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万見
- PDB-5uzb: Cryo-EM structure of the MAL TIR domain filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uzb
タイトルCryo-EM structure of the MAL TIR domain filament
要素Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / TIR domain / adaptor proteins / TLR signaling / homotypic protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of interferon-beta production / cellular response to bacterial lipopeptide / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production ...positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of interferon-beta production / cellular response to bacterial lipopeptide / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / myeloid cell differentiation / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of neutrophil chemotaxis / MyD88 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / regulation of innate immune response / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to lipoteichoic acid / endocytic vesicle / signaling adaptor activity / positive regulation of B cell proliferation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-8 production / protein kinase C binding / positive regulation of JNK cascade / ruffle membrane / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ER-Phagosome pathway / response to lipopolysaccharide / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / molecular adaptor activity / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Toll-interleukin 1 receptor domain-containing adaptor protein, Tirap / TIR domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Ve, T. / Vajjhala, P.R. / Hedger, A. / Croll, T. / DiMaio, F. / Horsefield, S. / Yu, X. / Lavrencic, P. / Hassan, Z. / Morgan, G.P. ...Ve, T. / Vajjhala, P.R. / Hedger, A. / Croll, T. / DiMaio, F. / Horsefield, S. / Yu, X. / Lavrencic, P. / Hassan, Z. / Morgan, G.P. / Mansell, A. / Mobli, M. / O'Carrol, A. / Chauvin, B. / Gambin, Y. / Sierecki, E. / Landsberg, M.J. / Stacey, K.J. / Egelman, E.H. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1107804 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structural basis of TIR-domain-assembly formation in MAL- and MyD88-dependent TLR4 signaling.
著者: Thomas Ve / Parimala R Vajjhala / Andrew Hedger / Tristan Croll / Frank DiMaio / Shane Horsefield / Xiong Yu / Peter Lavrencic / Zahid Hassan / Garry P Morgan / Ashley Mansell / Mehdi Mobli / ...著者: Thomas Ve / Parimala R Vajjhala / Andrew Hedger / Tristan Croll / Frank DiMaio / Shane Horsefield / Xiong Yu / Peter Lavrencic / Zahid Hassan / Garry P Morgan / Ashley Mansell / Mehdi Mobli / Ailis O'Carroll / Brieuc Chauvin / Yann Gambin / Emma Sierecki / Michael J Landsberg / Katryn J Stacey / Edward H Egelman / Bostjan Kobe /
要旨: Toll-like receptor (TLR) signaling is a key innate immunity response to pathogens. Recruitment of signaling adapters such as MAL (TIRAP) and MyD88 to the TLRs requires Toll/interleukin-1 receptor ...Toll-like receptor (TLR) signaling is a key innate immunity response to pathogens. Recruitment of signaling adapters such as MAL (TIRAP) and MyD88 to the TLRs requires Toll/interleukin-1 receptor (TIR)-domain interactions, which remain structurally elusive. Here we show that MAL TIR domains spontaneously and reversibly form filaments in vitro. They also form cofilaments with TLR4 TIR domains and induce formation of MyD88 assemblies. A 7-Å-resolution cryo-EM structure reveals a stable MAL protofilament consisting of two parallel strands of TIR-domain subunits in a BB-loop-mediated head-to-tail arrangement. Interface residues that are important for the interaction are conserved among different TIR domains. Although large filaments of TLR4, MAL or MyD88 are unlikely to form during cellular signaling, structure-guided mutagenesis, combined with in vivo interaction assays, demonstrated that the MAL interactions defined within the filament represent a template for a conserved mode of TIR-domain interaction involved in both TLR and interleukin-1 receptor signaling.
履歴
登録2017年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_software.name
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.42020年1月15日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8625
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8625
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
B: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
C: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
D: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
E: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
F: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
G: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
H: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
I: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
J: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
K: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
L: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
M: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
N: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,64814
ポリマ－275,64814
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein / TIR domain-containing adapter protein / Adaptor protein Wyatt / MyD88 adapter-like protein / MyD88-2


分子量: 19689.162 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 79-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIRAP, MAL / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58753

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: MAL TIR domain filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 446

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Rosettaモデルフィッティング
9iMDFFモデルフィッティング
14SPIDER３次元再構成
15IHRSR３次元再構成
16Rosettaモデル精密化
17iMDFFモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -26.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 15.5 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成解像度: 7 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 17175 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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