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万見
- PDB-1pgq: CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COENZYME, COENZYME ANALOGUE AND SUBSTRA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pgq
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COENZYME, COENZYME ANALOGUE AND SUBSTRATE BINDING IN 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE: IMPLICATIONS FOR NADP SPECIFICITY AND THE ENZYME MECHANISM
要素6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (CHOH(D)-NADP+(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose-phosphate shunt / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3 / 6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase ...6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3 / 6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Adams, M.J. / Phillips, C. / Gover, S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystallographic study of coenzyme, coenzyme analogue and substrate binding in 6-phosphogluconate dehydrogenase: implications for NADP specificity and the enzyme mechanism.
著者: Adams, M.J. / Ellis, G.H. / Gover, S. / Naylor, C.E. / Phillips, C.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of 6-Phosphogluconate Dehydrogenase Refined at 2 Angstroms Resolution
著者: Phillips, C. / Gover, S. / Adams, M.J.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991
タイトル: The Structure of 6-Phosphogluconate Dehydrogenase Refined at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Adams, M.J. / Gover, S. / Leaback, R. / Phillips, C. / Somers, D.O'N.
履歴
登録1994年7月18日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5415
ポリマ－52,9061
非ポリマー6354
水7,584421
1
A: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,08210
ポリマ－105,8112
非ポリマー1,2718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area13400 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area33640 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.740, 148.400, 102.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE


分子量: 52905.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: P00349, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-2AM / ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2′-AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE HET GROUP 2AM, 2'-ADENYLIC ACID, CARRIES A -- CHARGE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMammonium sulfate11
2potassium phosphate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.17 Å / Num. obs: 8942 / % possible obs: 92.2 % / Num. measured all: 29208 / Rmerge(I) obs: 0.063

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.169 / Rfactor obs: 0.169 / 最高解像度: 3.17 Å
詳細: HET GROUP 2AM IS DESIGNATED 2'AMP IN THE JRNL REFERENCE. ATOMIC TEMPERATURE FACTORS AND SOLVENT OCCUPANCY AND POSITIONS WERE TAKEN FROM THE NATIVE STRUCTURE AT AN INTERMEDIATE STAGE OF ...詳細: HET GROUP 2AM IS DESIGNATED 2'AMP IN THE JRNL REFERENCE. ATOMIC TEMPERATURE FACTORS AND SOLVENT OCCUPANCY AND POSITIONS WERE TAKEN FROM THE NATIVE STRUCTURE AT AN INTERMEDIATE STAGE OF REFINEMENT AND NOT REFINED. SOLVENT MOLECULES ARE ASSOCIATED WITH THE SAME MOLECULE AS THEIR CLOSEST OXYGEN OR NITROGEN NEIGHBOR; THIS BEST PRESERVES NETWORKS, BUT IN SOME INSTANCES HAS RESULTED IN THE NEAREST PROTEIN RESIDUE BEING THAT IN A SYMMETRY-RELATED MOLECULE. FOR SOME SOLVENT MOLECULES, THE DISTANCE TO THE CLOSEST OXYGEN OR NITROGEN NEIGHBOR IS MORE THAN 4 ANGSTROMS; THIS IS BECAUSE POORLY DEFINED SOLVENT SITES WERE OMITTED FROM NATIVE STRUCTURE REFINEMENT. THE CRITERIA APPLIED ARE DESCRIBED IN THE JRNL REFERENCE AND IN REFERENCE 1.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3654 0 38 421 4113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.043
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.75
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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