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万見
- PDB-5uq9: Crystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase with ((4R,5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uq9
タイトルCrystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase with ((4R,5R)-5-(hydroxycarbamoyl)-2,2-dimethyl-1,3-dioxolan-4-yl)methyl dihydrogen phosphate
要素6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylatingホスホグルコン酸-2-デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / Pentose phosphate pathway (ペントースリン酸経路) / Dehydrogenase (脱水素酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-gluconate catabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose biosynthetic process / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / ペントースリン酸経路 / pentose-phosphate shunt / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NADP binding / extracellular exosome ...D-gluconate catabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose biosynthetic process / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / ペントースリン酸経路 / pentose-phosphate shunt / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NADP binding / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / ホスホグルコン酸-2-デヒドロゲナーゼ / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / ホスホグルコン酸-2-デヒドロゲナーゼ / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8HS / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Leonard, P.G.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Functional Genomics Reveals Synthetic Lethality between Phosphogluconate Dehydrogenase and Oxidative Phosphorylation.
著者: Sun, Y. / Bandi, M. / Lofton, T. / Smith, M. / Bristow, C.A. / Carugo, A. / Rogers, N. / Leonard, P. / Chang, Q. / Mullinax, R. / Han, J. / Shi, X. / Seth, S. / Meyers, B.A. / Miller, M. / ...著者: Sun, Y. / Bandi, M. / Lofton, T. / Smith, M. / Bristow, C.A. / Carugo, A. / Rogers, N. / Leonard, P. / Chang, Q. / Mullinax, R. / Han, J. / Shi, X. / Seth, S. / Meyers, B.A. / Miller, M. / Miao, L. / Ma, X. / Feng, N. / Giuliani, V. / Geck Do, M. / Czako, B. / Palmer, W.S. / Mseeh, F. / Asara, J.M. / Jiang, Y. / Morlacchi, P. / Zhao, S. / Peoples, M. / Tieu, T.N. / Warmoes, M.O. / Lorenzi, P.L. / Muller, F.L. / DePinho, R.A. / Draetta, G.F. / Toniatti, C. / Jones, P. / Heffernan, T.P. / Marszalek, J.R.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
F: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
G: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
H: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)430,3799
ポリマ－430,1088
非ポリマー2711
水0
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5272
ポリマ－107,5272
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10700 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area33950 Å2
手法PISA
2
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5272
ポリマ－107,5272
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10730 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area34230 Å2
手法PISA
3
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
F: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7983
ポリマ－107,5272
非ポリマー2711
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11020 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area33520 Å2
手法PISA
4
G: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
H: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5272
ポリマ－107,5272
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10720 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area34330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.311, 164.930, 133.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / ホスホグルコン酸-2-デヒドロゲナーゼ


分子量: 53763.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGD, PGDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P52209, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)
#2: 化合物 ChemComp-8HS / [(4R,5R)-5-(hydroxycarbamoyl)-2,2-dimethyl-1,3-dioxolan-4-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 271.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14NO8P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 13% (w/v) PEG 3350, 10.0% (v/v) ethylene glycol / Temp details: Room temp

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→87.283 Å / Num. obs: 75282 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 60.05 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3-3.060.8860.5020.5491.04599.9
15-87.280.0450.9940.0280.05397.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.78 Å87.28 Å
Translation7.78 Å87.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.56位相決定
PHENIX1.10.1.2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JKV

2jkv


解像度: 3→87.283 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 3909 5.2 %
Rwork0.2169 --
obs0.2198 75244 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.42 Å2 / Biso mean: 59.684 Å2 / Biso min: 16.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→87.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29075 0 17 0 29092
Biso mean--76.82 --
残基数----3746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00229680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41940005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0374344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.44317644
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0001-3.03660.39411410.330425532694100
3.0366-3.07510.36191310.315524982629100
3.0751-3.11550.34531410.302425722713100
3.1155-3.15820.37591360.296825242660100
3.1582-3.20340.39031610.287825002661100
3.2034-3.25120.31251300.275825442674100
3.2512-3.3020.33381160.270625582674100
3.302-3.35610.30651330.256925862719100
3.3561-3.4140.34881370.253325192656100
3.414-3.47610.32051460.249125322678100
3.4761-3.54290.33231370.25125352672100
3.5429-3.61520.27551360.238225572693100
3.6152-3.69390.28381120.236725642676100
3.6939-3.77980.3519980.227325962694100
3.7798-3.87430.29381210.221425452666100
3.8743-3.97910.28991520.209925572709100
3.9791-4.09610.23741290.225292658100
4.0961-4.22840.27431450.197825692714100
4.2284-4.37950.22391420.192725412683100
4.3795-4.55480.24871600.185625292689100
4.5548-4.76210.25421710.183325092680100
4.7621-5.01310.25041120.185425762688100
5.0131-5.32720.2271640.19625492713100
5.3272-5.73840.2421470.205825372684100
5.7384-6.31580.25391390.197425732712100
6.3158-7.22930.26231400.205325612701100
7.2293-9.10660.22891670.18125362703100
9.1066-87.32030.22331650.18122586275199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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