	0.0581742307877	0.326619179574	-0.144774703828	0.0793924844228	0.223622213653	-0.54531306099	0.078913659501	0.210486620928	-0.0715372369732	0.0166562453162	0.433597061035	0.0140253424775	0.230491745491	15.9493605439	-45.7439722442	31.0236203546
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13	1.77605011335	-0.864019520683	0.238209940091	2.18280913092	0.0993169966963	1.90160240439	0.214356194393	0.700251530617	0.302977338603	-0.744793017178	-0.249754677281	0.207580150963	-0.407765682329	-0.34885252797	0.0265384330776	0.510127316846	0.129367409431	-0.0159949401822	0.7356406189	0.130176858493	0.38531544602	-9.91121194705	-35.2646770488	-35.1777237972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 184 through 229 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 230 through 293 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 294 through 434 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 435 through 483 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 484 through 562 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 80 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 81 through 183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 184 through 228 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 229 through 434 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 435 through 483 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 484 through 562 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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