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万見
- PDB-5ue3: proMMP-9desFnII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ue3
タイトルproMMP-9desFnII
要素Matrix metalloproteinase-9マトリックスメタロプロテアーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / prommp9 / zymogen (酵素前駆体)
機能・相同性
機能・相同性情報


ゼラチナーゼB / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cellular response to UV-A / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases ...ゼラチナーゼB / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cellular response to UV-A / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / response to amyloid-beta / macrophage differentiation / Collagen degradation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / 着床 / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to cadmium ion / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / positive regulation of receptor binding / skeletal system development / Signaling by SCF-KIT / metalloendopeptidase activity / cellular response to reactive oxygen species / metallopeptidase activity / 遊走 / tertiary granule lumen / peptidase activity / collagen-containing extracellular matrix / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / ficolin-1-rich granule lumen / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site ...フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / ヘモペキシン / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / マトリックスメタロプロテアーゼ / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Kringle-like fold / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix metalloproteinase-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Alexander, R.S. / Spurlino, J. / Milligan, C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a highly selective chemical inhibitor of matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) that allosterically inhibits zymogen activation.
著者: Scannevin, R.H. / Alexander, R. / Haarlander, T.M. / Burke, S.L. / Singer, M. / Huo, C. / Zhang, Y.M. / Maguire, D. / Spurlino, J. / Deckman, I. / Carroll, K.I. / Lewandowski, F. / Devine, E. ...著者: Scannevin, R.H. / Alexander, R. / Haarlander, T.M. / Burke, S.L. / Singer, M. / Huo, C. / Zhang, Y.M. / Maguire, D. / Spurlino, J. / Deckman, I. / Carroll, K.I. / Lewandowski, F. / Devine, E. / Dzordzorme, K. / Tounge, B. / Milligan, C. / Bayoumy, S. / Williams, R. / Schalk-Hihi, C. / Leonard, K. / Jackson, P. / Todd, M. / Kuo, L.C. / Rhodes, K.J.
履歴
登録2016年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix metalloproteinase-9
B: Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,18618
ポリマ－53,0252
非ポリマー1,16116
水10,575587
1
A: Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9568
ポリマ－26,5131
非ポリマー4437
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,23010
ポリマ－26,5131
非ポリマー7179
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子

B: Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子

A: Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子

A: Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,37236
ポリマ－106,0514
非ポリマー2,32132
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
crystal symmetry operation3_556x+1/2,y+1/2,z+11
crystal symmetry operation4_656-x+3/2,y+1/2,-z+11
Buried area6700 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area39680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.300, 73.200, 77.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-307-

SO4

21B-665-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Matrix metalloproteinase-9 / マトリックスメタロプロテアーゼ / MMP-9 / 92 kDa gelatinase / 92 kDa type IV collagenase / Gelatinase B / GELB


分子量: 26512.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP9, CLG4B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14780, ゼラチナーゼB

-
非ポリマー , 5種, 603分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 8K 1% glycerol 0.2 M ammonium sulfate 100 mM NaCacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→49.19 Å / Num. obs: 62722 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.19 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
d*TREKデータ削減
精密化解像度: 1.599→32.84 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1838 6345 10.12 %
Rwork0.1545 --
obs0.1575 62702 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.599→32.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3582 0 38 587 4207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.245094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0952155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009667
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5992-1.61740.21391840.16891853X-RAY DIFFRACTION94
1.6174-1.63640.19171990.16491820X-RAY DIFFRACTION97
1.6364-1.65630.19742230.16361879X-RAY DIFFRACTION97
1.6563-1.67730.2021970.15941828X-RAY DIFFRACTION97
1.6773-1.69940.20512120.15831886X-RAY DIFFRACTION98
1.6994-1.72260.18842270.14751858X-RAY DIFFRACTION98
1.7226-1.74730.19732100.15011854X-RAY DIFFRACTION97
1.7473-1.77330.19511800.1471879X-RAY DIFFRACTION97
1.7733-1.8010.20112260.14441851X-RAY DIFFRACTION98
1.801-1.83060.18622090.1471865X-RAY DIFFRACTION98
1.8306-1.86210.19812200.15951857X-RAY DIFFRACTION98
1.8621-1.8960.21712170.15651853X-RAY DIFFRACTION98
1.896-1.93250.20232160.14891908X-RAY DIFFRACTION98
1.9325-1.97190.17262270.14341840X-RAY DIFFRACTION98
1.9719-2.01480.15992050.13831910X-RAY DIFFRACTION98
2.0148-2.06160.16391900.1431863X-RAY DIFFRACTION98
2.0616-2.11320.18052240.15251886X-RAY DIFFRACTION99
2.1132-2.17030.17912100.14271900X-RAY DIFFRACTION99
2.1703-2.23410.16772040.14541911X-RAY DIFFRACTION99
2.2341-2.30620.18022040.14971906X-RAY DIFFRACTION99
2.3062-2.38860.20922170.16011897X-RAY DIFFRACTION99
2.3886-2.48420.16622300.15751876X-RAY DIFFRACTION99
2.4842-2.59730.18422060.16451947X-RAY DIFFRACTION99
2.5973-2.73410.19872010.15991915X-RAY DIFFRACTION99
2.7341-2.90530.20412100.15981912X-RAY DIFFRACTION99
2.9053-3.12950.18352370.15851896X-RAY DIFFRACTION99
3.1295-3.44410.17942310.15331905X-RAY DIFFRACTION99
3.4441-3.94180.15432170.15241877X-RAY DIFFRACTION98
3.9418-4.96350.16472250.13811886X-RAY DIFFRACTION98
4.9635-32.84690.21861870.19061839X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.87530.2570.40182.51430.7762.07490.1299-0.16430.2730.2133-0.15760.1917-0.1017-0.06970.01040.1133-0.02690.04320.14-0.00670.10998.413829.309219.5053
20.6820.0761-0.15771.113-0.08531.22280.0342-0.0119-0.00510.0442-0.0461-0.0491-0.00130.12720.01080.0730.0038-0.00320.0980.01390.087527.6620.31267.2373
32.8172-0.2922-0.62751.5553-0.01611.6268-0.22750.3403-0.2781-0.58530.2913-0.64290.08630.4719-0.0510.2524-0.03410.11550.2904-0.08950.280262.066153.371740.2322
41.8611-0.6845-0.66222.1365-0.1431.65130.01830.11640.1167-0.1740.02730.198-0.1056-0.0685-0.040.0967-0.0149-0.04860.124-0.0080.085137.985861.412248.1476
51.13420.26490.03951.53960.44841.5401-0.03380.0592-0.0827-0.06920.02070.05820.07160.00610.0080.08310.00090.00220.0720.00670.075743.843355.659852.0088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 94 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 443 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 41 through 104 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 105 through 133 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 134 through 444 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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