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Yorodumi- PDB-5us1: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(2')-Ia ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5us1 | ||||||
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Title | Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(2')-Ia in complex with N2'-acetylgentamicin C1A and coenzyme A | ||||||
Components | Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / GNAT / GCN5-N-acetyltransferase / acetyltransferase / aminoglycoside / gentamicin / coenzyme A / acetylcoenzyme A antibiotic resistance / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID | ||||||
Function / homology | Function and homology information gentamicin 2'-N-acetyltransferase / aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase activity / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Providencia stuartii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.48 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Xu, Z. / Wawrzak, Z. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: ACS Infect Dis / Year: 2018 Title: Plazomicin Retains Antibiotic Activity against Most Aminoglycoside Modifying Enzymes. Authors: Cox, G. / Ejim, L. / Stogios, P.J. / Koteva, K. / Bordeleau, E. / Evdokimova, E. / Sieron, A.O. / Savchenko, A. / Serio, A.W. / Krause, K.M. / Wright, G.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5us1.cif.gz | 903 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5us1.ent.gz | 761.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5us1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/5us1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/5us1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6cd7C 1m4iS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 21189.949 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Providencia stuartii (bacteria) / Gene: aac / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q52424, gentamicin 2'-N-acetyltransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 601 molecules
#2: Chemical | ChemComp-8MM / ( #3: Chemical | ChemComp-TAR / #4: Chemical | ChemComp-ACO / | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M ammonium tartrate pH 7, 12% PEG 3350, cryoprotectant: 8% glycerol, 8% ethylene glycol, 8% sucrose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 14, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.48→90.2 Å / Num. obs: 95955 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.48→2.54 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.852 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1M4I Resolution: 2.48→56.7 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 24.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.48→56.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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