PDB-5k4c: Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k4c

タイトル

Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 2

要素

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

キーワード

TRANSLATION / Eukaryotic translation initiation factor 3 / cap-binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / mRNA cap binding / eukaryotic 48S preinitiation complex / translation initiation factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Nasonia vitripennis (キョウソヤドリコバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.698 Å

データ登録者

Kranzusch, P.J. / Lee, A.S.Y. / Doudna, J.A. / Cate, J.H.D.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: eIF3d is an mRNA cap-binding protein that is required for specialized translation initiation.
著者: Lee, A.S. / Kranzusch, P.J. / Doudna, J.A. / Cate, J.H.

履歴

登録	2016年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k4c.cif.gz	169.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k4c.ent.gz	132.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5k4c_validation.pdf.gz	428.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k4c_full_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示
XML形式データ	5k4c_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	5k4c_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/5k4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/5k4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k4bC 5k4dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q0c-1 4dqn-d 5k4b-2 3wce-5 5us1-2 2q0g-1 2q0g-2 5k4b-1 6c2d-d 5k4d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

ヘテロ分子

42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.011, 61.844, 138.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / eIF3d / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 分子量: 42203.555 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 172-537 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nasonia vitripennis (キョウソヤドリコバチ) 遺伝子: LOC100122367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7IM66
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.6-1.8 M Ammonium Citrate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11586 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11586 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.698→46.2 Å / Num. obs: 47123 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.698→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.698→46.099 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.48

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1963	2000	4.25 %	Random selection
R_work	0.1619	-	-	-
obs	0.1634	47026	99.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.698→46.099 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2953	0	18	385	3356

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3026
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.359	4098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.306	1145
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6978-1.7402	0.3183	130	0.272	2920	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7402-1.7873	0.2531	141	0.2234	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7873-1.8399	0.2447	142	0.2014	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8399-1.8993	0.2177	142	0.1868	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8993-1.9672	0.223	142	0.1806	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9672-2.0459	0.2032	142	0.1577	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0459-2.139	0.206	142	0.1545	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.139-2.2518	0.1854	143	0.1471	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2518-2.3929	0.1979	143	0.1525	3211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3929-2.5776	0.1812	144	0.1565	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5776-2.837	0.1969	143	0.1598	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.837-3.2474	0.2034	146	0.1559	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2474-4.091	0.1476	146	0.1411	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
4.091-46.1163	0.2039	154	0.1619	3455	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0918	-0.1847	0.1081	0.3425	-0.2379	0.1665	0.0078	-0.0287	-0.0333	-0.069	0.0473	0.2466	0.0769	-0.2616	0.001	0.1469	0.0049	0.007	0.2247	0.0125	0.219	-10.8894	-3.7124	-32.639
2	0.4781	0.268	0.3215	0.4362	-0.2273	0.6105	0.0635	0.0652	0.0014	0.0808	-0.1512	-0.1575	-0.0326	0.3204	0.005	0.1369	0.0422	-0.0055	0.2069	-0.0128	0.1526	16.9946	-10.6853	-14.5551
3	0.3632	-0.2236	0.0829	0.2763	0.0035	0.6268	0.0087	-0.0501	0.058	0.0803	0.0301	0.0728	-0.1397	-0.0354	0.0026	0.1479	-0.0017	-0.0069	0.1094	-0.0044	0.1358	1.2887	-2.0281	-16.4465
4	0.3686	0.0894	-0.3398	0.1351	-0.1607	0.3457	0.0303	-0.0032	0.0081	0.0657	-0.0313	0.1085	0.0336	-0.1505	0.0392	0.1281	-0.0359	0.021	0.1318	-0.0192	0.1363	-7.1531	-19.0152	-17.9035
5	0.3806	-0.2312	0.0196	0.3589	-0.1574	0.3629	0.051	-0.106	-0.0101	0.2153	-0.0573	-0.0805	-0.0751	-0.0463	0.0048	0.1615	-0.0172	-0.0082	0.1349	-0.0086	0.1007	8.3675	-10.6073	-4.4465
6	0.4995	-0.0118	0.0818	0.4099	0.2207	0.6924	-0.0209	-0.0094	0.037	0.1108	0.0163	-0.1138	-0.0965	0.1102	0.0081	0.1178	-0.0253	-0.0139	0.1465	0.0161	0.1381	13.9325	-4.6956	-14.508
7	0.0716	-0.0701	-0.0387	0.1159	-0.0155	0.3172	0.0005	0.105	-0.1361	0.0063	-0.015	0.0165	0.5555	0.0344	0.0049	0.2112	0.0467	0.0068	0.1441	-0.0091	0.1538	6.4578	-34.4956	-19.2242
8	0.0444	-0.0159	-0.0666	0.0883	0.0063	0.1315	-0.0054	0.0785	-0.0766	0.0278	0.0368	-0.0715	0.053	0.0949	0	0.1211	0.0083	-0.0092	0.1321	-0.0037	0.1499	8.1515	-18.3667	-23.2919
9	0.2058	0.1112	0.0484	0.0553	0.0232	0.4873	-0.0626	-0.0025	-0.0776	-0.0132	0.0157	-0.0705	0.1486	0.0965	-0.0033	0.1489	0.0018	0.0057	0.1345	0.0133	0.134	9.6993	-24.552	-12.4941
10	0.2511	0.0933	0.1292	0.4528	-0.214	0.6993	0.0221	0.0519	-0.0019	0.0158	-0.0604	0.11	-0.0456	-0.0272	-0.0107	0.1264	0.0094	0.0103	0.1493	-0.0052	0.1527	-1.9919	-2.3891	-28.988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 172 through 192 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 193 through 224 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 225 through 290 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 291 through 319 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 320 through 359 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 360 through 408 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 409 through 426 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 427 through 452 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 453 through 481 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 482 through 537 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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