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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v54 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of 5-HT1B receptor in complex with methiothepin | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | 5-hydroxytryptamine receptor 1B,OB-1 fused 5-HT1b receptor,5-hydroxytryptamine receptor 1B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / 5-hydroxytryptamine / GPCR antagonist / OB1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / G protein-coupled serotonin receptor complex / serotonergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / regulation of behavior / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / セロトニン受容体 / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / G protein-coupled serotonin receptor complex / serotonergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / regulation of behavior / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / セロトニン受容体 / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion / 急性アルコール中毒 / cellular response to temperature stimulus / bone remodeling / serotonin binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled serotonin receptor activity / 血管収縮 / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / neurotransmitter receptor activity / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of dopamine secretion / heterocyclic compound binding / cellular response to alkaloid / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / ヘルト萼状シナプス / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to cocaine / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / response to ethanol / 樹状突起 / 小胞体 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Yin, W.C. / Zhou, X.E. / Yang, D. / de Waal, P. / Wang, M.T. / Dai, A. / Cai, X. / Huang, C.Y. / Liu, P. / Yin, Y. ...Yin, W.C. / Zhou, X.E. / Yang, D. / de Waal, P. / Wang, M.T. / Dai, A. / Cai, X. / Huang, C.Y. / Liu, P. / Yin, Y. / Liu, B. / Caffrey, M. / Melcher, K. / Xu, Y. / Wang, M.W. / Xu, H.E. / Jiang, Y. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 16件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2018 タイトル: A common antagonistic mechanism for class A GPCRs revealed by the structure of the human 5-HT1B serotonin receptor bound to an antagonist 著者: Yin, W.C. / Zhou, X.E. / Yang, D. / De Waal, P. / Wang, M.T. / Dai, A. / Cai, X. / Huang, C.Y. / Liu, P. / Yin, Y. / Liu, B. / Caffrey, M. / Melcher, K. / Xu, Y. / Wang, M.W. / Xu, H.E. / Jiang, Y. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v54.cif.gz | 160.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5v54.ent.gz | 131.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v54 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44965.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-239,UNP residues 304-390 / 変異: L138W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 遺伝子: HTR1B, HTR1DB / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P28222 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 100mM Bis-Tris (pH7.0), 155mM Ammonium phosphate monobasic, 26% PEG300, 0.01M GSH (L-Glutathione reduced), GSSG (L-Glutathione oxidized) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→45.5 Å / Num. obs: 12888 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 4.37 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→45.506 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.9→45.506 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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